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조세불복사건 전문 김종관 세무사(삼송세무법인 대표, 상속·증여세 실무 및 불복과 부당행위계산부인 저자)는 국세신문 등에서 연재하고 있으며, 대기업 및 중소기업·세무사와 납세자들로부터 의뢰받아 법령해석으로 전개한 것을 사실관계로 전환하여 불복과정 및 조사진행 과정에서 받아들여진 사유 등 그동안의 노하우를 모두 공개함으로써 납세자 권익이 부당하게 침해받지 않도록 최근까지 인용된 사례를 중심으로 계속적으로 연재할 예정이라고 밝히고 있다. /편집자 주

 

경제의 규모가 커지고 사회가 다양화하면서 정부의 지출만으로 사회복지, 장학, 교육, 종교, 공중위생, 문화사업, 학술 등 다양한 분야에 걸친 공익사업의 수요를 충족시키는 것이 매우 어렵게 되는 것이어서, 정부가 다양해진 사회적 욕구를 적절히 충족시키지 못함에 따라 정부가 재정지출을 통해 수행해야 하지만 여력이 없거나 능력이 미치지 못하는 분야에서 국민복지 기능을 상당부분 공익법인이 수행하도록 하고 있다.

그러나 상속인이 공익법인에게 기부하지 않고 상속재산으로 신고하면 상속세 50%를 납부하더라도 50% 이상 상속됨에도, 공익법인에 기부한 재산에 대해 일정부분의 당근정책이 필요한 상황에서 공익법인의 공익활동은 공공재의 성격을 가지기 때문에 시장기구에만 맡기면 시장의 실패가 발생되므로 정부는 공익활동의 적정공급을 도모하기 위해서 공익법인에 출연하는 재산 또는 그 운용소득에 대해 세제상의 혜택을 주고 있으며, 공익법인을 활성화하기 위해서 공익법인에 대한 재산의 출연이나 기부를 통해 재원조달을 쉽게 하도록 지원하도록 각종 혜택이 주어지는 반면, 투명성 확보차원 및 조세회피나 부의 세습수단으로 악용되는 것을 방지하기 위해 공익법인 설립법 및 각종 세법에서 그에 대한 규제장치를 마련하고 있다.

 

그리하여 ‘공익법인이 출연 및 기부받은 재산’에 대해서는 상속세 및 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 이유는 공익법인의 활동을 조세정책적 차원에서 지원하기 위한 규정으로서, 공익법인이 영위하는 공익사업은 원래 국가 또는 지방자치단체가 수행해야 할 업무라는 점을 고려한 것이다. 즉 공익법인에 출연한 순간 공익법인과는 특수관계가 소멸되면서 청산하게 되면 국가에게 귀속되는 재산이어서 공익법인 등이 그 고유목적사업을 원활히 수행할 수 있도록 공익법인 등에게 출연한 재산에 대해서는 상속세나 증여세를 부과하지 않도록 하고 있다.

 

그러나 이러한 면제규정을 악용해 공익을 위한다는 명분하에 공익법인의 출연이 상속세 및 증여세 회피, 세습수단 및 부의 증식 수단으로 이용될 가능성에 대비하기 위해 상증법은 공익사업의 범위, 요건, 사후관리 기준 등을 규정하면서 1986.12.31. 이전에는 교육기관에 대해서는 이사 취임 제한을 두지 아니하고, 공익법인법의 적용을 받은 공익법인<장학재단> 경우에만 특수관계자도 이사의 3분의 1까지 취임한 경우에도 공익사업으로 보고, 의료인이 출연한 경우에 그 출연자만이 그 의료법인의 이사취임을 허용했고, 이를 제외한 나머지 공익법인들은 원칙적으로 출연자가 이사 취임할 수 없도록 규정하고 있어 출연자 및 특수관계자가 당해 공익법인의 이사에 취임하는 순간부터 상속세 및 증여세가 면제되는 “공익사업”으로 보지 않도록 규정하고 있었다.<구 상증령 제3조의2 제1항 제1호>

