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[공익법인 수익사업용 재산] 교과부 보고 후 사후관리 받았다면 ‘주무장관 인정’으로 봐야
[공익법인 수익사업용 재산] 교과부 보고 후 사후관리 받았다면 ‘주무장관 인정’으로 봐야
  • 김종관 삼송세무법인 대표 세무사
  • 승인 2019.11.01 10:08
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사후관리 위반 과세사례 집중적 해부

조세불복사건 전문 김종관 세무사(삼송세무법인 대표, 상속·증여세 실무 및 불복과 부당행위계산부인 저자)는 국세신문 등에서 연재하고 있으며, 대기업 및 중소기업·세무사와 납세자들로부터 의뢰받아 법령해석으로 전개한 것을 사실관계로 전환하여 불복과정 및 조사진행 과정에서 받아들여진 사유 등 그동안의 노하우를 모두 공개함으로써 납세자 권익이 부당하게 침해받지 않도록 최근까지 인용된 사례를 중심으로 계속적으로 연재할 예정이라고 밝히고 있다.   /편집자 주

 

Ⅲ. “교과부에 수익사업용 기본재산으로 보고하여 운용하고 있는 경우”에 출연받은 날로부터 3년 이내와 관계 없이 직접 공익목적사업에 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부
 

(다) 재삼46014-630(1995.03.15.)에서도 공익목적사업 사용기준액은 개별 재산별로 계산하는 것이 아니라 공익사업의 전체 출연재산운용소득을 기준하여 계산하는 것이라고 회신하고 있는 것만 보아도 쟁점임야만 가지고 수익성을 판단할 수 없는 것이다.


(라) 따라서 수익률을 창출할 수 없는 임야라고 하더라도 수익용 기본재산으로 편입해 교과부장관에게 보고 하면, 수익용 기본재산으로 인정해 주는 것이므로 비록 3년이 경과하였더라도 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것이므로, 공익사업의 전체 출연재산운용소득을 기준하여 상증법상 평가액가액의 법정기준 이상의 수익률(3.5%)을 내면서, 창출된 운영소득의 80% 이상을 학교운영 경비로 충당하면 되는 것이지, 조사청 주장대로 개별적 물건으로 수익률 및 운영소득의 사용여부로 판단하지 않고 있음을 알 수 있다.

 

(5) 청구법인은 2009년 불특정 다수인으로부터 임야를 출연받아 수익용 기본재산으로 교과부장관에게 보고한 후 사후관리를 받고 있다.

(가) 이사회 회의록에 의하면, 쟁점임야는 본인 소유의 토지를 학원에 무상 증여의사를 밝혀옴에 따라 사학기관 재무회계규칙 제45조에 의거 기본재산으로 취득하고자 수증 승인(안)을 이사회에 상정했다.


(나) 쟁점임야는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역, 보전녹지지역, 도시자연공원구역으로 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제27조에 따라 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 흙과 들의 채취, 토지의 분할, 죽목의 벌채, 물건의 적치를 할 수 없는 등 개발이 제한되어 있다.


(다) 청구법인은 출연된 토지를 3년 이내에 고유목적사업용으로 사용이 불가함에 따라 「사립학교법 시행령」 제5조에 따라 이사회 결의를 통하여 수익용 기본재산으로 편입하고 취득세 납부 및 등기를 했다.

 

(6) 청구법인은 상증세법에 따라 평가한 금액을 수익용 기본재산으로 교과부에 보고하고 그에 따라 매년 사후관리를 받고 있다.

(가) 청구법인처럼 대학을 설립하는 학교법인은 다른 공익법인과 달리 「대학설립운영규정」 제7조에 따라 일정금액 이상의 수익용 기본재산을 확보해야 하고, 제11조에 따라 매년 수익용 기본재산을 교과부에 보고하도록 되어 있다.


