자료에 의해 예외적 허용되는 ‘재조사’ 해당
세무법인 하나의 조세사례 연구Ⅱ <54>
합리적인 조세불복의 필요성이 높아지는 가운데 사례연구의 필요성 또한 대두되고 있다. 국세신문은 세무법인 하나 조세연구소의 조세사례연구 칼럼을 연재한다. /편집자 주
세무조사의 절차적 위법성에 관한 사례
6. 중복조사의 금지
라. 예외:조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료
(1) 처분청 승소 사례
[439] 대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결 [부가가치세부과처분취소]
<처분의 경위> 원고 코오롱베니트(주) [변경 전 상호는 ㈜라이거시스템즈]는 정보통신부의 우체국보험 이미지 구축 시스템 사업을 수주한 A사에게 위 사업 관련 하드웨어 및 소프트웨어를 공급대가 6,510,000,000원에 공급하는 계약을 체결했다.
원고는 다시 B사와 위 계약내용 중 일부 품목을 공급대가 6,339,144,000원에 공급받기로 하는 계약을 체결했다. 그리고 B사는 C사와 그 중 스캐너를 대금 950,000,000원에 그리고 D사와 나머지 물품을 대금 4,792,858,182원(각 VAT 별도) 공급받기로 하는 물품공급계약을 각 체결했다. 또한, D사는 E사와 자사가 공급하기로 한 물품 중 일부를 대금 4,762,858,182원에 공급받기로 하는 계약을 체결했다.
위 업체들은 순차로 하도급을 주는 형식을 취하면서 각 단계별로 약간의 이익만 남겼고, 하위업체 간에 공급계약을 체결한 일자보다 먼저 정보통신부에 물품이 공급된 경우도 많았다. 또한 같은 일시에 원고의 사무실에 모두 모여, 원고로부터 합계 약 63억원의 약속어음 40장을 교부받은 B사는 그 중 자신의 이익(VAT 포함)에 상당하는 2200만원(약속어음 2장)을 제외한 나머지 38장에 배서한 후 C사에게 2장을 D사에게 36장을 각 교부하는 방식으로 물품의 공급대금을 수수했다. 한편 위 업체들은 계약내용대로 세금계산서를 수수하고, 부가가치세를 각 신고했다.
피고 동안양세무서장은 2005.2. 원고가 B사로부터 받은 매입세금계산서와 관련해 위장매입 여부를 조사하던 중, 2005.2.24. 중부지방국세청 과세쟁점심의위원회의로부터 동 매입세액공제는 정당하다는 결정을 받고 2005.3.4. 원고에게 경정고지할 세액이 없다는 내용의 세무조사결과통지를 한 뒤 세무조사를 종결했다. [제1차 세무조사]
그 후 2006년 7월 중부지방국세청의 B사에 대한 세무조사 과정에서 대표이사 유병창이 ‘위 세금계산서 공급가액 중 인력기술지원 대가인 20,000,000원 부분은 원고와 실제 거래가 있었으나, 나머지 물품거래 대가 5,742,858,182원 부분은 제조사나 협력사에서 직접 수행했고, 실제 거래가 없었다’는 취지의 진술을 함에 따라 ‘사실과 다른 세금계산서’로 피고에게 과세자료를 통보했다(B사는 이 조사 전에 원고에 대한 매출 중 위 20,000,000원을 제외한 나머지 부분을 부인하는 과세표준 수정신고를 했다). 이에 따라 피고는 2007.5.30.부터 7.11.까지 원고를 재조사한 결과 동 세금계산서 상의 공급가액 중 5,742,858,182원 부분은 다른 13개 실제 납품업체에서 공급받은 것이므로 가공거래라는 이유로, 2007.10.3. 원고에게 2002년도 2기분 부가가치세 1,237,585,930원과 법인세(증빙미수취 가산세) 114,857,160원의 경정처분을 했다. [제2차 세무조사].