 

1987.1.1. 이후에는 장학재단 이외에도 추가로 사회복지법인과 의료법인에 대해 출연자 등 특수관계자의 이사취임을 이사 현원의 3분의 1까지 허용하되, 의료법인의 경우에 의료인이 출연자에 대해서는 특수관계자로 보지 아니하도록 함으로써 개정전과 마찬가지로 이사 현원의 3분의 1이라는 제한에 관계없이 이사에 취임하는 경우라도 동 법인이 운용하는 사업을 “공익사업”으로 보도록 완화했다.<개정취지>
 

1994.1.1.이후에는 장학재단 및 사회복지법인과 의료법인<의료인이 출연한 자는 특별한 관계가 있는 자로 보지 아니함> 모두 이사의 5분의 1까지 축소했으며, 이에 따라 공익법인법도 1995.2.5.부터 이사의 5분의 1 초과로 개정하면서 상증법과 동일하게 일치시켰다.
 

또한, 1995.1.1. 이후 결정분부터는 불특정다수인으로부터 출연 받은 재산 중 출연자별도 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업에 출연하는 금전 등<주식 또는 출자지분, 부동산 등은 제외>은 사후관리 대상에서 제외했다.<상증법 제8조의2 제4항 본문단서 신설>

 

그러나, 1997년 이후에는 공익사업으로 보는 구 상증령 제3조의2<“공익사업”>의 규정이 삭제됨에 따라 특수관계자의 이사에 취임하더라도 상속세 및 증여세 과세가액에 불산입하는 등으로 당해 공익법인에 대한 상속세 및 증여세를 과세할 수 없게 되었다.<재산상속46014-2058,1999.12.4.;재산상속46014-2148. 1999.12.24.>
 

대신, 구 상증법 제16조<공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입> 및 구 상증령 제13조<공익법인 등의 출연재산에 대한 출연방법> 제2항 의하면, 피상속인의 유언에 따라 상속받은 재산을 상속세과세표준 신고기한까지 출연한 경우 및 출연한 상속인이 당해 공익법인의 이사가 되거나 이사의 선임 기타 사업운용에 관한 중요사항을 결정할 권한이 없는 경우에만 상속세과세가액에 불산입 할 수 있게 되었다. 따라서 출연자는 당해 공익법인의 이사가 되는 경우와 관련이 없이 상속세과세가액에 산입하지 않은 반면, 유일하게 상속인만 공익법인의 이사가 되는 즉시 상속세과세가액에 산입하는 것으로 규정하고 있었으나, 이마저도 2002.1.1.이후부터는 이사의 5분의 1을 초과하는 경우에 한해 상속세과세가액에 산입하는 것으로 완화됨에 따라 상속인 등도 이사의 5분의 1을 초과하지 않는 한 상속세를 과세할 수 없게 되었다.
 

반면, 공익법인이 출연받은 재산에 대해서는 증여자가 공익법인의 이사가 되는 것과 상관없이 구 상증법 제48조<공익법인 등의 출연재산에 대한 과세가액 불산입>에 의하여 증여세과세가액에 산입하지 아니하되, 다만, 주식 등을 출연하는 경우에는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하거나 각종 사후관리를 위반한 경우에만 그 사유가 발행한 때에 증여세나 가산세를 부과하고 있었다.
 