(나) 상증령 제38조 제3항에 따라 “직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”에 해당되어 해당 토지를 증여된 이후 매년 상증세법에 따라 평가한 금액을 수익용 기본재산으로 교과부에 보고했다.


(다) 교육과학기술부는 매년 학교법인 기본재산 보유현황을 제출하도록 발송한 공문을 보면, 수익용 토지 현황을 제출하면서 해당 수익용 토지에서 발생한 연간 임대료 수입금액을 기재하도록 되어 있고, 청구법인의 경우에는 임대료 총 수입액은 0원으로 기재되어 있으면서, 처분허가 여부도 기재하도록 되어 있어 교육과학기술부에서 수익용 기본재산에 대하여 사후관리를 하고 있음을 알 수 있다.

 

(7) 청구법인은 세무서에 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 매년 제출하고 있는 등 사후관리를 받고 있다.

1) 청구법인은 상증법 제48조 제2항 제1호의 단서규정에 의하여 제5항에서 규정한 2008회계연도(2008.3.1.~2009.2.28.) 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 2009.5.31. 세무서에 제출하면서 [상증통칙 48-38…2]에 따른 수익사업용 또는 수익용재산으로 사용되는 재산의 금액으로 직접 공익목적사업 등에 사용한 금액으로 표기하여 제출하고 있다.


나) 처분내용

처분청은 2019.4.2. 쟁점임야를 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 2012.2.27. 증여분 증여세(납부불성실가산세 및 일반무신고가산세 포함)의 부과처분을 했다.

1) 의견

 

 

 

◈ 교과부에 수익사업용 기본재산으로 보고하여 정관상 고유목적사업인 수익사업용으로 운용하는 경우에도 3년 이내와 관계없이 “직접공익목적사업에 사용”한 것으로 보아야 한다.

 

2) 관련 법령

<상증법 제48조(공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)>

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. <개정 2010.12.27., 2011.7.25., 2016.12.20., 2017.12.19., 2018.12.31.>


1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위해 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

 

⑤ 제1항 및 제16조 제1항에 따라 공익법인 등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

 

<상증령 제38조(공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리)>

③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 “직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다. <개정 2010.2.18.>

 

3) 의견에 대한 논거

① 상속세 및 증여세법 제48조 제1항·제2항의 규정에 의하여 학교법인이 재산을 출연받아 그 출연받은 날로부터 3년 이내에 “직접 공익목적사업에 사용”하지 아니하는 경우에는 학교법인에게 증여세가 과세되는 것이나, 반면에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우에는 3년 이내와 관계없이 증여세가 과세되지 않는 것이다.

여기에서 “직접 공익목적사업에 사용”하는 경우라 함은 해당 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하고<재정경제부 재산세과-127, 2005.2.7.>, 상증법 제48조 제2항 제1호에서 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등을 설명하면서 괄호 안에 직접 공익목적사업에 충당하기 위해 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다고 규정하고 있고, 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우에는 제외하도록 규정하고 있으므로, 교과부 및 국세청에 수익사업용 기본재산으로 보고해 정관상 고유목적사업인 수익사업용으로 운용하는 경우에도 3년 이내와 관계없이 “직접 공익목적사업에 사용”한 것으로 보아 증여세가 과세되지 않는 것이다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

② 국세청 예규도 반드시 3년 이내에 처분하여 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 것이 아니라, 수익용 기본재산으로 편입된 전체출연재산 운용소득을 기준으로 법정수익률 3.5% 및 운영소득의 80% 이상을 경비로 충당하면 공익목적사업에 사용한 것으로 보고 있다.

여기에서 수익사업용으로 운용하는 경우라 함은 펀드 및 주식의 경우처럼 3년 이내에 처분하여 직접 공익목적사업에 사용해야 하나, 3년이 경과하더라도 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보고 있으며<재산세과-912,(2009.12.3.)>

공익목적사업 사용기준액은 재산별로 계산하는 것이 아니라 공익사업의 전체 출연재산 운용소득을 기준하여 계산하는 것으로 회신하고 있다. <재삼46014-630(1995.03.15.)>

주무부장관에게 수익용 기본재산으로 보고한 재산은 수익용 기본재산으로 보도록 되어 있는바, 이는 주무부장관이 수익용 기본재산으로 인정한 것으로 보는 것이다.