<판단> 이러한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 재조사가 이루어진 것은 이 사건 최초 조사 종결 후 이 사건 쟁점부분이 가공거래라는 취지의 B사의 수정신고와 그 대표이사인 유병창의 진술 등 원고가 가공거래에 의해 부가가치세 등을 탈루한 혐의를 인정할만한 상당한 정도의 객관성과 합리성을 갖춘 명백한 자료가 드러났기 때문이므로, 이 사건 재조사는 중복세무조사 금지 원칙에 위반되지 않는다고 할 것이다. 원심은 이와 같은 취지에서, 이 사건 각 처분이 위법한 중복세무조사에 기초해 이루어져 위법하다는 원고의 주장을 배척했으므로, 거기에 상고이유에서 주장하는 중복세무조사금지의 원칙에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
[440] 대법원 2012.11.29. 선고 2010두19294 판결 [법인세부과처분취소]
<처분의 경위> 대성(大成)그룹은 창업주 김수근 회장이 사망하자 경영권 분쟁의 해결을 위해 2001.5.29. 대성산업 계열은 장남이, 서울도시가스 계열은 차남이, 원고 대구도시가스1) 계열은 3남이 각각 맡기로 합의했다.
그룹분할을 위한 주식교환을 하는 과정에 ①장남 계열의 대성산업(주)는 그 보유 중인 원고법인의 상장주식 보통주 180만주(총 발행주식의 62.9%)를 3남 계열에 넘기는 방법으로, 2001.6.7. 위 주식 180만주(당시 종가 주당 17,700원)와 1:1로 교환할 수 있는 권리가 부여된 액면가 540억원(주당 교환가액 30,000원×180만주)의 이 사건 대성산업 제31호 무보증사모교환사채를 이자율 연 단리 8%·만기일 2004.6.7. 등의 조건으로 발행했고 원고법인은 이를 전부 인수했다.2) 또한, ②대성산업(주)는 차남이 맡기로 한 서울도시가스(주)의 보통주 1,840,816주도 보유하고 있었는 바, 위 동일자에 같은 경위 및 방식으로 교환사채를 발행했고 역시 서울도시가스(주)가 전부 인수했다(당일 종가 16,600원, 주당 교환가격 25,000원).
①에 관련해, 대구지방국세처장은 2002.4.3.부터 5.15.까지 원고의 1999년 법인제세 통합조사를 실시할 때 이 부분도 조사했는데[제1차 세무조사] 지적사항 없이 2002.5.21. 2001년 법인세 경정처분을 했다. 그리고 2002.9.2. 대구 지방국세청 감사관실의 북대구세무서 감사시에도 원고에게 이 사건 교환사채 취득과 관련한 소명 요구를 하여 이에 응했으나 별다른 조치가 없었다.
한편 ②에 관련해, 서울지방국세청장은 2002.12.18.경 교환청구권이 행사된 사실을 확인하고 서울도시가스에 대한 2001년·2002년 법인제세 통합조사를 한 결과, 서울도시가스가 위 교환사채 인수를 통해 특수관계에 있는 대성산업에 업무와 관련 없이 자금을 저율로 대여한 것으로 판단해 과세자료를 통보했고 이에 따라 강서세무서장은 2003.12.경 법인세를 증액경정하였는 바, 서울도시가스는 2003.12.31. 불복없이 완납했다.
다시 ①에 관련해, 그 후 서울지방국세청장은 원고와 특수관계에 있는 한국케이블 등이 이 사건 교환사채를 원고로부터 양수한 후 교환청구권을 행사해 원고의 주식을 취득한 사실 등을 확인한 다음, 원고의 경우도 서울도시가스와 마찬가지라고 보아 2005.10.27.부터 2006.3.17.까지 원고의 2001년~2004년 법인세와 관련해 세무조사를 했다[제2차 세무조사]. 그 결과 특수관계자에게 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것이라고 보아 1 관련 차입금의 지급이자 9,488,351,596원을 손금부인함과 동시에 국세청장이 고시한 당좌대출 이자율(2001년 11%, 2002년 이후에는 9%)보다 낮은 연 8%의 이자율로 인수했으므로 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 판단해 2 인정이자 1,852,183,562원을 익금산입하는 과세자료를 피고 북대구세무서장에게 통보해 경정처분했다.