이에 따라 공익법인은 ‘종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는’ 법인으로서(법 제16조 제1항). ‘공익을 목적으로 하는 사업’은 사회 구성원의 적극적인 참여가 있을 때보다 성숙하고 완전한 모습으로 실현될 수 있는데, 공익법인은 여기서 중요한 역할을 담당해 왔기 때문에 이러한 인식에서 과세관청은 그동안 공익법인에 재산을 출연하는 것에 대하여는 이사의 취임여부와 관련없이 출연재산의 종류를 묻지 않고 상속세나 증여세 과세를 하지 않았던 것이며, 유일하게 피상속인의 재산으로 상속인이 출연한 경우에 있어서 공익법인의 현원의 5분의 1을 초과해 이사로 취임한 경우에 한정하여 상속세가 과세되고 있었을 뿐이다.<2001.12.31. 이전에는 상속인이 이사취임하면 무조건 상속세 과세되었다.>

 

그러나, 2000.1.1.이후부터는 상속인의 이사 취임 이외에는 상속세 및 증여세 모두 출연자의 이사의 취임규제가 없어짐에 따라 이를 이용한 병폐로 인하여 사적지배를 강화하기 위해 출연자 등의 이사취임에 대한 가산세 부과 규정을 신설하게 되었다.<상증법 제48조 제8항, 상증령 제80조 제7항 신설>
 

그 개정이유를 보면 공익법인에 대한 출연자 등의 사적지배, 특히 타법인의 예속을 방지하기 위해 출연자 및 그의 특수관계인으로 하여금 공익법인의 의사결정권한이 있는 이사취임 및 고용되는 것을 제한하되, 교사·의사 또는 고아원·탁아소의 보모 등으로 고용되는 경우에는 예외를 인정하고, 출연자 등이 이사 취임 제한기준<이사현원의 5분의 1>을 위반하는 경우 기준초과 이사 등에 관련된 경비를 가산세로 징수하도록 규정했다. 즉, 기준초과하지 않은 이사 등에 관련된 경비는 가산세로 징수하지 않는 것은 당연한 법해석이다.
 

그 이유를 대법원 2011두21447, 2017.4.20. <일명 수원교차로 사건>에서 보면, 출연자 등이 공익법인의 이사 현원 가운데 그 의사결정을 지배할 수 있는 이사의 과반수에 훨씬 미달하는 5분의 1을 초과하여 차지하더라도 언제나 증여세가 부과되도록 규정함에 따라 이 규정에 의하여 출연자에 의한 공익법인의 직접적 지배가능성은 법적으로 확고하게 봉쇄된다. 이로써 공익법인의 직접적 지배에 의한 내국법인의 지배가 차단된다.
 

결국 출연자 및 상속인 등이 공익법인의 이사 현원 가운데 5분의 1 이하를 차지하는 경우에만 증여세가 부과되지 않는다고 판시하고 있다.

 

반면, 임직원 인건비의 경우 공익법인 설립 운영에 관한 법률에서는 주무관청이 승인을 받아 상근임직원의 수를 정하게 하고 있다. 따라서 이 법에 의해 설립된 공익법인은 상근임직원의 수 및 조직도를 주무관청에 보고하고, 보고한 인원수를 초과해 채용을 진행할 시에는 주무관청에 승인을 얻도록 되어 있었다.

그동안 상증령 제38조 제2항에서 사용인의 인건비 등 관리비는 공익목적사업 사용실적에 제외하면서 상증칙 제10조의5에서 의사·교사·사서·보모 및 전문연구원, 간호사·교수 등의 인건비 및 고유목적사업에 직접 사용되는 시설의 수선비·전기료 등 관리비는 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 하였으나, 2000.12.29 이후 종료하는 사업연도분부터는 고유목적사업의 수행을 위한 사용인의 인건비 전액이 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보도록 개정되면서 상증칙 제10조의5의 규정이 삭제됨에 따라 의사 등 여부와 관계없이 정관상 고유목적사업에 사용한 모든 인건비 등에 대해서도 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보았다. <서면46014-11000, 2002.7.31.>

 

공익법인들은 정관상 고유목적사업을 이용해 인건비 등을 과다하게 지급됨에 따라 공익법인법의 적용을 받는 장학법인 및 사회복지법인의 경우에 한하여 2012.1.1. 이후부터 과다인건비를 1인당 8000만원까지 제한하도록 규정했다.
 

