전자신고 세액공제의 세무대리인에 대한 연간 한도를 법률에 직접 규정하고 그 한도를 300만원, 750만원으로 하는 내용의 조세특례제한법 개정안이 지난달 29일 국회 기획재정위원회 전체회의를 통과했다.

또 납부세액이 없거나 최저한세가 적용돼 공제받지 못한 신성장·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제액의 이월기간을 5년에서 10년으로 연장하는 내용의 법안도 통과됐다.

다음은 기재위 전체회의를 통과한 조특법 개정안의 구체적인 내용.

○ 지역특구 감면제도와 관련해 소득세·법인세의 100분의 100을 감면하는 기간과 100분의 50 등 그 외의 감면율을 적용하는 기간에 적용되는 최저한세의 일관성을 확보하기 위해 소득세·법인세의 100분의 100을 감면하는 기간은 최저한세의 적용 대상에서 제외하고, 그 외의 감면율을 적용하는 기간에 대해 최저한세를 적용하도록 함.

○ 전자신고 세액공제의 세무대리인에 대한 연간 한도를 법률에 직접 규정하고 그 한도를 300만원, 750만원으로 함.

○ 조세특례 예비타당성평가의 면제요건을 법률에 명확히 규정함.

○ 고위험·고비용 신기술에 대한 연구개발을 지원하기 위해 납부세액이 없거나 최저한세가 적용돼 공제받지 못한 신성장·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제액의 이월기간을 5년에서 10년으로 연장함.

○ 창업자금에 대한 증여세 과세특례 제도가 적용되는 업종에 번역 및 통역서비스업, 경영컨설팅업, 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업 등 97개 업종을 추가하고, 창업 기한은 증여일부터 1년에서 2년으로, 창업자금 사용기한은 증여일부터 3년에서 4년으로 각각 연장함.

○ 가업승계 증여세 과세특례가 공동수증자에 대해도 적용되도록 함.

○ 증여세가 감면되는 농지 등 자산의 범위에 6만 제곱미터 이내의 염전을 추가함.

○ 「상속세 및 증여세법」에서 중소기업에 대한 최대주주 할증평가 적용을 영구 배제함에 따라 「조세특례제한법」 상 한시적 특례조항을 삭제함.

○ 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 행복기숙사(사립 및 연합)에 대해 부가가치세를 면제함.

○ 시내버스 공동운수협정을 체결한 노선여객자동차운송사업자로 구성된 조합이 사업장 종사자를 위해 위탁 계약을 통해 공급받는 음식용역에 대해 부가가치세를 면제하도록 함.

○ 일반택시 운송사업자가 운수종사자 등에게 부가가치세 경감세액을 정해진 기간 내에 지급하지 않은 경우 납부해야 하는 이자상당액에 적용되는 이자율을 대통령령으로 정하도록 함.

○ 면세유 관련 감면세액 및 가산세에 대한 추징주체와 추징절차를 조세 체계와 실무에 맞게 정비함.

○ 면세유 판매업자가 2년간 판매실적이 없는 경우 면세유 판매업자 지정을 취소할 수 있도록 하고, 취소일부터 1년간 새로운 지정신청을 할 수 없도록 함.

○ 면세유류 관리기관이 행정기관 등에 요청할 수 있는 자료에 ‘농어민등이 보유한 화물자동차의「자동차관리법」에 따른 전산자료’를 새로 추가하고 자료의 범위를 구체적으로 규정함.

○ 외국인관광객 등이 관광호텔에서 30일 이하의 숙박용역을 공급받은 경우 그에 대한 부가가치세를 환급받을 수 있도록 하는 특례제도의 적용기한을 2020년 12월 31일까지 1년 연장함.

○ 외국인관광객이 미용성형 의료용역을 공급받을 때 부과되는 부가가치세에 대한 환급 특례규정의 적용기한을 2020년 12월 31일까지 1년 연장함.

○ 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례제도의 적용기간을 2020년 12월 31일까지 1년 연장함.

○ 농협의 전산용역 공급에 대한 부가가치세 면제제도의 적용기한을 2년 연장함.

○ 제주도 지정면세점의 면세물품 구매한도(1회당 600달러)를 계산할 때 주류, 담배 등 대통령령으로 정하는 물품은 제외하도록 함.

○ 영세개인사업자의 재기를 지원하기 위해 사업자가 폐업한 후 사업을 재개해 1개월 이상 사업을 계속하거나 3개월 이상 취업 하는 경우 재산이 없는 등의 사유로 징수할 가능성이 없는 체납액에 대해 가산금을 면제하고 5년의 범위 안에서 해당 체납액을 분할납부하도록 허용함.

○ 환경친화적 자동차의 개발·보급을 지원하기 위해 수소전기자동차에 대한 개별소비세 감면을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
 
○ 노후자동차 교체 지원을 통한 자동차산업 활력 제고를 위해 2009년 12월 31일 이전에 신규등록된 자동차를 2019년 6월 30일 현재 소유한 자가 노후자동차를 폐차하고 말소등록일 전후 2개월 이내에 경유를 사용하지 아니하는 승용자동차를 본인명의로 신규등록하는 경우, 개별소비세액의 100분의 70을 6개월간 한시적으로 감면함.

