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‘연구‧인력개발비 세액공제’ 대상 여부 미리 알 수 있다
‘연구‧인력개발비 세액공제’ 대상 여부 미리 알 수 있다
  • 이승겸 기자
  • 승인 2020.01.13 12:00
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국세청, 올해부터 R&D 세액공제 사전심사제 도입‧시행
내국법인·거주자, 법인‧소득세 과세표준 신고 전까지 신청가능
사전심사 신청 혜택…신고내용 확인대상 제외, 과소신고 가산세 면제
사전심사 통한 세액공제 가능 여부에 대한 불확실성 해소 및 가산세 부담 완화

국세청은 올해부터 ‘연구·인력개발비(R&D) 세액공제’의 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 다른 기관과 공동연구하면서 인건비와 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다.

이 제도는 기존에 연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나였다. 

이로 인해 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생해 납세자에게 큰 부담이 돼 왔다.

이를 완화하기 위해 올해 1월 1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도를 시행하는 것.

이 제도를 통해 연구·인력개발비 세액공제 가능 여부에 대한 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 신청한 기업들이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 적극적으로 지원할 예정이다.

연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스‧우편‧방문접수를 통해 신청 가능하며, 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다. 

의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고도 가능하다. 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우는 심사에서 제외된다.

아울러 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하지만 법인세(소득세) 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분이 있어도 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.

연구·인력개발비는 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’와 ‘일반 연구·인력개발비’로 구분되며, 일반 연구·인력개발비보다 세제상 혜택이 큰 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사한다.

국세청은 ‘신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지’, ‘지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지’ 여부를 검토한다. 서면심사를 원칙으로 진행한다. 다만 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장확인이 진행될 수 있다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우에는 ①신고내용 확인 대상에서 제외되고 ②이후 심사 결과와 다르게 과세처분된 경우 과소신고가산세가 면제되는 혜택이 주어진다. 단 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.

현재 제도 시행 초기에 해당해 심사팀이 임시 조직(TF)으로 운영되고, 기술검토는 신성장동력·원천기술의 심사와 동일하게 외부전문가를 활용해 진행할 예정이다. 

다만 사전심사 신청 추이를 반영해 연구개발 세정지원TF팀을 확대한 상설 조직으로 개편을 추진하고 연구·인력개발에 대한 전문 지식을 갖춘 이공계 전공자를 분야별로 충분히 확보해 신속하고 친절한 사전심사 서비스를 제공한다는 계획이다.

또한 국세청은 향후 제도 운영에 대한 의견을 수렴하고 심사 사례집을 발간하는 등 성실신고를 적극 뒷받침할 계획이다.

기타 문의사항은 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀(☎044-204-3333~9)으로 연락하면 된다. 

한편 국세청은 지난해 12월 11일 이 같은 내용을 포함한 ‘연구·인력개발비 사전심사 사무처리규정 제정안’을 행정예고 한 바 있다.

지난해 2월 12일 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받고자 하는 내국인(법인 & 개인사업자 포함)은 법인세법 및 소득세법에 따른 과세표준신고 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사해 줄 것을 요청할 수 있도록 하는 조세특례제한법 시행령 제9조 제13항이 신설됐다. 

당시 국세청 법인세과 관계자는 본지와의 만남에서 "올해 2월 연구·인력개발비 사전심사 사무규정 신설에 따라, 세액공제 요건충족여부 판단에 어려움 겪는 기업에 대한 세정서비스를 철저히 수행하기 위해 12월부터 심사전담조직을 구성해 시행에 차질없도록 만반의 준비를 하고 있다"고 말했었다.

이 관계자는 또 "법인세는 신고·납부세목으로, 기존에는 기업이 법인세 신고할 때 연구 및 인력개발비에 대해 알아서 판단해 공제신청 했었다"며 "그러다보니 신고납부 후 사후검증시 부인당하는 등의 문제가 발생했었다"고 덧붙였다.

그러면서 "앞으로 기업이 법인세법 및 소득세법에 따른 과세표준신고 전, 국세청에 연구 및 인력개발비 세액공제 요건충족 해당여부를 사전 신청해 판단받으면, 이런 문제발생 소지가 차단돼 기업에서도 반기는 입장이다"라고 설명한 바 있다.

 


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