앞 내용에서 보듯이 공익법인과 관련해 설립당시부터 사후관리까지 모두 민법, 공익법인법. 법인세법, 소득세법, 상증세법상에서 상호간에 연계되어 있기 때문에 상증세법만 가지고 판단해서는 아니되며 특별법 우선적용의 원칙에 따라 판단해야 한다. 즉, 공익법인의 설립을 허가한 주무부장관에 정관상 고유목적사업에 실질적으로 근무하고 있는 임직원에 대해 임직원 수의 승인을 받아 인건비를 집행하고 있음에도, 이렇게 승인받아 집행한 것을 무시하고 국세청이 임직원 인건비 등에 대해 과세한다면, 이는 하나의 정부에서 각각 다르게 판단하는 것이어서 과연 합리적인 과세인지 묻고 싶다.
 

즉, 합리적인 과세방법이 되려면, 출연자 등이 공익법인을 사적지배가 가능한 이사 현원의 5분의 1을 초과하는 경우에만 임직원 가산세를 부과하고, 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않은 경우에도 주무부장관의 승인을 받지 않은 1인당 8000만원 초과분만 법인세로 과세하는 것이 타당하다.
 

따라서 이사 현원의 5분의 1에 미달하면서 1인당 8000만원을 초과하지 않는다면 정관상 고유목적사업을 위해 실질적으로 근무하고 있는 임직원에 대해서는 임직원 가산세를 부과할 수 없는 것으로 봐야 한다.
 

더군다나 최근 정부는 공익법인에 대한 사후관리를 강화함에 따라 그동안 과세하지 않았던 불특정다수를 위한 사업<학술연구, 장학, 사회복지, 문화, 예술 등 당연 지정기부금 단체>을 고유목적사업으로 하고 있는 지정기부금단체까지도 대부분 공익법인에 해당하는 점에서 10년 이내에 있는 과세자료에 대해 소명안내를 하고 있는 실정이다.
 

종교단체에 대해서는 동일한 공익법인에 해당함에도 불구하고 소명을 받지 않고 있어 과세형평성에도 문제가 제기된 상태이다.

 

일반 사업자 조사는 대부분 1년인 반면, 공익법인에 대해서만 조세를 포탈한 사실이 없는 단순한 사후관리 위반여부에 대해 합당한 근거가 뒷받침되어 과세가 되어야 함에도, 단지 출연자와 특수관계자에 해당된다는 이유만으로 사후관리 위반 가산세<부과제척기간 5년>가 아닌 증여세로 보아 부과제척기간 10년 이내에 있는 모든 사후관리 위반여부에 대해 검증한 후 증여세로 최고 50%에 이르는 무거운 세율을 적용하고 있어 재정부담 능력이 전혀없는 공익법인들은 당장 그 많은 세액을 납부할 능력이 없을 뿐만 아니라 소송비용까지 부담해야 하는 이중적인 고통을 겪고 있는 실정이다.
 

그러다보니 재정부담이 없는 공익법인에게 가산세 등으로 과세되면, 결국 부족한 재원만큼 고유목적사업<특히 장학사업, 청소년단체 등>에 사용할 금액이 줄어들게 될 뿐만 아니라, 다시 공익목적사업에 사용하지 못함으로써 파산하게 되는 결과가 되기 때문이다.

 

2019년 세법개정안에 의하면, 2021년부터 공익법인에 대한 지정신청 접수 및 관리감독을 국세청으로 일원화하면서, 법인세법상 및 상증세법상 지정기부금단체를 공익법인 중의 하나로 열거하고 있고, 기획재정부장관은 지정기부금단체 등 지정 및 고시를 통해 상증법상 각종 세제혜택을 누리게 된다.
 

