합리적인 조세불복의 필요성이 높아지는 가운데 사례연구의 필요성 또한 대두되고 있다. 국세신문은 세무법인 하나 조세연구소의 조세사례연구 칼럼을 연재한다. /편집자 주
세무조사의 절차적 위법성에 관한 사례
6. 중복조사의 금지
다. 부분조사 후의 다른 부분조사
(3) 대법원 판결
(가) 이 사건의 판결
[430] 대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 [세무조사결정행정처분취소]
다. 그런데도 원심은 이와 달리, 같은 세목 및 과세기간에 대해 다시 세무조사를 하더라도 그 조사내용이 실질적으로 다른 경우에는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 세무조사 결정처분 중 2010 사업연도 법인세 부분이 위법한 재조사에 해당한다는 원고의 주장을 배척했으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사의 범위 등에 관한 법리를 오해해 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
그리고 원심이 들고 있는 대법원 2005.1.14. 선고 2004두10470 판결 등은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
(나) 따름 판례
[431] 대법원 2015.9.10. 선고 2013두6206 판결[법인세부과처분취소]
원심은 적법하게 채택한 증거에 의하면, ①피고가 2001.2.20.부터 2001.6.29.까지 원고에 대해 조사대상 세목을 ‘법인세 외’로, 조사대상 기간을 ‘1996년부터 1998년까지’로, 과세대상 기간을 ‘1996년부터 2000년까지’로 하는 정기 세무조사를 실시한 후 2000 사업연도의 임대료 수입누락, 계열사 선급금 과다지급 등의 사유로 2000 사업연도 법인세 약 122억4300만원을 부과할 예정임을 고지한 사실 ②피고는 2005.12.7.부터 2006.1.5.까지 다시 원고에 대해 조사대상 세목을 ‘법인세 등’으로, 조사대상 기간을 ‘2000 사업연도’로, 조사사유를 ‘현대우주항공 주식변동 내용 확인’으로 하는 이 사건 세무조사를 실시한 후 그 결과에 기초해 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무조사는 원고의 2000 사업연도 법인세에 대한 거듭된 세무조사로서 특별한 사정이 없는한 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상에 ‘현대우주항공 주식변동내역’에 관한 부분이 제외되어 있었다고 하여 달리 볼 수는 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분은 위법한 재조사에 기초해 이루어진 것으로 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.
그런데도 원심은 이와 달리, 같은 세목 및 과세기간에 대해 다시 세무조사를 하더라도 그 조사대상이 중복되지 아니한 경우에는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당한다는 원고의 주장을 배척했으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사의 범위 등에 관한 법리를 오해해 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
(4) 당초 전부조사가 무리였다는 특별한 사정
(가) 국세기본법에 근거가 있는 부분조사
[432] 국세기본법 제81조의9 【세무조사 범위 확대의 제한】 [본조신설 2010.1.1.]
① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.
② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지해야 한다.
국세기본법 시행령 제63조의11 【세무조사 범위의 확대】[본조신설 2010.2.18.]
① 법 제81조의9 제1항에서 “구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2012.2.2., 2016.2.5.>
1. 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우
2. 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우
3. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우
4. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우
[433] 대법원 2015.3.26. 선고 2012두14224판결 [법인세부과처분취소]
원심판결 이유에 의하면, ①서울지방국세청장은 20XX.10.21.부터 20XX.12.15.까지 원고의 2000 및 2001 각 사업연도에 대한 정기 법인제세 일반 세무조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다)를 실시해, 원고가 해외 현지 자회사인 AA헝가리와 AA아메리카(이하 ‘소외 회사들’이라 한다)에 대한 대여금채권, 보증 채무 변제로 인한 구상금채권 및 관계회사에 대한 공사미수금채권의 회수를 지연했음을 발견한 사실 ②이에 서울지방국세지방청장은 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 이와 연접한 사업연도에도 계속되었는지와 그 폐업·청산시기를 확인할 필요가 있다고 보고 원고로부터 소외 회사들의 폐업·청산에 관한 자료 등을 제출받아 구상금채권 등의 회수지연이 계속되었는지와 관련된 내용을 위주로 조사한 다음, 1998 내지 2002 각 사업연도 인정이자를 익금산입하고 1998 내지 2000, 2002 각 사업연도 차입금 지급이자를 손금불산입하는 내용의 세무조사결과를 피고에게 통보한 사실 ③한편 서울지방국세청장은 20XX.11.15부터 20XX.4.23.까지 원고의 2002 내지 2005 사업연도에 대한 법인제세 통합조사(이하 ‘제2차 세무조사’라 한다)를 실시해, 원고가 2002 사업연도에 손금산입한 이 사건 대손금을 손금불산입하고 이를 업무무관 가지급금으로 보아 2003 내지 2005 사업연도 인정이자를 익금산입하는 내용의 세무조사 결과를 피고에게 통보했고, 피고는 앞서 본 바와 같이 20XX.1.1. 원고에게 이 사건 대손금을 손금불산입하여 2002 사업연도 법인세를 부과하는 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
업무무관 가지급금 등 채권의 회수지연이 있을 경우 그것은 해당 사업연도 인정이자 익금산입 대상 및 차입금 지급이자 손금불산입 대상이 되고 그러한 잘못은 채권의 회수지연이 계속되는 한 다른 사업연도에도 영향을 미치므로 이를 시정하는 기회에 다른 사업연도의 잘못도 함께 시정할 필요가 있는 점, 각 사업연도마다 같은 종류의 잘못이 반복되는 경우에는 그 조사대상이 한정될 뿐만 아니라 조사내용도 단순명료한 경우가 대부분이어서 조사에 따른 납세자의 부담은 크지 아니한 반면 이러한 사유가 있다고 하여 과세관청에 대해 다른 사업연도 전반에 관한 조사로 확대하기를 기대하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 서울지방국세청장이 제1차 세무조사 당시 원고의 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 국한해 2002 사업연도에 관한 조사를 했다가 제1차 세무조사 당시 조사한 항목을 제외한 나머지 항목에 대해 제2차 세무조사를 하는 것은, 당초 세무조사 당시 다른 과세기간의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당해 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 할 것이다.
