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과세기간 있는 세목 ‘기간’ 다르다면 중복조사 해당안돼
과세기간 있는 세목 ‘기간’ 다르다면 중복조사 해당안돼
  • 세무법인 하나
  • 승인 2019.03.15 13:26
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세무법인 하나의 조세사례 연구Ⅱ (52)

합리적인 조세불복의 필요성이 높아지는 가운데 사례연구의 필요성 또한 대두되고 있다. 국세신문은 세무법인 하나 조세연구소의 조세사례연구 칼럼을 연재한다.   /편집자 주

 

세무조사의 절차적 위법성에 관한 사례

6. 중복조사의 금지


나. 재조사 금지의 일반원칙

(2) 동일한 사실관계에 기초한 다른 세목

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


1) 대법원 2017.3.16. 선고2014두8360 판결에서, 1차 조사 시에는 확인서 징취 등만 했고, 2차 조사에서 부과처분을 한 사안에 대해 중복조사를 인정했다.

2) 2010.1.1. 신설된 국세기본법 제81조의11 【통합조사의 원칙】 조항은 이러한 관점에서 사업과 관련한 세목의 원칙적 통합조사를 요구하는 것으로 이해할 수 있을 것이다.

 

(3) 통합조사원칙과의 관계

[424] 국세기본법 제81조의11 【통합조사의 원칙】

세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련해 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합해 실시하는 것을 원칙으로 한다. [본조신설 2010.1.1.]

 

 

 

 

 

 

 

 


[425] 국세기본법 시행령 제63조의12 【통합조사 원칙의 예외】 [본조신설 2010.2.18.]

① 법 제81조의11에서 “특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려해 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

2. 조세채권의 확보 등을 위해 긴급히 조사할 필요가 있거나 혐의 내용이 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에만 한정되어 그와 관련된 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

3. 그 밖에 세무조사의 효율성, 납세자의 편의 등을 고려해 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우


(4) 같은 과세기간에 대한 조사

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


[426] 소순무, 「조세소송」, 개정5판 2010, 333면.

과세단위(tax unit)라 하면 흔히 개인단위, 부부단위, 가족단위 등 인적인 요소가 결합된 것을 의미한다. .....그러나 과세단위는 물적 요소로서 조세채무의 확정에 있어서 종목과 과세기간, 과세대상에 따라 다른 것과 구분되는 기본적 단위를 의미하기도 한다.

1인의 납세자라 하더라도 시간과 장소를 달리해 여러 원천에서 계속적으로 과세대상인 경제활동을 하고 있으므로 과세실무상 이를 일정한 단위로 구분해야 할 현실적인 필요가 있는 것이다. 이와 같이 시간, 장소, 원천 등으로 각 구분된 과세물건이 하나의 과세단위를 이루는 것이다. 하나의 과세단위에 대한 과세처분은 하나가 된다. 나아가 적어도 실체세액의 존부를 다투는 한 하나의 과세처분에 대해서는 하나의 소송물이 존재한다. 즉, 하나의 과세단위 = 하나의 과세처분 = 하나의 소송물이 원칙이다. 그리하여 과세단위는 소송물의 전형적인 인식기준이 된다.

 

[427] 대법원 2005.01.14. 선고 2004두10470판결[증여세부과처분취소]

원심은 그 채택 증거를 종합해 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 1986.10.7. 오◇◇ 외 4인 명의로 배정된 동남주택산업 주식회사의 실권주 10,000주 및 1989.9.경 위 5인 명의로 인수된 신주 10,000주의 실질적인 주주로서, 위 명의자들에게 그 명의를 신탁한 자는 당시 신주취득자금이 없었던 원고가 아니라 그 아버지인 오○○라고 봄이 타당하고, 따라서, 이 사건 주식은 오○○가 오◇◇ 등에게 명의신탁한 것이었는데, 이 사건 주식에 관해 명의신탁 해지를 원인으로 하여 오○○ 명의로 개서를 하지 아니한 채 원고 명의로 개서를 함으로써 오○○로부터 원고에게 증여되었다고 판단하였는바, 원심판결 이유를 기록과 관계 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 채증법칙 위배, 증거재판주의의 원칙 위배, 자유심증주의나 입증책임에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.


