- 국세청 “내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있음”
내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있다는 국세청의 유권해석이 나왔다.
국세청은 합병과세특례신청서 미제출시 적격합병에 따른 과세특례 적용 여부에 대한 질의에 이같이 회신했다(법인, 서면-2017-법령해석법인-0910, 법령해석과-467, 2018.02.21.).
국세청은 “피합병법인이 합병등기일이 속하는 과세연도의 법인세를 신고하면서 과세표준 신고기한까지 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 않았으나, 「법인세법」 제44조 제3항 제1호에 따른 적격합병 요건을 충족하면서 「국세기본법 시행규칙」 제12조 각 호의 모두에 해당하지 않는 경우에는 「법인세법 시행령」 제80조 제1항 제1호에 따른 합병과세특례를 적용받을 수 있다”라고 밝혔다.
사실관계를 보면 A법인은 2016년 8월 1일 발행주식총수를 소유하면서 100% 지배하고 있는 완전자회사인 B법인을 합병했다.
해당 합병은 법인세법 제44조 제3항 제1호 규정에 따라 적격합병에 따른 과세특례 적용대상에 해당하나, B법인은 2016년 11월 30일 법인세를 신고하면서 합병과세특례적용신청서 제출을 누락했다.
이에 질의자는 법인세법상 적격합병의 요건을 갖췄으나 합병과세특례신청서를 미제출한 경우에 적격합병에 따른 과세특례 적용이 가능한지 여부를 국세청에 물었다.
이와 관련해 「법인세법」 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】에 대한 내용은 다음과 같다.
① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액
2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 봐 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.
2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인해 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우
2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관해 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
또 「국세기본법 시행규칙」 제12조 【과세표준수정신고서 등】의 내용은 다음과 같다.
① 영 제25조 제2항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 「법인세법」 제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대해 과세를 이연(移延)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 않은 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다.
1. 정당한 사유 없이 「법인세법 시행령」 제80조, 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다]
2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우
② 영 제25조에 따른 과세표준수정신고서와 영 제26조에 따른 추가자진납부계산서는 별지 제16호서식과 같다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 서식에 원래 신고한 내용과 수정신고의 내용을 병기(倂記)하고 납부세액란 옆에 추가자진납부세액을 부기(附記)한 후 이에 각각 수정신고서 또는 추가자진납부 세액계산서로 표시함으로써 별지 제16호서식을 대신한다.
1. 부가가치세: 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제21호서식
2. 개별소비세: 「개별소비세법 시행규칙」 별지 제6호서식(부표를 포함한다), 별지 제7호서식, 별지 제7호의2서식 또는 별지 제7호의3서식
3. 교통‧에너지‧환경세: 「교통‧에너지‧환경세법 시행규칙」 별지 제4호서식
