제2장 유형별 비과세·감면, 과세특례
제1절 주택에 대한 비과세·감면제도
23. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조특법 §99의3)
다. 감면 배제되는 신축주택
3 법원 견해
③ 신축주택 감면 소송, 대법원 판결(대법원2013두12690 외, 2014.12.11., 5년 이내 양도분 전부 국패, 5년 경과 후 양도분 일부 국패)
이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다. 또한 이 사건 특례조항은 재건축·재개발을 통해 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다.
이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.
한편, 이 사건 특례조항 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례조항 후단에서 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다.
그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통해 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다.
따라서 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산해야 한다.
4) 감면세액 종합한도 규정이 적용되지 않는다.
5) 감면세액의 20%에 상당하는 세액은 농어촌특별세로 과세된다.
마. 조세특례제한법 제99조의3 개정내용
바. 경과규정
조세특례제한법 제99조의3 규정은 2002.12.11. 법률개정으로 2003.1.1. 이후 서울, 과천, 5대 신도시 내 신축주택은 동법에 의한 감면적용을 배제하도록 개정되었으며, 동 규정 중 고급주택의 용어가 2003.1.1. 이후부터는 고가주택으로 개정되었다. 이에 대한 경과조치는 아래와 같다.
사. 다른 주택의 1세대 1주택 판정 시 주택수 포함 여부
조세특례제한법 제99조의3 규정은 2002.12.11. 법률개정으로 2003.1.1. 이후 서울, 과천, 5대 신도시 내 신축주택은 동법에 의한 감면적용을 배제하도록 개정되었으며, 법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조에 따라 2002.12.31. 이전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부했거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관해서는 종전의 규정을 적용했다.
이 경우 신축주택을 보유한 자가 일반주택을 양도하고 1세대 1주택 비과세를 적용받을 때 신축주택을 주택수로 보지 않는 특례까지 종전의 규정을 적용하는 것이 불분명하여 조세특례제한법 개정법률 제6762호 부칙 제29조에 제3항을 신설해 종전의 규정을 적용하는 것으로 하고 개정법률 부칙 제29조 제3항의 적용시기를 2010.1.1. 이후 신고·결정 또는 경정하는 분부터 적용하는 것으로 명확히 규정했다.
