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기업통합 때 취득세 면제요건 어떻게 판단?
기업통합 때 취득세 면제요건 어떻게 판단?
  • 법무법인 율촌 전영준 변호사
  • 승인 2018.09.07 14:38
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[율촌 판례평석] 중소기업 통합으로 양수한 사업용자산의 취득세 면제 요건인 ‘취득 주식 가액이 소멸기업의 순자산가액을 넘는지 여부’는 신주발행 횟수가 아닌 대가관계 여부로 판단해야

- 대법원 2018.7.20. 선고 2018두40188 판결 -

●요약

구 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1항, 제2항 및 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 쟁점조항’이라 한다)는 중소기업 간의 통합에 의해 존속하는 ‘존속법인’이 통합으로 인해 소멸하는 ‘소멸기업’으로부터 사업용 재산을 양수하는 경우, 소멸기업의 중소기업자가 존속법인의 주주이고, 그가 당해 통합으로 인해 취득하는 주식의 가액이 소멸기업의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상이라면, 존속법인이 양수하는 해당 사업용 재산의 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. 통합의 시너지를 낼 수 있는 경우로 한정해 혜택을 부여한 것이다.

이 사건 원고는 소외인과 소외인의 개인기업 A를 통합하기로 하고 A의 토지 및 건물을 양수하기 전 소외인에게 신주를 발행하였다. 그런데 원고가 A와의 통합일 이후에도 소외인에게 신주를 추가로 발행함에 따라, 이러한 추가 발행분도 이 사건 쟁점조항에서 말하는 ‘통합으로 인하여 취득한 주식’에 포함되는지 여부가 문제되었다.

원심은 원고의 추가 발행분을 ‘통합으로 인해 취득한 주식’에 포함되지 아니하는 것으로 보았다. 그러나 대상판결은 이 사건 쟁점조항이 ‘통합으로 인해 취득한 주식’의 취득 시점에 대하여 제한을 두고 있지 않으므로, 사업용 재산 취득 이후라도 소멸기업 중소기업자가 통합의 대가로 취득하는 주식이기만 하면 충분하다고 판단했다. 나아가 통합의 대가에 해당하는지 여부는 법률해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 판단해야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악해 판단해야 한다고 일반법리를 설시한 후, 원고가 추가 발행한 신주의 경우 이 사건의 제반사정을 고려하면 ‘통합으로 인해 취득한 주식’에 해당하는 것으로 보아서 원심을 파기했다.

 

중소기업간 통합에서 ‘소멸기업의 중소기업자가 당해 통합으로 인해 취득하는 존속법인의 주식 가액이 소멸기업의 순자산가액 이상’이어야 취득세 면제대상

‘취득한 주식’의 범위 판단은 주식발행이 수회라도 대가관계 있는 것이면 무방

실질과세의 원칙상 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악해야

 

1. 사실관계

원고는 2013.4.30. 소외인과 소외인이 운영하던 개인기업 A를 원고와 통합하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 통합계약’이라 한다)을 체결하였다. 그 내용은 A의 순자산가액을 12,072,409,794원으로 보고, 원고가 A의 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 비롯한 자산 및 영업 일체를 인수하는 대가로, 소외인에게 신주 3,511,463주(1주당 발행가액 3,438원, 이하 신주의 1주당 발행가액은 모두 같다)를 발행 및 교부하며, 통합일은 2013.6.1.로 한다는 것이다.

이후 원고와 소외인은 A의 순자산가액을 11,725,212,944원, 신주를 3,410,474주, 통합일을 2013.6.20.로 이 사건 통합계약서를 수정한 다음, 2013.6.5. 서울북부지방법원에 신주발행 조사보고서 인가신청을 했다. 서울북부지방법원은 2013.6.24. 원고가 보통주식 58,802주를 발행하는 것을 인가하는 결정을 하였고, 원고는 2013.6.26. 소외인에게 보통주식 58,802주를 발행했다.