원심은 제1심 판결 이유를 인용해, 강남세무서장이 이 사건 주식의 실명전환과 관련해 원고에 대해 1차 조사를 한 이후 또 다시 2차 조사를 했으나, 1차 조사시에는 오○○가 원고에게 1986.10. 내지 1989.9.경 주식을 증여했는지 여부에 대한 조사를 실시했고, 2차 조사 시에는 이 사건 명의신탁해지 시 내지 그 신고 시에 오○○가 원고에게 이 사건 주식을 증여했는지 여부에 대한 조사를 실시한 것이므로, 비록 같은 세목에 해당한다고 할지라도 그 조사대상이 서로 다르다고 할 것이어서 중복조사 금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다고 판단하였는바, 원심과 원심이 인용한 제1심판결 이유를 기록과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 볼 수 없다.

 

다. 부분조사 후의 다른 부분조사

(1) 사건의 개요

[428] 편자 작성

[제1차 조사] 대전지방국청장은 2010년 2월 중 원고 ㈜세라젬에 대한 2007·2008년 제세목통합조사와 2009년 부가가치세 전부조사를 하다고 동년 4.15. 조사범위를 확대해 2009년 등의 본사 지방이전 감면 적정여부 등에 대한 법인세 부분조사를 실시한다는 ‘조사범위 및 유형전환통지’를 했다.

위 통지에 따른 조사에 대해, 그 후 제기된 소송에서 서울고등법원은 통지내용은 부분조사였으나 조사관청이 요구해 제출받은 자료로 보아 조사의 실질은 전부조사라고 판단했다.1)


[제2차 조사] 2011.7.6. 서울지방국세청장은 감사원 처분요구를 이유로 2009·2010년 등의 본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면에 관한 법인세 부분조사를 한다는 세무조사결정처분을 하고 이어 8.5.까지 조사를 했다.

 

[제3차 조사] 2012.3.21. 서울지방국세청장은 2009·2010년 법인세 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세, 주식변동 등 포함) 결정통지를 했다2). 원고법인은 통합조사가 실시되고 있던 중인 5.4. 중복조사에 해당하므로 위법하다는 심판청구를 했는데, 심판결정이 있기 전에 서울지방국세청장은 조사를 완료하고 적출한 부가가치세 및 법인세 과세자료를 통보하였고 이에 따라 천안세무서장은 10.2. 법인세 경정처분을 했다3). 그 후 11.28. 조세심판원은 원고법인의 청구를 각하했다.


소송에 이르러 제1심 법원은 2012.3.21.자 세무조사결정처분 중 그 후 부과처분이 이루어진 법인세에 관련된 부분은 취소를 구할 법률상 이익이 있고 중복조사에 해당하며 예외적 중복조사 허용사유가 없다는 이유로 취소 판결했다. 그러나 나머지 부분은 청구의 이익이 없어 부적법하다는 이유로 각하했다[서울행정법원 2013.6.14.선고 2012구합13979].


원고는 적출실적 합계가 5,855백만원인 법인세 부분이 취소되었고 부가가치세 적출은 1억2300만원에 불과하였으므로 항소를 하지 않았으나, 서울지방국세청장이 항소하자 패소 부분 중 일부 즉 부가가치세 부분에 대해 부대항소(附帶抗訴)했다.


제2심 법원은 2012.3.21.자 세무조사결정처분 전부에 대해 소의 이익을 인정하고 2009년 법인세 및 부가가치세 부분은 제1차 조사 당시 모두 전부조사4)를 하였으므로 제2차 조사와의 중복 여부를 살필 필요없이 중복조사에 해당하고 예외적 중복조사 허용사유가 없으므로 위법하다고 판결했다. 그러나 2010년 법인세 및 부가가치세 부분은 제1차 조사와는 조사대상 기간이 다르고, 제2차 조사는 법인세 부분조사였으며 그 부분은 제3차 조사에서 제외되었으므로 중복조사에 해당하지 않는다는 이유로 적법하다고 판단하면서 2010년 법인세 부분은 원고의 청구를 기각했다[서울고법2013누20921].5)


1) 서울고법 2014.8.20.선고 2013누20921판결[세무조사결정행정처분취소] “.....다음과 같은 사정들을 종합하면, 제1차 세무조사 당시 대전지방국세청장은 2009년 법인세에 관해 실질적으로 전부조사를 하였다고 봄이 타당하고, 달리 이것이 실질적으로 부분조사라는 인정할 증거가 없다.