상증령 제12조에서 열거하는 사업<종교, 학술연구, 장학, 사회복지, 문화, 예술, 의료 또는 그 밖의 공익을 목적으로 하는 사업 등 열거규정임)을 영위하는 경우에는 세법상 공익법인이며, 공익법인의 설립·운영을 받은 공익법인과 법인세법 시행령 제39조 제1항 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에서 규정하는 기획재정부 장관으로부터 지정기부금 단체<사회복지법인, 학교, 종교단체, 의료법인, 민법상 비영리법인 중 기획재정부장관의 지정을 받은 법인, 학술연구단체·장학재단·기술진흥단체·문화예술단체 또는 환경보호운동단체·기타 지정기부금단체 등과 유사한 단체:시행규칙 제18조의3> 및 소득세법상의 기부금 대상 민간단체로 지정받은 경우도 세법상 공익법인에 해당된다. 또한 학교 또는 전문모금기관<법인세법 제24조 제3항 제6호>도 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관으로부터 법정기부금단체로 지정받을 수 있다(「법인세법 시행령」 제38조 제6항 및 「법인세법 시행규칙」 제18조의2 제3항).

 

공익목적의 기부를 장려하고자 법인세법 제24조 제2항·제3항 및 법령 제39조 제1항에서 정하는 지정기부금단체와 법정기부금 단체<이하 “지정기부금단체등”이라 한다> 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에서 정하는 기부금 대상 민간단체에 대해 일정한 한도 내에서 기부금을 손금 또는 필요경비로 산입하고 있는 반면,
 

지정기부금단체 등을 설립하면서 출연한<출연받은> 재산에 대해서는 상속세 및 증여세를 과세하지 않은 대신에 조세지원 제도를 탈세 및 부의 편법 상속 등으로 악용하는 행위를 규제하기 위해 공익법인이 지켜야 할 의무규정 및 납세협력의무를 부여하고 이를 지키지 않을 경우 증여세 및 가산세 등을 과세함으로써 공익법인의 본래의 목적사업에 전념하도록 하고 있다.
 

이는 세법 외의 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 등 각 특별법에서 정한 정관의 내용·임원의 임면·이사회 운영·주무관청의 감독 등에 관한 특별규정을 두어 공익법인의 목적사업을 건전하게 운영하도록 하여 사회일반의 이익에 이바지하기 위한 것과 같은 취지이다.

 

반면에 지정기부금단체 등이 상증세법상 의무불이행으로 1000만원 이상의 증여세를 부과받게 되면, 공익법인의 존립이 흔들리게 되고, 그로 인하여 출연당시에 면제받은 증여세 및 사후관리 위반으로 인한 가산세 등이 추징될 수도 있다. 김영란법 이후에는 일단 추징이 되면 국세청 심사청구는 물론 조세심판원도 기각하고 있으며, 기획재정부도 예규회신을 지연하고 있어 납세자 입장에서는 막막한 실정이다. 소송을 가더라도 세무관련 전문지식이 부족하여 대부분 패소하는 것이 현실이다. 따라서 소송까지 가서 승소한다고 하더라도 많은 소송비용이 들어가기 때문에 조사이전 단계부터 사전에 컨설팅받아 대비하는 것이 가장 합리적인 절세 방법이다.
 

지정기부금단체에서 탈락되는 경우를 보면, 1000만원 이상의 상속세·증여세<가산세 포함>를 추징당한 경우 이외에도 목적 외 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하는 등 공익목적을 위반한 경우, 법인세법시행령 제39조 제5항 각호의 의무를 위반한 경우, 의무의 이행 여부에 대한 주무관청의 보고 요구에도 불구하고 이를 보고하지 아니한 경우, 불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우, 법인의 대표자, 대리인, 사용인 또는 그 밖의 종업원이 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」을 위반해 징역 또는 벌금형이 확정된 경우, 법인이 해산한 경우 등에는 지정기부금단체 등에서 취소하도록 규정하고 있기 때문이다.