○ 제주특별자치도와 위기지역 소재 회원제 골프장 입장행위에 한해 2년간 한시적으로 개별소비세 75%(9,000원)를 감면함.

○ 거주자가 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급해 2년 이전에 취득한 토지등을 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 대토보상 받는 부분에 대해서는 양도소득세 감면율을 현행 15%에서 40%로 인상하고, 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등에 대해 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 대통령령으로 위임할 수 있는 근거를 명확히 함.

○ 장기일반민간임대주택등에 대해 양도소득세 장기보유특별공제를 받을 수 있는 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 신설함.

○ 코넥스 상장 벤처기업의 전략적 제휴를 위한 주식 교환 시 양도소득세 과세 이연함.

○ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 온라인 소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 3년 이내의 기술우수중소기업 등 대통령령으로 정하는 기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해서도 양도소득세 비과세 특례를 적용함.

○ 농업인 등이 농지 등을 현물출자 시 감면되는 양도소득세는 현물출자한 자산에 담보된 채무 중 법인이 인수하는 채무가액에 상당하는 소득을 제외한 것임을 명확히 함. 

○ 공익사업 시행을 위한 수용으로 2년 이상 가동한 공장을 이전함에 따라 발생하는 양도차익에 대한 법인세 및 소득세 과세특례를 3년 거치 3년 분할 과세에서 5년 거치 5년 분할 과세로 그 기간을 연장하고, 중소기업 투자활성화를 위해 중소기업이 가동한 공장 이전에 대한 양도차익에 대해는 법인세 및 소득세 분할과세 기간 연장뿐만 아니라 특례대상도 10년 이상 가동한 공장에서 2년 이상 가동한 공장으로 확대함.

○ 박물관 등의 이전을 위해 종전시설을 양도함에 따라 발생하는 양도소득세 과세특례를 3년 거치 3년 분할납부에서 3년 거치 5년 분할 납부로 확대하고 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.

○ 가공무역 지원 등을 위해 운영 중인 보세공장 제도에 대한 중소·중견기업 이용률을 제고하기 위해 중소·중견기업의 보세공장에 2022년 12월 31일까지 수입하는 기계 및 장비에 대한 관세를 면제함.

○ 금 현물시장 활성화를 통한 금 거래 양성화를 위해 금 현물시장 매매거래를 하기 위해 수입신고하는 금지금에 대한 관세 면제의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장함.

○ 국내 대륙붕 등 해저광물자원 개발사업을 지원하기 위해 해저광물의 탐사 및 채취에 사용할 목적으로 수입하는 기계·장비 등에 대한 관세 및 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.

○ 신에너지 및 재생에너지의 개발·이용을 촉진하기 위해 신에너지 및 재생에너지 관련 기자재에 대한 관세경감의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장함.

※ 부대의견 
○ 정부는 근로장려금이 제도의 취지에 맞게 운영되고 있는지 집행실태를 점검하고 그 결과를 2020년 정기국회 전까지 국회 기획재정위원회에 보고할 것.

○ 기획재정부는 버스, 건설중장비 운전교습 등 직업훈련 목적의 운전학원 사업부문에 대한 중소기업 특별세액 감면의 적용을 전향적으로 검토할 것.

○ 기획재정부는 핵심 소재·부품 분야 등 중요성이 높은 기술분야를 신성장·원천기술 연구개발비 세액공제의 대상 기술에 포함하는 방안을 적극 검토할 것.

○ 기획재정부는 4차 산업혁명을 선도하고 혁신성장을 지원하기 위해 미국, 중국, 대만, 프랑스, 스페인 등의 사례를 참조해 내년 상반기 중 특허 조사·분석·출원·등록·유지 등 업무를 R&D 범위에 포함시키거나 세제지원하는 방안을 검토할 것.

○ 기획재정부는 5세대 이동통신 기지국 설비 투자 활성화를 위해 공사비를 공제대상에 포함하는 방안을 조세특례제한법 시행령 개정시 반영할 것.

○ 사회보험 신규가입자 사용자부담 보험료 세액공제를 2020년까지 1년 한시적으로 연장하고 이 후 적용기한을 연장하지 아니한다.

○ 기획재정부는 2020년 상반기까지 조세특례제한법 시행령 개정을 통해 영어조합법인의 법인세 면제 한도를 어업소득에 대한 비과세 확대에 준해 확대할 것.

○ 기획재정부는 R&D 세액공제 시행령 개정 시 대학 맞춤형 교육비용 등을 반영해 세제지원을 유지할 것.

○ 기획재정부는 중유를 사용하는 연안화물선들이 2021년부터 시행 예정인 황 함유량 규제 강화로 경유를 의무적으로 사용하게 됨에 따라 발생하는 부담을 경감하기 위한 유류세 감면 등 지원방안을 마련해  2020년 상반기 중에 국회 기획재정위원회에 보고할 것.

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