 

③ 따라서 출연받은 쟁점임야는 정관상 고유목적사업에 사용하기 위해 이사회 결의를 통해 수익용 기본재산으로 편입하여 수익사업용으로 운용하면서 주무부장관에게 수익용 기본재산으로 보고한 이상 직접 공익목적사업에 사용한 것이면서 법정수익률 5.9% 및 운영소득의 99%를 사용하는 등 사후관리를 위반한 사실이 없어서 증여세를 과세할 수 없다.

 

 

 

 

1) 의견

◈교과부에 수익사업용 기본재산으로 보고하여 매년 사후관리를 받고 있는 이상 아무런 조치가 없었다면 주무부장관이 인정한 것으로 보아야 한다.

 

2) 의견에 대한 논거

① 상증법 제48조 제1항·제2항 및 상증령 제38조의 규정에 의하면, 학교법인이 재산을 출연받아 그 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 학교법인에게 증여세가 과세되는 것임. 다만, 3년 이내에 사용하는 것이 ①법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 ②장기간을 요하는 사실을 당해 학교법인의 “주무부장관이 인정”한 경우로서 그 사실을 같은 법 시행령 제41조의 규정에 의한 ③출연재산 명세서 등의 제출과 함께 세무서장에게 보고한 경우에는 증여세를 과세하지 않는 것이다. <재삼 46014-1544, 1999.08.13.>

반면, 대법원(2011두25807, 2014.1.29.) 판례에 의하면, “상증세법 제48조 제2항 단서 등에서 정한 증여세 추징의 제외대상에 해당하는지는 ‘출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 부득이한 사유’가 있는지에 따라 결정되는 것이지 주무부장관의 인정여부에 따라 경정되는 것이 아니다”고 판시하고 있고,

대법원(94누8600, 1995.3.3.) 판례에 의하면, 공익사업이 그 출연받은 재산을 공익목적사업에 사용하지 못한 불가피한 사유가 있다고 주무관청이 인정하면, 그로써 당연히 면제되는 것이고, 소관세무서장에게 그 사실을 보고함으로써 면제되는 것이 아니라고 판시한 경우도 있다.

조사청도 쟁점임야에 대해 장기간을 요하는 사실 및 출연재산 명세서 등의 제출과 함께 주무부장관 및 세무서장에게 보고한 것에 대해서는 서로 다툼이 없고, 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 당해 학교법인의 “주무부장관이 인정”한 경우에 있어서 비과세 관행에 대해서만 다툼이 있다.

 

② 출연받은 쟁점임야를 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유에 해당하는 지를 보면,

㉮ 운영수익 총액에 해당하는 가액인 300억원 이상의 수익용 기본재산을 확보할 의무가 있는 「대학설립운영규정」 제7조와 상증법이 충돌되어 부득이한 사유에 해당된다.

청구법인은 다른 공익법인과 달리 「대학설립 운영 규정」 제7조에 따라 대학교의 경우 운영경비를 충당하기 위해 운영수익 총액에 해당하는 가액인 300억원 이상의 “수익용 기본재산”을 확보할 의무가 있으므로 쟁점임야와 같이 개발이 제한되어 있다고 하더라도 주무부장관에게 수익용 기본재산으로 편입하여 보고하도로 규정하고 있는 상태에서 당장 사용이 불가능한 임야의 경우에도 기부를 받을 수밖에 없는 사정이 있는데, 이러한 학교법인의 특수성을 인정하지 않고 증여세를 부과하는 것은 위 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유에 해당된다.

