제1장 세법의 해석과 적용
제2절 세법 적용의 원칙
6. 세법해석에 관한 질의회신 절차와 방법
가. 세법해석 기관
세법해석 질의에 대한 회신은 기획재정부장과 국세청장이 관장한다. 기획재정부에 제출된 세법해석 관련 질의는 원칙적으로 국세청에 이송하며, 국세청에서 회신한다. 다만, 다음의 경우에는 기획재정부장관이 적접 해석할 수 있다(영 §10⑤).
① 국세예규심사위원회의 심의를 거쳐야 하는 질의(입법취지에 따른 해석이 필요한 경우, 기존 해석·관행을 변경하는 경우, 기타 납세자의 권리·의무에 중대한 영향을 미치는 경우)
② 국세청장의 세법 해석에 대해 다시 질의한 사항으로서 국세청장의 회신문이 첨부된 경우의 질의(사실판단과 관련된 사항은 제외)
③ 세법이 새로 재정되거나 이에 대한 기획재정부장관의 해석이 필요한 경우
④ 그 밖에 세법의 입법 취지에 따른 해석이 필요한 경우로서 납세자의 권리보호를 위해 필요하다고 기획재정부장관이 인정하는 경우
위의 ④의 경우는 2016.2.5. 공포된 시행령의 신설내용이다. 그동안 기획재정부장관은 관련 불복 등(과세적부심, 이의신청, 심사청구 및 소송)이 진행 중이라는 이유로 국세청의 질의를 반려하거나 접수하지 않은 등의 경우가 있었다. 이 규정에 따라 기획재정부장관은 필요하다고 인정되면 직접 해석해 회신할 수 있게 됨으로서 납세자의 권리보호가 한층 강화됐다.
나. 세법해석의 기준
기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대해 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석해 회신해야 한다(영 §10①).
다. 질의회신 절차와 방법
국세청장은 회신한 문서의 사본을 해당 문서의 시행일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 기획재정부장관에게 송부해야 한다. 국세청장이 받은 질의가 국세예규심사위원회에서 심의하는 사항인 경우에는 기획재정부장관에게 의견을 첨부해 해석을 요청해야 한다. 다만, 국세청장은 기획재정부장관에게 의견을 붙여 질의한 사항에 대해 기획재정부장관의 해석에 이견이 있는 경우에는 그 이유를 붙여 재해석을 요청할 수 있다.
기획재정부장관에게 재출된 세법 해석과 관련된 질의는 국세청장에게 이송하고 그 사실을 민원인에게 통지해야 한다. 다만, 기획재정부장관이 납세자에게 직접 회신한 사항에 대해서는 회신한 문서의 사본을 국세청장에게 송부해 참고하도록 해야 한다.
제3절 관련 예규, 판례
○예규
① 사용인이 매출누락하고 그 금액을 부당 유용한 책임은 법인에게 있다.
실질과세의 원칙을 적용함에 있어, 사용인 또는 고용관계가 있는 자가 수입금액 누락, 가공경비 계상 후 동 금액을 부당하게 유용한 경우 이를 당해 법인이나 사업자의 수입금액에 가산하거나 경비를 부인해 세법을 적용하는 것이며 이에 대한 상세한 처리는 각 세법의 규정에 따르는 것이다(징세 46101-608, 1993.2.15.).
② 조사시간 연장통지 지연이 신의성실의 원칙에 위반되는지 여부
국세기본법 제15조의 규정이 성립되기 위해서는 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대해 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재하고, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않았다는 의사가 있어야 한다(서삼 46019-11272, 2002.8.2.).
③ 새로운 해석의 적용기준(세법 해석의 기준 관련)
새로운 세법 해석이 종전과 상이한 경우 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이나 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우 그러하지 아니한다(상담2팀-394, 2006.2.21.).
④ 새로운 해석의 적용시기(소급과세의 금지 원칙 관련)
새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 종전해석이 명백한 법령위반이거나 감사원법 등에 의한 시정요구일 경우를 제외하고는 새로운 해석이 있는 날 이후 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다(서면1팀-1441, 2004.10.26.).
⑤ 새로 개정된 법률의 적용시기(소급과세의 금지 원칙 관련)
탈세시점과 탈세제보 사이에 조세범처벌법이 개정된 경우 새로 개정된 법률은 그 효력을 가지기 이전에 발생한 사실에 소급해 적용하지 않는다(서면1팀-182, 2007.1.31.).
○ 판례
① 실질 대표이사는 아들이므로 등기상 대표자에게 한 상여처분은 무효라는 주장의 당부
법인 대표의사로 등재된 이상, 사실관계를 정확히 조사해야만이 실질적 대표자인지 여부가 밝혀질 수 있으므로, 설령 실질적인 대표자가 아니었다고 하더라도 그 하자가 외관상 명백하다고 볼 수 없어 당연무효로 볼 수 없다(대법원 2008두 18571, 2009.1.15.).
② 단순히 면세로 신고받은 사실을 공적인 견해표명으로 불인정한 사례
과세관청이 면세사업등록증을 교부하고 면세로 신고를 받은 사실이 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없고, 가산세를 부과할 수 없는 사유에 해당하지 않는다(대법원2001두9370, 2002.9.4.).
③ 금지금 수출업자에게 신의성실의 원칙을 적용한 사례
연속되는 일련의 거래과정에서 매출세액의 포탈을 목적으로 악의적 사업자가 존재하고 그로 인해 자신의 매입세액 공제·환급이 다른 세수의 손실을 가져온다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 수출업자가 매입세액의 공제·환급을 구하는 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(적극)
[다수의견] 구 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조, 제17조 1항에서 채택하고 있는 이른바 전단계 세액공제 제도의 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 되므로, 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 따라서 만일 연속되는 일련의 거래에서 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(부정거래)를 시도해 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담없이 공제·환급받을 수 있는 사업자가 있다며 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없는바, 이러한 결과는 소극적인 조세 수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계까지 심각한 폐해가 미치게 된다.
수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제·환급제도를 악용해 부당한 이득을 추구하는 행위이므로, 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 종제·환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다.
따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제·환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없으므로, 이는 구 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 곧 악의적 사업자와의 관계로 봐 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도, 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반해 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봐야 하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자 사이에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다(대법원 2011.1.20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결).