원고는 이 사건 교환사채의 취득은 주식을 취득할 수 있는 권리를 취득한 것이므로 법인의 업무와 관련없는 자금의 대여로 볼 수 없다는 실체적 주장과 함께, 서울지방국세청장의 조사는 동일 쟁점에 대한 중복조사이므로 위법하다고 주장했다. 이에 대해 피고는 중복조사의 예외적 허용사항인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’ 및 ‘2이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 반박했다.
제1심[대구지방법원 2009.10.28. 선고 2008구합1810 판결]과 제2심[대구고등법원 2010.8.13. 선고 2009누2291 판결] 법원은 제2차 세무조사가 중복세무조사에 해당한다는 원고의 주장은 제1차 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 ‘2001사업연도’ 부분의 범위 내에서 이유 있다고 판시했다.
1) 대구도시가스(주)는 이 사건 제1심 법원의 판결이 있기 직전인 2009.10.01. 존속회사 대성홀딩스(주)와 신설회사 대구도시가스(주)로 분할됐다. 대구도시가스(주)는 다시 2011.03.21. 상호를 대성에너지(주)로 변경했다. 현재의 대성그룹은 이 계열을 말하고, 구 대성산업 계열은 대성합동지주 계열로 구별한다.
2) 원고법인은 사주인 3남의 경영권 확보를 목적으로 교환사채를 취득한 것인데, 주식을 직접 매수하는 방법에 의하지 않은 것은 상법 제341조의 제한 규정을 감안한 것으로 보인다.
상법 제341조 【자기주식의 취득】 [전문개정 2011.4.14.] ①회사는 다음의 방법에 따라 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있다. 다만, 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조 【이익의 배당】 제1항 각 호의 금액을 뺀 금액편주)을 초과하지 못한다.
1. 거래소에서 시세가 있는 주식의 경우에는 거래소에서 취득하는 방법
2. 제345조 제1항의 주식의 상황에 관한 종류주식의 경우 외에 각 주주가 가진 주식수에 따라 균등한 조건으로 취득하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법
편주) ‘이익배당의 한도액’을 말한다.
③ 회사는 해당 영업연도의 결산기에 대차대조표상의 순자산액이 제462조 【이익의 배당】 제1항 각 호의 금액의 합계액에 미치지 못할 우려가 있는 경우에는 제1항에 따른 주식의 취득을 해서는 아니 된다.
④ 해당 영업연도의 결산기에 대차대조표상의 순자산액이 제462조 제1항 각 호의 금액의 합계액에 미치지 못함에도 불구하고 회사가 제1항에 따라 주식을 취득한 경우 이사는 회사에 대해 연대해 그 미치지 못한 금액을 배상할 책임이 있다. 다만, 이사가 제3항의 우려가 없다고 판단하는 때에 주의를 게을리하지 아니했음을 증명한 경우에는 그러하지 아니하다.
<판단> 원심이 적법하게 채택한 증거 등에 의하면, ①세무조사의 기본적인 사항과 사무처리 절차를 규정한 조사사무처리규정(2003.12.20. 국세청 훈련 제1550호) 제107조, 제109조에 의하면 지방국세청장 등은 계열, 비계열 법인별로 출력된 전산자료에 의해 주식변동상황 서면검토를 실시해 조사대상 법인을 선정하도록 규정되어 있는 사실 ②피고가 제출한 주식 및 출자지분 변동상황 서면검토조서(을 제28호증의4), 주식등 변동상황명세서(을 제28호증의5, 6), 주주명부 분석표(을 제28호증의7) 등은 위 조사사무처리규정에서 말하는 ‘조사대상 법인 선정’과 관련된 문서들로서, 서울지방국세청장의 제2차 세무조사 시작일인 2005.10.27. 이전인 2004.5.31. 출력된 것으로 기재되어 있는 사실 ③한편 서울도시가스도 2001.6.7. 