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신축주택 취득자 양도세 감면 ‘취득일부터 5년간 발생금액’ 명확히 규정
신축주택 취득자 양도세 감면 ‘취득일부터 5년간 발생금액’ 명확히 규정
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  • 승인 2019.09.06 13:16
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양도소득세 비과세·감면 (32)

제2장 유형별 비과세·감면, 과세특례

제1절 주택에 대한 비과세·감면제도


23. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조특법 §99의3)

다. 감면 배제되는 신축주택

3) 신축주택이 재건축·재개발 아파트인 경우 준공전 종전주택(부수토지 포함) 보유기간에 대한 양도소득 감면 여부 관련 자료

1 국세청

단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다(재산세과 227, ’09.01.20.).


① 신의칙 위배여부

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 규정하고 있고, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아닌 것으로, 이에 대해 감면대상이라고 판단하지 않는다.


② 산식의 적용

5년 이내와 5년 이후를 구분하지 않고 준공 전 양도소득은 감면대상 소득에 해당하지 않는다.

즉 아래의 ②~③구간에 대해서만 감면소득으로 본 것으로 5년 이내에 양도하는 경우에도 100% 양도소득세가 감면되지 않는다.
 

 

 


감면소득 = (전체 양도차익 × (③기준시가 - ②기준시가) / (④ 기준시가 - ①기준시가)

 

2 조세심판원 견해

① 신의칙 위배 여부

과세관청의 종전 해석(청구인은 서면4팀-2019, 2005.11.8. 등을 제시했다)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰 대상이 되는 공적인 견해 표명을 했다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼때, 처분청이 신의성실의 원칙 등을 위배했다고 볼 수도 없다(조심 2012광3450, 2012.10.5. 외 다수 같은 뜻).


② 산식 적용의 문제

동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말한다(조심 2010중2363, 2011.4.19. 외 다수 같은 뜻).


③ 가산세

양도소득세와 그 감면세액에 대해 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대해서는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대해 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합해 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실 가산세를 감액·경정하는 것이 타당하다(조심 2011전565, 2011.5.11. 외 다수 같은 뜻).

 

3 법원 견해

① 신의칙 위배 여부

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 규정하고 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니고 이에 대한 비과세 관행이 성립되었거나 과세관청이 감면대상이라는 견해를 공적으로 표명했다고 볼 수 없다(서울고등법원 2011누45193, 2012.12.21.).


② 산식 적용의 문제

ⅰ) 서울행정법원2011구단27363, 2012.03.09.

구주택을 취득해 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우, 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없다. 그리고 피고가 시행령 제40조 제1항을 준용한 것은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안해 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이고, 원고의 위 주장은 시행령 제40조 제1항이 적용될 것으로 당연히 예정된 영역이 아니라는 이유만으로 시행령 제40조 제1항을 준용하지 않아야 되고 따라서 감면되는 양도소득 금액을 안분할 것이 아니라 전체로 확장해야 한다는 것으로서 논리상으로도 지나친 비약이 있다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

 

ⅱ) 서울행정법원 2011구단23767, 2012.10.17.(청산금 납부 관련)

조특법 시행령 제99조의3 제2항은 ‘신축주택의 취득일로부터 5년이 경과했을 경우 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산은 제40조 제1항의 규정을 준용’하도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제40조 제1항은 신축주택 취득일로부터 5년 이내 부분과 신축주택 취득일로부터 5년 이후 부분으로 배분하는 배분기준을 정한 것으로, 이는 구조조정 대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 감면조항으로 배분기준을 기준시가 상승률로 삼아 그에 비례하여 배분하는 취지이다. 그런데 이 사건 신축주택은 재건축을 통해 취득된 아파트로 신축주택 취득일 이후 5년 이상 보유했을 경우 위 시행령 제40조 제1항이 적용되는 것은 명백한데, 나아가 신축주택 취득일 이전과 신축주택 취득일 이후로 배분하는 기준으로 피고가 위 규정을 적용 내지 준용하는 것에는 아래와 같은 잘못들이 있다.


우선 위 시행령 제40조 제1항 산식의 분자와 분모에 명문으로 “취득 당시의 기준시가”가 규정돼 있는데, 피고가 위 규정을 적용함에 있어 분자에 있는 “취득당시의 기준시가”를 ‘이 사건 신축주택의 취득당시 기준시가(2003년 기준시가)’로, 분모에 있는 “취득당시의 기준시가”를 ‘이 사건 구주택의 취득당시 기준시가(1996년 기준시가)’로 각 대입하는 것은 자의적인 해석으로 보인다.


피고는 재건축 아파트의 경우 위 규정을 준용함에 따른 정당한 해석이라 주장하나, 피고와 같이 계산할 경우 원고가 보유했던 이 사건 구주택과 재건축 후 취득한 이 사건 신축주택을 마치 동일한 부동산인 것처럼 같은 선상에 놓고 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범할 뿐 아니라 위 방식에 따른 과세표준의 배분방식은 적어도 분모에 원고가 이 사건 신축주택 취득을 위해 납부한 추가분담금(내지 추가분담금을 기준시가로 환산한 금액)이 포함되지 않으므로 분모금액이 과대 산정됐고 그 결과 감면되는 양도소득금액이 과소 산정된 위법은 피할 수 없다. 또한 과세표준 배분방식에 반드시 위 규정을 준용해야만 하는 것으로 볼 수도 없다.


재건축 아파트의 양도차익 산정방법은 소득세법 시행령(2009.12.14. 대통령령 제21881호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조에 명문으로 규정돼 있고 같은 조 제7항에는 각 기간에 발생하는 기준시가에 의한 양도차익 산정방식을 규정하고 있어 양도소득 금액을 각 기간으로 배분하는 기준으로 기준시가 상승액을 삼는 경우 위 규정에 따른 계산방식을 적용기준으로 삼을 수도 있다. …중간생략… 따라서 이러한 점들을 살펴볼 때 조특법 제99조의3 제1항의 규정에 의해 이 사건 신축주택의 양도로 인한 양도소득 금액 감면금액을 정할 경우 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항을 적용해 계산한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


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