원고는 2013.6.28. 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1항, 제2항 및 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호(이하 위 법령을 통틀어 ‘이 사건 쟁점조항’이라고 한다)에서 말하는 ‘존속기업이 소멸되는 기업으로부터 취득하는 사업용 재산’에 해당한다고 보아 취득세 면제신고를 하였고, 2013.7.2. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다(원고는 2013.6.30. A를 통합했는데, 통합일을 기준으로 A의 순자산가액은 11,847,644,277원이었다).

원고는 2014.1.6.부터 2014.2.21.까지 수정된 이 사건 통합계약서에 따른 3,410,474주를 기준으로 2013.6.24.자 발행 보통주식 58,802주를 제외한 나머지 3,351,672주를 발행했고, 2014.7.4. 소외인에게 35,613주를 추가로 발행했다.

피고는 2015.1.20. 소외인이 A와 원고의 통합으로 인해 취득한 주식의 수를 원고가 이 사건 부동산 취득일(2013.7.2.) 전까지 발행한 신주 58,802주라고 보고, 소외인이 통합으로 인해 취득한 주식의 가액 202,161,276원이 통합으로 인해 소멸하는 사업장의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮아 이 사건 쟁점조항에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못했다는 이유로, 원고에게 취득세 942,932,070원, 농어촌특별세 38,629,810원 합계 981,561,880원을 부과하는 이 사건 처분을 했다.

 

2. 쟁점의 정리

이 사건 쟁점조항에 의하면 중소기업간의 통합과 관련해 존속기업이 소멸기업으로부터 해당 사업용 재산을 양수하는 경우, 소멸기업의 중소기업자가 존속기업의 주주이고 또한 당해 통합으로 인해 취득하는 주식의 가액이 소멸기업의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상이면, 존속기업은 소멸법인으로부터 양수한 사업용 재산에 대한 취득세를 면제받을 수 있다.

그런데 원고는 A와의 이 사건 통합계약에 따라 이 사건 부동산을 양수하고 소외인에게 신주를 발행하면서, 이 사건 통합이 종료된 이후에도 신주를 추가로 발행해 소외인에게 지급했다. 여기서 이 사건 통합 종료 후 추가로 발행된 신주 부분이 소멸기업의 중소기업자가 ‘통합으로 인해 취득하는 주식’에 포함될 수 없는지가 쟁점이 되었다.

 

3. 판결의 요지

가. 원심판결

원심은 이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 A의 중소기업자(소외인)가 당해 통합으로 인해 취득한 주식의 수가 수정된 통합계약서에 따른 3,410,474주임을 전제로, 그 판시와 같은 사정을 들어 ‘원고의 2014.7.4.자 발행분 신주 35,613주를 합한 총 3,446,087주가 통합의 대가로 소외인에게 발행됨으로써, 소외인이 통합일인 2013.6.30. 기준 A의 순자산가액 11,847,644,277원을 초과하는 11,847,647,106원의 주식을 취득했다’는 원고의 주장을 배척하고, 소외인이 통합으로 인해 취득한 주식의 가액 11,725,209,612원이 통합으로 인해 소멸한 A의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮다는 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 판단했다. 요컨대 원고가 추가로 발행한 신주 35,613주는 ‘통합으로 인해 취득한 주식’에 포함되지 아니한다고 판단한 것이다.

나. 대상판결

대법원은 “이 사건 쟁점조항은 중소기업간의 통합에 의해 존속하는 법인(이하 ‘존속법인’이라고 한다)이 통합으로 인해 소멸하는 기업(이하 ‘소멸기업’이라고 한다)으로부터 해당 사업용 재산을 양수하는 경우, 소멸기업의 중소기업자가 존속법인의 주주이고, 그가 당해 통합으로 인해 취득하는 주식의 가액이 소멸기업의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상이 되면, 존속법인이 양수하는 해당 사업용 재산의 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.