이 사건 합의에 따라 원고와 마찬가지로 대성산업으로부터 교환사채를 인수했는데, 교환할 주식이 대성산업이 소유하고 있던 서울도시가스 주식인 점을 제외하고는 그 발행조건이 이 사건 교환사채와 크게 차이가 없었던 사실 ④서울지방국세처장은 서울도시가스가 대성산업으로부터 인수한 위 교환사채에 대해 2002.12.18.경 교환청구권이 행사된 사실을 확인하고 서울도시가스에 대해 2001 사업연도 및 2002 사업연도 법인제세 통합조사를 한 다음, 서울도시가스가 위 교환사채 인수를 통해 특수관계에 있는 대성산업에 업무와 관련 없이 자금을 저율로 대여한 것으로 보고 관할 세무서장인 강서세무서장에게 이를 과세자료로 통보한 사실 ⑤이에 강서세무서장은 2003.12.경 그와 같은 사유를 들어 서울도시가스에 법인세를 추가로 부과했고, 서울도시가스는 2003.12.31. 아무런 불복절차를 밟지 않고 이를 납부한 사실 ⑥그 후 서울지방국세청장은 인터넷에 공시된 이 사건 교환사채 인수자료를 비롯해 서울도시가스에 대한 위 세무조사 이후 새로이 수집한 원고의 주식변동에 관한 자료 등을 통해 원고와 특수관계에 있는 한국케이블 등이 이 사건 교환사채를 원고로부터 양수한 후 교환청구권을 행사해 원고의 주식을 취득한 사실 등을 확인한 다음, 원고도 서울도시가스와 마찬가지로 교환사채의 인수를 통해 특수관계에 있는 대성산업에 업무와 관련 없이 자금을 저율로 대여한 것으로 보고 제2차 세무조사를 하게 된 사실 등을 알 수 있다.
제1차 세무조사 당시에는 장차 원고가 이 사건 교환사채에 대해 교환청구권을 행사할지 아니면 이를 매각할지 여부 등이 유동적인 상태라서 이 사건 교환사채 인수대금의 법적 성격을 판단하는데 어려움이 있었으나, 제2차 세무조사 당시에는 원고와 특수관계에 있는 한국케이블 등이 이 사건 교환사채를 양수해 교환청구권을 행사한 사실 등이 확인됨으로써 이 사건 교환사채 인수대금의 법적 성격을 판단할 수 있는 자료가 보강되었고, 나아가 제2차 세무조사를 한 서울지방국세청장이 그 전에 이미 이 사건 교환사채 인수와 같은 경위 및 방식으로 대성산업으로부터 교환사채를 인수한 서울도시가스에 대해 세무조사를 한 다음, 서울도시가스가 위 교환사채 인수를 통해 특수관계에 있는 대성산업에 업무와 관련 없이 자금을 저율로 대여한 것으로 보고 관할 세무서장에게 그 사실을 과세자료로 통보까지 한 이상, 2001 사업연도에 대한 제2차 세무조사는 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의해 상당한 정도로 인정되어 시작된 것으로 봄이 상당하므로, 2001 사업연도에 대한 제2차 세무조사는 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다고 할 것이다.편주)
편주) 사실심에서는 이 사건 처분에 관한 실체적 쟁점인 1차입금 지급이자 9,488,351,596원 손금부인과 2부당행위로 인한 인정이자 1,852,183,562원 익금산입 모두 국승이었으나, 대법원은 1은 국승 2는 국패로 판단했다.
[441] 전오영, ‘세무조사와 헌법상 적법절차의 원칙의 관계’, 법무법인(유) 화우 ‘조세실무연구1’, 2015, 54면.
종전(1차) 세무조사에서 이미 조사된 자료는 조세 탈루혐의를 인정할만한 객관성과 합리성 있는 자료에 포함되지 않는다고 해석함이 상당하므로 종전 세무조사에서 획득한 자료만에 의해 조세탈루의 혐의가 있다는 이유로 재조사를 하는 것은 허용되지 않는다. 다만, 이 경우 종전 세무조사에서 획득한 자료에 의해 나중에 다시 경정처분이 행해지더라도, 2차 세무조사와는 무관하게 당초 경정처분의 오류를 경정한 것에 불과한 경우에는 중복세무조사 자체가 존재하지 않는 것이므로 중복세무조사의 원칙적 금지를 규정한 구 국세기본법 제81조의3 제2항에 위반된다는 주장을 할 수 없다.