①제1차 세무조사 결정처분 당시 2009년 귀속분에 관해 부가가치세만 조사대상일뿐 법인세는 조사대상 세목이 아니었음에도, 대전지방국세청장은 부가가치세와 무관하지만 법인세와는 관련된 자료들을 요구해 제출받았다. ②위와 같이 요구한 자료 범위도 2009년 법인세와 관련해 광범위한 항목을 조사할 수 있을 정도였고, 당초 통합조사 대상으로 명기한 2007년 및 2008년 부분과도 큰 차이가 없었다. ③2010.4.15. 2009년 법인세 부분조사로 세무조사 범위를 확대한다는 내용의 조사범위 및 유형전환 통지를 했으나, 그 이전에 이미 2009년 법인세와 관련된 광범위한 자료를 요구해 제출받았고, 위 통지 이후에 요구한 자료는 미미한 것으로 보아 세무조사 범위 확대 이전에 2009년 법인세 부분도 2007년 및 2008년 부분과 같이 조사해 그 결과를 토대로 형식적·사후적으로 위 통지를 한 것으로 보인다.


2) 제3차 조사가 착수된 경위는 ①원고법인의 실질적 대표자 B에 대한 2006~2010년도분 개인통합조사를 함에 있어 2009년 중 원고법인이 특수관계자로부터 자기주식을 저가취득하거나 관련 법인의 주식을 저가양수하여 B에게 이익을 분여한 혐의가 있어 원고법인을 조사할 필요가 있고 ②원고법인의 세금계산서 분석자료에서 발견된 조세탈루 혐의가 있다는 것이었다. 위 ①은 이 사건의 다른 쟁점인 ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’에 해당해 예외적으로 중복조사가 허용될 수 있는지 여부에 관련된다[국세기본법 제81조의4 제2항 제2호].


3) 제1심 변론종결일인 2013.5.24. 현재까지 부가가치세 경정처분은 이루어지지 않았다. 이유는 미상이다.


4) 제1차 조사 당시 2009년 부가가치세는 조사결정통지 자체가 전부조사였고, 2009년 법인세는 부분조사로 조사범위 및 유형전환통지를 했으나 조사의 실질은 전부조사인 것으로 인정했다. ⇒ 위 주 1) 참조


5) 부가가치세 부분도 적법하나, 법인세 부분과 달리 원고에게 청구기각 판결을 하지 않고 이 부분 부대항소를 기각하기만 했다. 이유는 부가가치세 부분을 제1심에서 각하했는데, 피고가 항소하지 않고 원고만 부대항소한 이상 불이익변경금지의 원칙상 원고에게 소 각하 판결보다 더 불리한 청구기각 판결을 할 수 없기 때문이었다.


(2) 실무관행

[429] 조사사무처리규정(국세청 훈령 제2124호, 2016.1.26.)

【제3조 정의】 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

26. “전부조사”란 조사대상 과세기간의 신고사항에 대한 적정 여부를 전반적으로 검증하는 세무조사를 말한다.

27. “부분조사”란 특정 항목·부분 또는 거래 일부의 적정 여부를 검증하는 세무조사를 말한다.

제12조 【중복조사의 금지 및 방지】

③ 부분조사를 실시한 납세자에 대해 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는 조사한 것으로 본다.

 

 

 

 

 


(3) 대법원 판결

(가) 이 사건의 판결

[430] 대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 [세무조사결정행정처분취소]

가. 구 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다”고 규정해 세목과 과세기간을 기준으로 재조사에 해당하는지를 판단하도록 하고 있다. 또한 구 국세기본법 제81조의7 제1항은 세무조사를 시작하기 전에 통지해야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 들고 있으며, 제81조의9 제1항은 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중에 세무조사의 범위를 확대할 수 없다”고 규정하여 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다. 나아가 구 국세기본법 제81조의11은 “세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련해 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합해 실시하는 것을 원칙으로 한다”고 규정하고 있다.


이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합해 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대해 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대해서만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대해 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대해서만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니했다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련항목에 대해 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대해 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다.


나. 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ①피고가 2011.7.6. 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인세 부분조사’로, 조사대상 기간을 ‘2006.1.1.부터 2010.12.31.까지’로, 조사범위를 ‘본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련된 사항’으로 한 세무조사결정처분을 하고, 이에 따라 세무조사를 실시한 사실, ②피고는 2012.3.21. 다시 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인제세 통합조사’로, 조사대상 기간을 ‘2009.1.1.부터 2010.12.31.까지’로 하는 이 사건 세무조사결정처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무조사결정처분 중 2010 사업연도 법인세 부분은 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고(2009 사업연도 법인세 부분에 대해서는 원심에서 그 취소를 구하는 원고의 청구가 인용되었고, 이에 대해 피고가 상고하지 아니했다), 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상이 본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련한 부분에 한정되었고 이 사건 세무조사결정처분의 조사대상에서는 그 부분이 제외되었다고 하여 달리 볼 수는 없다.

 

 

 

 


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