이 사건 쟁점조항에 의하면, 존속기업이 소멸기업으로부터 취득하는 사업용 재산에 관한 취득세를 면제받기 위해서는 소멸기업의 중소기업자가 ‘당해 통합으로 인해 취득하는 주식의 가액’이 소멸기업의 순자산가액 이상이어야 한다. 이때 ‘당해 통합으로 인해 취득하는 주식’은 이 사건 쟁점조항이 그 취득시점에 아무런 제한을 두지 않고 있으므로 그 문언에 충실하게 사업용 재산 취득 이후라도 ‘통합의 대가로 취득하는 주식’이기만 하면 이에 포함된다고 봄이 타당하다.

한편 존속기업이 발행해 소멸기업의 중소기업자가 취득한 주식이 이러한 주식에 해당하는지는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 판단해야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다”고 판시하여 ‘통합의 대가로 취득하는 주식’의 의미를 밝혔다.

나아가 대법원은 이 사건의 경우, ① 이 사건 통합계약의 경위 및 계약서에 “조세특례제한법의 규정에 의한 중소기업의 통합을 위한 계약을 다음과 같이 체결한다”고 기재되어 있던 사실 등에 비추어 보면 원고와 소외인이 취득세 면제요건을 충족하기 위해 신주를 발행한 것으로 보이고, ② 원고가 추가로 발행한 35,613주가 통합에 대한 대가가 아니라면, 주주평등의 원칙에 비추어 특별히 위 주식을 발행했다고 볼만한 이유가 없으며, ③ 추가 발행된 신주와 관련된 이사회 회의록에 신주발행이 통합의 대가라는 기재가 없다는 사정만으로 위 신주가 통합의 대가가 아니라고 보기 어렵다는 이유에서, 통합일 이후에 발행된 신주 35,613주 역시 이 사건 통합의 대가라고 봄이 타당하다고 보아 원심을 파기했다.

 

4. 평석

가. 중소기업 세제혜택 부여

세법은 중소기업의 육성과 발전을 도모하기 위한 정책적 목적에서 중소기업에 대해 세제혜택을 부여하고 있다. 요컨대 조세특례제한법은 창업중소기업에 대해 법인세 등을 감면하고(제6조), 창업자금에 대한 증여세에 특례를 부여하며(제30조의5), 중소기업의 투자 및 자금 조달에 대해 각종 세제혜택을 부여하고 있고(제5조, 제8조, 제10조의2 등), 발생소득에 대해서도 일정 부분 세액감면을 적용(제7조 등)하고 있는 등 각 단계에서 다양한 세제지원의 방안을 마련하고 있다. 이 사건 쟁점조항 역시 이러한 맥락에서 마련된 것이다.

나. 대상판결의 해석

이 사건 쟁점조항은 중소기업간의 원활한 구조조정을 지원하고 생산 또는 경영 규모의 적정화를 유도하기 위한 취지에서 마련되었다. 이 사건 쟁점조항에 따라 취득세 감면의 혜택을 얻기 위해서는, 존속기업과 소멸기업간의 통합이 그 요건을 갖춘 것이어야 할 뿐 아니라 소멸기업의 중소기업자가 존속기업의 주주이고 또한 당해 통합으로 인해 취득하는 주식의 가액이 소멸기업의 순자산가액 이상일 것이 요구된다. 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 소멸기업의 순자산가액 미만의 통합 대가를 지급하고 소멸기업을 통합한다면 이는 존속기업의 입장에서도 이익이 되므로 굳이 세제 혜택을 지원하면서까지 이를 장려할 필요가 없다. 반면 존속기업이 소멸기업의 순자산가액 이상의 대가를 지급해야 하는 경우 존속기업의 입장에서는 섣불리 통합을 결정하기 어려우므로, 세제혜택을 부여함으로써 적정한 통합이 가능하도록 유도하는 것이 이 사건 쟁점조항의 취지인 것이다.

