- 해운대 등 3개세무서, 신고검토 미흡해 법인세 19.9억원 덜 걷어
- 금정·마산세무서, 법인통합조사때 검토 소홀, 법인세 18.6억 누락
부산국세청(청장 이동신)이 감사원으로부터 중소기업관련 세액감면·공제를 부당하게 적용받은 법인에 대해 부족징수된 법인세를 부과하는 방안을 마련하라는 통보조치를 받았다.
아울러 신고내용 확인 및 법인통합조사 때 중소기업이 아닌 법인이 중소기업 관련 세제혜택을 신고해서 법인세를 부당하게 공제·감면하는 일이 없도록 검토업무를 철저히 하라는 주의도 받았다.
12일 발표한 감사원(원장 최재형)의 부산국세청 기관운영감사 결과에 따르면, 부산국세청은 신고내용 확인 등에서 중소기업 해당여부 검토 미흡으로 발생한 해운대·부산진·북부산세무서의 법인세 미징수액 19억8500만원과 법인통합조사 시 중소기업 해당여부 검토 소홀관련 금정·마산세무서의 법인세 미징수액 18억6400만원 등 총 38억4900만원의 법인세를 징수하라는 통보조치를 받았다.
구 '조세특례제한법 시행령'(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) (이하 구 조특법 시행령) 제2조 제1항에 따르면, 중소기업이란 제조업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 상시 근로자 수·자본금 또는 매출액이 업종별로 '중소기업기본법 시행령' [별표 1](이하 중기법 시행령)의 규정에 의한 규모기준 이내이어야 하고, 규모기준 이내이더라도 매출액이 1000억원 이상 등(이하 상한기준)인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다고 되어 있다.
또한 실질적 독립성 요건을 규정한 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 및 제3조의2에 따르면, 각 사업연도 말 현재 다른 법인의 주식 등을 30%이상 소유하면서 최다출자자인 경우 등으로서 지배종속관계에 해당하는 관계기업의 경우 중기법 시행령 [별표 2]에 따라 산정한 지배기업과 중소기업의 매출액 등의 합계액이 상한기준 이내일 것 등으로 되어 있다.
그리고 구 조특법 시행령 제2조 제2항에 따르면, 중소기업이 규모의 확대 등으로 규모기준을 초과하거나 상한기준에 해당되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도(이하 유예기간)까지는 중소기업으로 보고, 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정한다고 되어 있다. 다만, 실질적 독립성 요건에 맞지 않아 중소기업에 해당하지 아니할 때에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 되어 있다.
한편 조특법 시행령 개정(2015.2.3.대통령령 제26070호)에 따라 중소기업 해당 여부에 대한 판단 기준이 규모기준은 업종별 매출액으로, 상한기준은 자산총액으로, 실질적 독립성 요건은 관계기업의 매출액 합계액(업종별 규모기준)으로 판단하도록 변경됐다.
따라서 법인세 신고내용 확인이나 세무조사 등 법인의 신고내용을 확인할 때에는, 중소기업 관련 세액공제 등을 받은 기업에 대해 상한기준, 규모기준 또는 실질적 독립성 요건 충족 여부와 중소기업 간주 유예기간 준수 여부 등을 제대로 검토해야 한다.
그런데 부산청 산하 해운대·북부산·부산진세무서는 AA등 4개 법인이 매출액 또는 관계기업과의 합산 매출액이 상한기준 또는 규모기준을 초과하여 중소기업 간주 유예기간이 적용되지 않거나 중소기업 간주 유예기간이 경과한 후 중소기업의 규모기준 등을 초과하여 중소기업이 아닌데도 중소기업으로 신고하여 중소기업 특별세액감면을 받은 내용에 대해, 신고내용 확인이나 감면법인 사후관리를 하면서 중소기업 해당 여부를 제대로 검토하지 않거나 검증대상에서 제외했다.
그 결과 법인세 19억8517만원(가산세 포함)을 미징수하여 감사원 지적을 받았다.
또한 금정·마산세무서는 B회사와 C회사의 2014사업연도 법인통합조사 때 관계기업인 두 회사에 대해 중소기업 해당 여부를 제대로 검토하지 않아 법인세 18억6421만원(가산세 3억7729만원 포함)이 적게 납부된 것에 대해 지적을 받았다.
B회사는 2014사업연도 종료일 현재 B의 종속회사(지분율 100%)인 C와의 매출액 합계액이 1030억원으로 매출액 상한기준인 1000억원을 초과하여 B와 C 모두 실질적 독립성 요건이 충족되지 않은 상태였다.
그리고 B와 C는 2015사업연도부터 2017사업연도까지의 합산 매출액도 각각 1227억원, 1445억원, 1465억원으로 중기법 시행령 [별표 1]에서 정한 제조업의 규모기준인 1000억원을 초과했다.
그러나 B는 법인세 신고시 중소기업으로 신고하여 중소기업 특별세엑감면 등으로 계 14억4015만원을 감면·공제 받았고, C도 2014년사업연도부터 2017사업연도까지 법인세 신고시 중소기업 특별세액감면 계 4677만원을 받았다.
그런데도 금정·마산세무서는 B와 C의 2014사업연도 법인통합조사 시 관계기업인 2개 법인에 대해 중소기업 해당 여부를 검토하지 않아 부당하게 세액감면 등을 받은 사실을 확인하지 못했다.
감사원은 올 3월25일부터 4월19일까지 20일간 감사인원 11명을 투입하여 실지감사를 실시했다.
