이 사건은 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역을 공급하고 이에 대하여 국고보조금을 지급받는 경우 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있는지 여부가 문제되는 사안이다.

3. 대상판결의 요지

가) 원심의 판단

과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결 등 참조).

다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관해 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수 없다(대법원 2016.3.24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).

구 철도산업발전기본법 및 이 사건 보상계약 등에 의하면, 이 사건 공익서비스보상액은 원고가 국가의 요구에 따라 제공한 공익서비스에 대하여 실제 제공한 서비스의 분량 및 소요 비용 등에 비례해 지급되고, 원고는 적정한 보상이 이루어지지 아니하거나 국가가 공익서비스비용을 부담하지 아니하는 경우 등에는 일정한 절차에 따라 서비스 제공의 중지 등의 조치를 취할 수 있다. 결국 이 사건 공익서비스보상액은 이 사건 공익서비스와 직접 관련되어 있다고 할 수 있으므로 이 사건 공익서비스보상액과 이 사건 공익서비스 사이의 대가관계를 인정함이 상당하며, 이 사건 공익서비스보상액은 비과세 사업의 수입금액이므로 구 부가가치세법 제61조 제1항을 유추 적용해 공통매입세액을 안분한 이 사건 처분은 적법하다.

 

나) 대법원의 판단

구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001.10.9. 선고 2000두369 판결 등 참조).

그런데 이 사건 공익서비스를 통해 철도이용자는 원고의 철도차량을 감면된 운임대가만을 지급하고 이용하거나 벽지노선의 철도서비스에 대해 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이를 계속 이용할 수 있게 되므로 위와 같은 용역의 상대방은 이 사건 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 한다. 나아가 이 사건 공익서비스보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인해 발생하는 비용을 보상받기 위해 공익서비스 수행자인 원고가 국토해양부장관과 체결한 이 사건 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이므로, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당한다. 그러므로 이 사건 공익서비스보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 공익서비스보상액은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하여 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없으므로, 위 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용해 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다.

 

다만 위 각 호의 방법 중 적법한 것이 무엇인지

그 구체적인 내용에 대하여는 설시하지 않아 과제로 남음

 

4. 대상 판결에 대한 평석

가. 문제의 제기

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 과세사업과 관련된 매입세액과 면세사업에 관련된 매입세액을 구분할 수 있다면 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하고 면세사업과 관련된 매입세액은 불공제하여 과세표준을 정하면 된다. 반면 과세사업과 면세사업을 구분할 수 없는 경우 매입세액의 공제를 어떻게 할 것인지 그 방법이 문제될 수 있는데, 이와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제61조는 공통매입세액 안분계산에 관한 규정을 두고 있다.

그런데 2013.2.15. 개정되기 이전까지의 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영할 경우를 전제로 하고 있다는 점에서 과연 사업자가 비과세사업을 겸업하는 경우에도 위 구 부가가치세법 시행령 규정을 적용할 수 있는지 여부에 관해 논란이 있어 왔다.

위 문제는 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항이 ‘면세사업’에 ‘비과세사업’을 포함시키면서 해결됐으나, 개정 이전에는 비과세사업을 겸업하는 사업자에 대해 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있을 것인가가 문제된다.

 

나. 관련 판례의 정리

대법원은 수 차례의 판례를 통해 이 사건 쟁점에 대한 입장을 밝혔다. 우선 대법원은 방송업과 광고업을 겸영하는 한국방송공사가 문제된 사안에서, 한국방송공사의 수신료는 특별부담금에 해당하는 것으로 방송과 대가관계를 인정할 수 없으므로, 한국방송공사의 부가가치세액에서 공제돼야 할 매입세액을 산정함에 있어서 방송업과 광고업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 계산하는 경우에는, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 본문을 적용할 수 없다고 판단했다(대법원 2000.2.25. 선고 98다47184 판결).

다음으로 과세대상인 입장료수입과 비과세대상인 도박수입을 겸업하는 카지노사업자가 문제된 사안에서 부가가치세법 시행령 제61조 규정의 내용 및 취지와 비과세사업에 관련된 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다고 판단했다(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결).

EBS의 수신료 사건에서 대법원은 한국방송공사 사건과 마찬가지로, EBS의 방송용역은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 수신료 등은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관해 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없다고 판단하였다(대법원 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결).

가장 최근에는 과세사업인 폐비닐 판매업과 비과세사업인 폐비닐 재활용처리 내지 위탁처리업을 겸업하는 한국환경공단이 문제된 사안에서, 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대해 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추적용할 수는 없다고 판단하였다(대법원 2016.3.24. 선고 2013두19875 판결).

 

다. 이 판례의 의의

관련 판례를 정리하면 대법원은 사업자가 과세사업과 함께 공급대가를 지급받는 비과세사업을 겸영하는 자인 경우에는 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있는 반면(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결), 사업자가 국가나 지방자치단체 등으로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 이를 거래 상대방으로부터의 공급의 대가로 볼 수 없는 경우에는 위 규정을 유추적용할 수 없다는 입장에 있음(대법원 2016.3.24. 선고 2013두19875 판결 등)을 알 수 있다.

이 사건 판례 역시 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받은 국가보조금 등이 비과세사업에 해당하는 용역의 대가라고 할 수 없다면 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없으며, 같은 조 제4항 각 호의 방법 등을 적용해야 한다는 점을 다시 한번 확인한 것에 그 의미를 찾을 수 있다. 다만 대법원이 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 중 “공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용”하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다고 적고 있으면서도 과연 무엇이 적합한 방법인지 그 구체적인 내용에 대해 전혀 언급하고 있지 않아 앞으로 파기환송심에서의 과제로 넘겨지게 되었다. 아쉬움이 남는다.

 

•2014 : Georgetown University Law Center
법학석사(Taxation LL.M.)
•2005 : 사법연수원 제34기 수료
•2004 : 서울대학교 법과대학원 수료

•2002 : 제44회 사법시험 합격
•2000 : 서울대학교 법과대학
•2008~현재 : 법무법인(유) 율촌
•2013~2014 : Steptoe & Johnson
Washington D.C.office 파견근무
•2005~2008 : 육군법무관
•게임회사 임직원들 대리해 470억원이 넘는 증여세
부과처분 취소소송에서 승소(2017)
•대기업 회장 대리하여 450억원이 넘는
명의개서해태 증여의제 사건 승소(2017)
•종부세 이중과세 사건 (2015) 실현가능성이
없어진 배당소득에 대한 납세의무의 존부에 관한 종합소득세 경정청구거부처분취소소송에서 승소(2014)

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