비영리법인의 주식처분대금을 국가에 반납함으로써 처분이익이 국가에 귀속되는 경우에는 법인세법 제2조 제3항에 따라 법인세가 과세되지 않는다는 국세청의 유권해석이 나왔다.
국세청은 비영리내국법인이 국가의 위탁 업무 수행과정서 매각한 주식 처분이익이 법인세 과세대상에 해당하는지에 대한 질의에 이같이 회신했다(법인, 사전-2017-법령해석법인-0881, 법령해석과-854, 2018.04.02.).
국세청은 “「한국연구재단법」에 따라 설립된 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 기술료 관리업무를 수행하면서 국가가 기술료 명목으로 수취한 주식의 명의를 이전 받은 후 처분하고, 해당 주식 매각금액 전액을 국가에 반납함으로써 주식 처분에 따른 이익이 전부 국가에 귀속되는 경우, 해당 주식 처분이익에 대해서는 「법인세법」 제2조 제3항에 따라 법인세가 과세되지 않는다”라고 밝혔다.
사실관계를 보면 재단법인 A법인은 한국연구재단법에 따라 2009년 6월 26일 설립된 비영리법인으로 과학기술정보통신부(이하 “과기부”)로부터 국가연구개발사업을 위탁받아 관리하고 있다.
과기부는 2003년 12월 설립된 **연구소(이하 “연구소”)에 2004년부터 국가연구개발사업비를 지원했으며, 2007년 12월경 연구소 외 2인과 ‘영리법인 자회사 설립을 위한 기본협약’을 체결해 연구소로 하여금 자회사 B법인을 설립하도록 하고, 연구소로부터 지원금에 대한 기술료 명목으로 B법인 주식 8155주(B법인 발행주식 총수의 14.68%)를 무상으로 이전받기로 했다.
과기부는 2009년 10월 6일 과기부의 기술료를 통합관리하고 있는 A법인에 B법인 주식을 연구소로부터 이전받아 관리할 것을 요청했고, 이에 따라 A법인은 B법인 주식을 보유하게 됐다.
A법인은 2017년 11월 B법인 주식을 전량 매각했으며, 해당 주식의 매각금액 61억3000만원 전액을 기술료로 국가재정법에 따라 과기부에 2018년 반납할 예정이다.
이에 질의법인은 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 업무를 수행하는 과정에서 매각한 주식 처분이익이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부를 질의했다.
이와 관련해 「법인세법」 제2조 【납세의무】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. <개정 2010.12.30>
1. 내국법인
2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인
③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.
또한 「법인세법」 제3조 【과세소득의 범위】의 주요 내용은 다음과 같다.
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (개정 2013.1.1.)
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
이와 함께 「법인세법」 제4조 【실질과세】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