(나) 추가로 인정할 수 있는 특별한 사정
[434] 곽태훈, ‘국세기본법상 중복세무조사금지 규정에 관한 소고’, 세무와 회계연구[통권 제9호(제5권제1호)], 2016년 6월, 222~223면.
국세기본법 제81조의4는 ‘같은 세목 및 같은 과세기간’에 대해 재조사를 금지하고 있는 규정임이 명백하므로, 이에 반해 같은 세목을 다시 세부항목으로 쪼개어 각각에 관한 세무조사가 별도로 허용된다고 볼 수는 없다. 만약 이를 허용하면 사실상 중복세무조사금지 규정은 무의미하게될 것이다.
다만, 국세기본법이 같은 세목 중 세부항목에 대한 부분조사를 이미 예정하고 있는 경우라면 국세기본법 전체의 체계 정합적인 해석을 위해 부분조사의 유효성, 다시 말해 당해 부분조사를 전부조사로 보지 않을 필요성이 있다.
이러한 기준으로 현행 국세기본법을 검토해 보면, 국세기본법 제81조의9는 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세무조사의 범위를 확대할 수 있도록 규정하고 있고, 이에 따라 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항은 제1호 및 제3호에서 확대되는 세무조사의 범위 중 다른 과세기간의 ‘항목’에 대한 조사를 포함해 규정하고 있다. 따라서 세무조사 범위가 위 국세기본법령에 근거해 다른 과세기간의 항목에까지 확대되어 부분조사가 이루어진 경우에는 이를 해당 세목 전체에 대한 세무조사로 평가하기 어려울 것으로 생각된다. 예외적으로 중복세무조사를 허용한 대법원 2015.3.26. 선고 2012두14224 판결의 결론 역시 이러한 판단기준하에 그 타당성이 인정될 수 있다고 생각한다.
본격적인 문제는 국세기본법에서 부분조사의 근거를 찾을 수 있는 위 경우(유일한 경우이다)에 더해, 1차 세무조사가 부분조사였다는 이유로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사를 허용할 경우를 추가로 인정할 수 있는가이다.
대법원은 “당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대해 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다”라고 하여 예외적인 경우를 추가적으로 인정할 여지를 남겨두고 있다.
이러한 대법원의 기준에 따르면 구체적으로 어떠한 경우에 중복세무조사가 허용되는 ‘특별한 사정’을 인정할 것인지가 불분명하여 향후 분쟁의 단초가 될 것으로 생각된다.
[435] 조사사무처리규정 [국세청 훈령 제2124호, 2016.1.26.개정]
제19조 【부분조사의 실시】 ① 납세자의 편의 및 조사의 효율성 등을 감안해 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부분조사를 실시할 수 있다.