이와 달리 1차 세무조사에서 획득한 자료가 아니라, 동종의 행위를 한 제3자에 대한 세무조사를 하는 과정에서 획득한 자료를 토대로 1차 세무조사 대상자에게 조세탈루의 혐의가 있다고 보아 2차 세무조사를 실시한 경우에는 그 자료가 객관성과 합리성이 있는 자료라면, 이는 예외적으로 중복세무조사를 할 수 있는 경우에 해당된다.
(2) 납세자 승소 사례
[442] 대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결 [부가가치세부과처분취소]
구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며(대법원 2010.12.23. 선고 20008두10431 판결 참조) 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다고 할 것이다.
원심판결 이유에 의하면, 원고는 부동산신축판매업자로서 2003년부터 2004년에 걸쳐 고양시 덕양구 성사동 697-14에 있는 이 사건 상가의 45개 점포를 분양한 후 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 사실, 중부지방국세청장은 2005.10.10.부터 12.9.까지 원고의 2002 사업연도 내지 2004 사업연도에 대한 개인통합조사(이하 ‘최초 세무조사’라 한다)를 실시했고, 그결과 원고가 분양수입금액 732,280,000원의 신고를 누락하고 필요경비에 11,437,000원을 과다산입한 사실을 밝혀내어 피고에게 과세자료와 함께 통보한 사실, 이에 피고는 원고에 대해 2003년 제1기분 부가가치세 27,907,290원, 2003년 제2기분 부가가치세 37,991,150원, 2004년 제2기분 부가가치세 1,524,040원을 각 증액경정하기로 결정·고지한 사실, 국세청장은 중부지방국세청에 대해 종합감사를 실시한 후 ‘원고가 상가 신축분양과 관련한 과세·면세겸영 사업자임에도 공통매입세액의 안분계산을 누락하고 분양대행 수수료를 과다계상한 혐의가 있다’는 등의 이유로 중부지방국세청장에게 원고에 대한 재조사를 지시한 사실, 이에 중부지방국세청장은 2006.9.4.부터 9.13.까지 2002 사업연도 내지 2004 사업연도에 대한 개인통합조사(이하 ‘2차 세무조사’라 한다)를 실시했고, 그 결과 원고가 과세·면세겸영 사업자임에도 분양대행 수수료에 대한 매입세액 중 면세사업에 해당하는 매입세액까지 공제받았고(2003년 제1, 2기), 소외인으로부터 수취한 세금계산서(2003년 제2기, 2004년 제2기)와 2003년 제2기 부가가치세 수정신고시 제출한 세금계산서(2003년 제2기)가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 적발해 피고에게 과세자료와 함께 통보한 사실, 피고는 위 통보에 따라 다시 2006.12.7. 원고에게 2003년 제1기분 부가가치세 27,268,580원, 2003년 제2기분 부가가치세 271,793,100원, 2004년 제2기분 부가가치세 24,837,970원을 각 증액경정하는 이 사건 부과처분을 한 사실, 그 후 이 사건 전심절차인 심판 청구에서 소외인이 독립된 사업자라는 원고의 주장이 받아들여짐에 따라 피고는 2003년 제2기분 부가가치세를 207,021,129원 중 일부)은, 2차 세무조사와는 무관하게 당초 경정처분의 오류를 경정한 것뿐이어서, 2차 세무조사가 위법한지 여부와 상관없이 적법하다고 할 것이므로, 원심이 비록 그 이유의 설시는 달리하였으나 그 부분 부과처분이 적법하다고 본 원심의 결론은 정당하다.
그러나 2003년 제2기분 부가가치세 중 그 나머지 부분에 관해서는 국세청장은 중부지방국세청이 원고에 대한 최초 세무조사에서 획득한 자료만에 의해 원고가 분양대행 수수료를 과다계상한 혐의, 즉 조세탈루의 혐의가 있다는 이유로 중부지방국세청장에게 원고에 대한 재조사를 지시한 것으로 보이고 달리 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료’가 새로 밝혀졌다는 등의 사정은 알아볼 수 없으므로, 구 국세기본법 제81조의3 제2항에 의하여 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수 없다.