원심 역시 이 사건 쟁점조항의 취지는 인정하고 있다. 다만 원심은 원고와 소외인이 이 사건 부동산의 취득 이전에 3,410,474주의 신주를 발행하기로 약정했고 그 약정에 따라서 2014.2.21.까지 동일한 수의 신주를 발행하였으므로, 통합일 이후에 발행한 신주는 ‘통합으로 인해 취득하는 주식’에 해당되지 아니한다고 판단하였다. 반면 대상판결에서 대법원은 이 사건 쟁점조항이 취득시점에 아무런 제한을 두지 않고 있으므로, 사업용재산의 취득 이후라도 통합의 대가로 발행된 주식이라면 ‘통합으로 인해 취득하는 주식’에 포함된다고 보았다. 나아가 통합의 대가로 발행되었는지 여부는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악해 판단해야 한다고 보았다.

조세법률주의에 의하면 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 할 것이고 합리적 이유 없이 축소·확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2008.2.15. 선고, 2006두8969 판결 등). 그렇다면 이 사건 쟁점조항에서는 취득 시점에 따른 기준을 두고 있지 아니하므로, 그 법문에 보다 충실한 해석인 대상판결의 결론에 찬성한다.

다. 맺음말

대상판결 당시 적용되던 구 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호는 현재 삭제되었고, 중소기업간 합병에 따른 취득세 감면은 여전히 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제5호에 의해 규율되고 있다.

그러나 위 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제5호는 여전히 조세특례제한법 제31조에 따른 통합을 요건으로 하고 있고, 또한 조세특례제한법 제31조의 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호는 ‘통합으로 인해 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인해 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인해 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것’을 요건으로 정하고 있으므로, 대상판결은 현행법 하에서도 유의미하다고 할 것이다.

한편, 대상판결에서 대법원은 이 사건에서 원고가 통합일 이후에 발행한 신주를 ‘통합으로 인해 취득하는 주식’에 포함해야 한다고 결론내렸으나, 어디까지나 “실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단해야 한다”는 전제에서 판시한 것이므로, 그 구체적 사안에 따라서 판단이 달라질 수 있음에 주의를 요한다.

 

법무법인 율촌 전영준 변호사

•1998 서울대학교 법과대학 졸업
•2001 사법연수원 제30기 수료
•2004 서울남부지방법원 판사
•2006 서울중앙지방법원 판사
•2010 서울대학교 법과대학원 법학석사(행정법)
•2011~2012 미국 플로리다대학교 법학대학원 국제조세분야 법학석사
•2008~2017 한국세법학회, 특별소송실무연구회 회원
•2008~2017 중소기업중앙회 가업승계지원센터, 매경 가업승계 센터 강사 등
•2007~2017 법무법인(유) 율촌

주요 논문·저서
•2008 차명주식에 관한 명의신탁 증여의제 규정의
운용현황 및 개선방안에 대한 소고, 조세연구
•2010 행정행위에 부가된 ‘부담계약’의 법적 문제에
관한 연구, 서울대학교
•2011 소득세법상 ‘집합투자기구로부터의 이익’에
대한 과세의 법적 문제에 관한 소고, 특별법연구
(제9권), 특별소송실무연구회
•2013 조세환급금 청구와 당사자 소송, 변호사,
서울지방변호사회, 44집
•2014 부담금 환급거부처분의 처분성 및 구체적
환급절차(조세와의 비교), 변호사, 서울지방변호사회, 46집
•2014 조사대상 선정사유 없이 이루어진 세무조사에
근거한 과세처분의 위법성, 변호사, 서울지방변호사회, 47집
•2015 소득세법 및 조세조약에 따른 거주자
판정기준, 판례연구, 서울지방변호사회, 29집
•2015 비영리법인의 주요 조세문제, ‘비영리법인
(복지법인 포함)’ 특별연수, 대한변호사협회


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