- 심판원, “연구전담요원 R&D용 재료비도 세액공제 해주는 게 맞다”
거래처로부터 설계도면을 받아 제품틀(금형)을 만든 뒤 소형카메라모듈 등의 플라스틱사출제품 등을 제조하는 A법인이 ‘조세특례제한법’에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 받았는데, 국세청이 이를 부인하자 불복했다.
행정소송 전 불복을 심사하는 국무총리 조세심판원은 “A법인의 기업부설연구소가 미래창조과학부장관의 인정을 받은 점 등에 비춰 문제가 된 연구개발이 ‘조세특례제한법’ 조항(제9조 제5항)상 요건을 충족해 세액공제가 가능한지 다시 따져보라”고 재조사 결정을 내렸다.
조세심판원은 최근 공개한 심판례에서 “A법인의 심판청구건에 대해 국세청에 ‘조특법’상 연구개발의 범위에 포함된다고 볼 수 있는지 여부 등 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용이 가능한지를 재조사, 세액을 경정하라‘고 결정했다”면서 이 같이 밝혔다.
A법인은 지난 2012～2015년 법인세 신고 때 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받았다. 관할 Z지방국세청은 A법인에 대한 세무조사를 벌여 “연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸했다”는 이유로 A법인이 이미 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인, 법인세를 추가로 과세했다.
A법인은 국세청 세무조사에 불복, 지난해 3월19일 국세청 이의신청을 거쳐 7월23일 조세심판원에 심판청구를 제기했다.
국세청은 “2017년 3월10일 세무조사 착수당시 A법인 본사건물에 게시된 조직도와 2011~2012년 직원 근태현황자료 등에 따르면, A법인에는 연구전담부서(기업부설연구소)가 없는 것으로 나타난다”고 주장했다.
또 “A법인의 연구․인력개발비는 과학적․기술적 진전을 위한 것이 아닌 거래처의 확정된 도면을 가지고 제품을 양산하기 위한 일반재료비 등의 제조원가에 해당한다”고 밝혔다.
아울러 “A법인 기업부설연구소장 등과 처분청 세무공무원 간 문답서류에 따르면, A법인 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하고 있다”고도 했다.
심판원은 A법인의 연구개발이 거래처에서 받은 설계도면에 대해 생산(금형제작)에 필요한 수정 수준이므로 ‘조특법’상 연구개발 범위에 포함될 수 없다는 국세청 처분도 일부 수긍이 가지만, A법인의 기업부설연구소가 미래창조과학부장관의 인정을 받은 점은 존중돼야 한다고 봤다. 다만 A법인의 연구개발이 ‘조특법’ 해당 조항이 규정한 연구개발 범위에 포함되는지, 그래서 세액공제를 받을만한 것인지는 다시 조사해서 명확히 해야 한다고 판단했다.
구체적으로 세무조사 대상기간 중 연구․인력개발비를 재조사, 연구소 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등은 세액공제 해주는 게 맞다고 본 것이다.
심판원은 “재조사를 통해 2018년 3월(2012년 귀속)과 같은해 5월(2013～2015년 귀속) 부과한 법인세를 다시 계산(경정)하는 게 맞다”고 최종 결정했다.
연구·인력개발준비금의 손금산입을 규정한 2013년 당시 ‘조특법’ 제9조에 따르면, 법인이 연구·인력개발을 위해 연구·인력개발준비금을 적립한 경우, 해당 과세연도 수입금액의 3% 범위 안에서 비용(손금)에 포함시킬 수 있다. 여기서 수입금액은 '법인세법' 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 가리킨다.
또 2015년말을 시한으로 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 정의한 같은 법 제10조에 따르면, 연구·인력개발비가 있는 경우 법인세에서 빼준다.