 

㉯ 쟁점임야를 주무부장관에게 보고해 수익용 기본재산으로 편입하는 대신, 법정기준(3.5%) 이상의 6~7%의 수익률 및 운영소득의 99% 이상을 학교운영 경비로 사용한 이상 사후관리를 위반한 사실이 없어 부득이한 사유에 해당된다.

 

「사립학교법 시행령」 제5조 제1항 제3호의 규정에 따라 이사회 결의를 통해 수익용 기본재산으로 편입하는 대신, 수익용 기본재산 전체를 운영하여 연간 소득이 상증법상 평가액가액의 법정기준 이상의 수익률(3.5%→ 2017년 개정 가중평균금리 중 저축성 수신금리 2017년 1.79%) 이상의 수익률을 창출해야 하며, 운영소득의 80% 이상을 학교운영 경비로 충당하도록 규정하고 있으므로 당장 공익목적사업 등에 사용이 불가능한 임야의 경우에도 전체 운영하여 얻은 법정기준 이상의 수익률 창출 및 운영소득의 80% 이상을 학교운영 경비로 충당해 사용하기 위해 수익용 기본재산을 확보하도록 하고 있는 규정과 상증법이 충돌할 여지가 있는 점 등으로 보아 이는 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유에 해당된다.

 

따라서, 청구법인은 쟁점임야를 주무부장관에게 보고하여 수익용 기본재산으로 편입하는 대신, 법정기준(3.5%) 이상의 5.9%의 수익률 및 운영소득의 99% 이상을 학교운영 경비로 사용한 이상 사후관리를 위반한 사실이 없어 부득이한 사유에 해당하는 것이므로 증여세를 과세할 수 없다.

 

③ 장기간을 요하는 사실을 당해 학교법인의 “주무부장관이 인정”한 경우에 해당하는지를 보면,

㉮ 쟁점임야는 개발이 제한되어 있으므로 출연당시 장기간을 요하는 재산으로 3년 이내에 공익목적사업에 사용할 수 없는 재산에 해당된다.

쟁점임야는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역, 보전녹지지역, 도시자연공원구역으로 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제27조에 따라 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 흙과 들의 채취, 토지의 분할 등 개발이 제한되어 있으므로, 청구법인이 쟁점임야를 사용·수익하는 데 현실적·법률적으로 제한이 있으므로 도시관리계획이 변경되지 않는 한 장기간을 요하는 재산에 해당된다.

청구법인은 출연된 토지를 3년 이내에 고유목적사업용으로 장기간 사용이 불가함에 따라 청구법인은 2008.12.26. 사학기관 재무회계 규칙 제45조에 의거 기본재산으로 취득하고자 수증 승인(안)을 이사회에 상정한 후 「사립학교법 시행령」 제5조에 따라 이사회 결의를 통해 수익용 기본재산으로 편입하고 취득세 납부 및 등기를 했다.

 

 

김종관
삼송세무법인 대표세무사

•(전)국세청 심사과(5년 근무), 감사과(7년 근무), 재산세과, 국제조세과(본청 근무)
•역삼 법인세과장 등 국세청 근무 36년
•(전)서울시립대학교 세무전문대학원 조세쟁송과정 강사

•저서
-세무조사시 거래유형별 부당행위 계산 부인(조세통람, 2010년 2012년)
-상속·증여세 실무(주식이동 포함, 조세통람 2000년 등)
-불복과 부당행위 계산부인(조세통람, 2015년)
-세무조사 및 컨설팅 사례 중심(2015년 11월 발간)
-해외진출기업 세무안내(태국·말레이시아 편) 등 다수

•연구실적
-녹조근정훈장 수상·외국인등록번호 개발로 국민포장 수상(창안)
-토지무상사용에 대한 과세개발로 대통령 표창(신지식인)
-사업의 양도, 공동수급체, 유상증자시 희석가치 등(모범공무원)
-전산자료 조합을 통한 각종 과세자료 개발(재경부 장관·국세청장)

 

 


김종관 삼송세무법인 대표 세무사
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