1. 이전 가격 조사
2. 세무정보, 과세자료 등에 의해 특정 항목·부분 또는 거래의 일부에 대한 신고의 적정 여부를 검증할 필요가 있는 경우
3. 세무조사, 기획분석 등의 결과 특정 항목에 대한 공통적 문제에 대해 자기시정 기회를 부여했으나 이를 이행하지 않은 경우
4. 부분조사만으로도 세무조사의 목적을 달성할 수 있다고 판단되는 경우
라. 예외:조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료
(1) 처분청 승소 사례
[436] 대법원 2003.11.28. 선고 2002두9421 판결)
원심은 그 채택 증거들을 종합해, 이 사건 재경정 처분의 경위에 관한 판시와 같은 사실 등을 인정한 다음, 원고에 대한 세무조사 및 그 결과에 따른 경정처분이 있은 뒤에 대전지방국세청장이 재조사를 해 그 결과에 따라 피고가 이 사건 재경정처분을 한 것은, 종전의 경정처분 당시 일부 업체들이 발행한 세금계산서 부분에 대해서 그 업체들이 자료상이라는 점을 명확히 밝혀내지 못했기 때문에 그에 관한 매입금액을 가공 거래금액으로 보지 않았지만, 그 후 위 업체들을 포함한 다른 여러 업체들이 자료상이라는 점이 밝혀져 법인세 등의 추가 탈루 혐의가 인정되었기 때문이므로, 이는 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제81조의3에서 정한 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백할 자료가 있는 경우에 해당한다고 판단하였는바, 기록과 관계 법령에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배 또는 심리미진으로 인한 사실오인이나 중복조사의 금지에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
[437] 대법원 2009.4.9. 선고 2009두2085 판결
<처분 경위> 원고는 근무하던 회사를 퇴직하고 1993.6.1. 설립한 폐기물 처리업체 A법인의 100% 주주인 회장인 바, 1993년 말 이후 자신의 계좌 등을 이용해 ○○그룹 임모 회장의 재산관리를 해왔다. 피고는 2002.4.25.부터 같은 해 6.5.까지의 기간에 1997~1998년 사업연도 A사의 법인세 및 증여세 자금출처 조사를 실시한 적이 있었으나, 원고가 2002.12.27. ○○지법 2002고합380호로 임모와 공모해 협력업체를 설립한 후 ○○의 자금을 빼돌려 임모를 위해 관리하는 등의 방법으로 이를 횡령했다는 범죄사실에 관해 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(횡령)죄로 징역 5년의 유죄 판결을 선고받고, 이어 2005.1.18. 서울고법에서 2003노118호로 징역 2년 6월에 집행유예 4년의 유죄판결을 선고받아 그 무렵 확정되자, 2005.10.경부터 2006.3.경까지 A사에 대한 법인세 조사와 대주주인 원고의 자금출처 조사를 했다.
그 결과 1993년 이후 원고의 부동산 및 주식 등 소유재산이 급증한 것에 대해 취득자금 출처가 부족한 2,370,253,019원을 임모 회장으로부터 각 취득일에 증여받은 것으로 추정하고, 원고가 취득한 건물의 등기비용 등 합계 489,056,870원이 임모의 예금계좌에서 출금되어 지급된 것에 대해 원고가 현금 수증한 것으로 판단해 2006.7.14. 증여세 7건 합계 1,152,457,470원을 각 결정고지했다.
원고는 취득재산의 자금출처가 충분하고 임모의 자금을 인출해 사용한 것은 반환할 것이므로 증여가 아니라는 이유로 이 건 처분의 전부 취소를 구하면서, 특히 1994~1998년 중에 수증한 것으로 판단해 부과한 증여세는 동일 기간, 동일 세목에 대한 중복조사에 의한 것이므로 위법하다고 주장했다.
<판단> 국세기본법 제81조의4 제2항은 ‘세무공무원은 조세탈루 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 있다’는 취지로 규정하고 있는 바, 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고에 대해 임모와 공모하여 협력업체를 설립한 후 ○○의 자금을 빼돌려 임모를 위해 관리하는 등의 방법으로 이를 횡령했다는 범죄사실에 관해 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(횡령)죄로 유죄판결이 확정되자, 원고가 임모의 자금을 이용해 A사의 주식을 취득했음에도 증여세 등을 탈루했을 것으로 판단해 세무조사를 실시한 것으로서 이는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하므로 위 법 조항에서 허용되는 적법한 조사라고 봄이 상당하다.
[438] 대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 [부가가치세등부과취소]
세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위해 필요한 최소한의 범위 안에서 행해져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 또한 납세자의 성실성 추정이 배제되어 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우로서 구 국세기본법 시행령(1998.2.24. 대통령령 제15686호로 개정되기 전의 것) 제63조의4 제1항에서 규정하고 있는 ‘납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우’, ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’ 등 보다는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한해 해석하는 것이 규정 체계상 합리적인 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 납세자의 실질적인 권익 보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합해 보면, 구 국세기본법 제81조의3에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의해 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 한다. 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵다.
원심은 그 채용 증거를 종합해 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 2차 세무조사는 이 사건 1차 세무조사와 달리 소외 1 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다) 및 원고 회사의 대표이사를 역임한 소외 2로부터 관련 서류가 첨부된 탈세제보에 따라 이루어진 것이고, 그 세무조사 결과 원고 회사가 실제로 상당한 규모의 부가가치세 및 법인세 등을 탈루한 사실이 적발된 사정을 종합하면, 이 사건 2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료에 기하여 이루어진 세무조사로서 재조사금지의 원칙에 위반되지 않는다고 판단했다.
앞서 본 법리와 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 탈세 제보자인 소외 2는 원심 피고 송파세무서장의 보조참가인 소외 3의 동생으로서 원고 회사가 탈세를 했다고 하는 기간 중인 1997.1.3.부터 1997.2.4.까지 원고 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있던 자인 점, 탈세제보에 허위 세금계산서를 수취한 방법과 여기에 사용된 통장사본 및 계좌번호가 구체적으로 적시되어 있고 관련 서류도 첨부되어 있는 점, 실제 위 탈세제보에 의해 이 사건 부과처분의 과세자료가 된 세금계산서가 허위임이 적발되었고, 조사 결과 상당 부분 제보내용이 사실로 확인된 점 등에 비추어 보면, 원심의 이와 같은 사실인정과 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 재조사금지의 원칙에 관한 법리오해 및 채증법칙 위반 등의 위법이 없다.
