공익법인은 말 그대로 ‘공익’을 위한 '법인'이다. 그런데 2019년 1월 국세청이 “올해 대기업 사주 일가의 계열 공익법인과 계열사를 동원한 탈세 행위 근절에 역량을 집중하기로 했다”며 한해 세무행정 기조를 천명했다. 사익을 위해 공익을 팔아먹은 일부 부자들 때문에 공익법인은 이름 값을 못하게 된 것이다. 이준오 국세청 법인납세국장은 <공익법인 세무안내>라는 책 머리에 “투명한 기부문화 정착과 공익사업 활성화를 위해 납세서비스와 세정지원을 지속 확대해 나가겠다”고 했다. 매우 절제된 표현이다. 우리가 연재하는 이유다. / 편집자 주
Ⅱ. 공익법인과 세금
2. 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고·납부
■관련 예규 및 심판례 등
<수익사업에 해당하지 않는 경우>
◉ 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은 법인세법상 수익사업에 해당되지 않는 것임(법인세과-399, ’14.9.24.).
◉ 비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업을 영위하면서 위·수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세과 과세되지 아니하는 것임(서면법규과-777, ’14.7.22.).
◉ 주무관청에 등록된 종교단체로서 청소년육성사업을 그 고유의 목적사업으로 하는 비영리법인이 청소년육성사업을 수행하기 위하여 청소년수련시설을 설치·운영하면서 그 대가를 실비로 받는 경우, 해당사업은 수익사업에서 제외하는 것임(법규법인2012-168, ’12.5.30.).
◉ 장애인보호작업장은 수익사업에 해당하지 않음.
장애인복지법 제58조 제1항에 따른 장애인복지시설로서 같은법 시행규칙 별표4에 열거하고 있는 장애인보호작업장을 운영하는 경우, 해당 사업은 법인세법상 수익사업에 해당하지 아니하는 것임(법규법인2010-364, ‘10.12.21.).
◉ 연구개발업에 대한 용역대가 없이 받은 정부출연금
비영리법인이 연구 및 개발업을 수행하면서 용역대가 없이 지원받은 정부출연금은 수익사업에 해당되지 않으며, 동 출연금으로 취득한 기계장치를 수익사업에 전입하고 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 기계장치의 감가상각비를 손금에 산입하는 것임(재법인-667, ’04.12.10.).
◉ 장기요양기관이 재가노인복지시설 등에서 제공하는 재가급여, 시설급여사업은 수익사업에 해당하지 않음.
재법인-535(’09.6.9.)호의 유권해석은 장기요양기관의 재가급여 또는 시설급여가 노인복지법에 의한 재가노인복지시설, 노인요양시설, 노인요양공동생활가정에서 제공되고 있지 않는 경우에만 적용되는 것임(재법인-866, ’10.10.15.).
◉ 과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업을 위해 국가, 지자체로부터 받은 출연금은 수익사업의 소득이 아님.
과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업을 위해 국가와 지방자치단체로부터 받는 출연금은 법인세법 제3조 제2항에 따른 수익사업의 소득이 아니며, 정부출연 연구기관 및 ○○(주)로부터 받는 출연금은 같은 법 시행령 제2조 제1항 제2호에 따른 수익사업의 소득에 해당함(재법인-635, ’08.10.17.).
◉ 비영리 공익법인이 기부채납 조건부로 받는 국고보조금의 경우
특별법에 의하여 설립된 비영리 공익법인이 법인세법 시행령 제2조의 규정에 의한 수익사업과 관련한 재화 또는 용역의 공급 없이 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 의한 국고보조금(부동산을 취득해 국가에 기부채납하고 동 부동산에 대한 무상사용 수익권을 취득하는 조건)을 수령하는 경우 동 국고보조금은 수익사업 또는 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것임(서이46012-12053. ’03.11.29.).
◉ 용역제공 등의 대가와 관계없이 회원들로부터 회비를 받아 경조사 등에 사용하고 탈퇴시 자기 지분에 상당하는 회비를 반환하는 경우 수익사업에 해당 안됨(서이46012-10400, ’02.3.6.).
나. 수익사업과 고유목적사업의 구분경리
[법법 §113, 법규칙 §75, §76]
비영리법인이 수익사업과 고유목적사업을 겸영하는 경우에는 자산과 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록해야 한다.
1) 자산·부채의 구분정리
자산 및 부채는 구분경리의 대상이 되는 수익사업과 고유목적 사업별로 각각 구분해 기장해야 하며, 수익사업의 자산 및 부채라 함은 수익사업의 수익을 획득하기 위해 사용되는 자산과 수익을 발생시키는 원천에 직·간접적으로 관련해 발생하는 부채를 말한다.
그러나, 수익사업과 고유목적사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
2) 손익의 구분경리
① 개별손익금
수익사업과 고유목적사업별로 그 발생원천이 분명한 개별손익금은 그 원천별로 귀속시켜 각각 독립된 계정과목으로 구분 기장한다.
② 공통손익금
수익 또는 비용을 구분 경리함에 있어 그 구분이 불분명한 공통손익금은 다음 기준에 따라 구분 계산한다.
☞ 수개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업종별로 안분계산하고 다음에 동일 업종 내의 공통손익을 안분계산함. [법통칙 113-156…5]
☞ 수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여 상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당금전입액을 포함)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분함. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고, 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 비영리사업에 속한 비용으로 함. [법통칙 113-156…1]
3) 수익사업의 자본금
-비영리법인은 영리법인과 달리 자본금이라는 개념이 별도로 있지는 않지만, 세무조정 등에 필요하므로 다음 산식에 따라 자본금을 산정한다.
4) 수익사업과 고유목적사업 간의 자본원입 [법규칙 §76 ③, ④]
① 고유목적사업용 자산을 수익사업에 전입하는 경우
비영리법인이 고유목적사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우 그 자산가액(시가)은 자본의 원입으로 함.
이 경우 시가가 불분명한 경우의 시기는 법인세법 시행령 제89조 제2항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의함. [법통칙 113-156…2]
② 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우
수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리함.
