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조세불복사건 전문 김종관 세무사(삼송세무법인 대표, 상속·증여세 실무 및 불복과 부당행위계산부인 저자)는 국세신문 등에서 연재하고 있으며, 대기업 및 중소기업·세무사와 납세자들로부터 의뢰받아 법령해석으로 전개한 것을 사실관계로 전환하여 불복과정 및 조사진행 과정에서 받아들여진 사유 등 그동안의 노하우를 모두 공개함으로써 납세자 권익이 부당하게 침해받지 않도록 최근까지 인용된 사례를 중심으로 계속적으로 연재할 예정이라고 밝히고 있다. /편집자 주

 

지정기부금단체 등으로 증여세를 면제받은 공익법인은 사전에 상증세법상 의무위반이 없도록 하기 위해 공익법인을 설립한 자에 대한 혜택 및 신고의무 등과 공익법인의 납세협력의무 및 고유목적사업과 관련해 지켜야할 일 등에 대해 간략하게 설명하고, 그 중에서도 최근 이슈가 되고 있는 3년 이내 직접 공익목적사업에 사용, 이사 선임 등 임직원 가산세, 성실공익법인 탈락으로 인한 주식 5% 초과 보유분, 신고불성실 가산세 등에 대해 살펴보고 사후검증이 아닌 허가단계에서부터 사전검증제도를 도입하는 등으로 하여 하나의 정부가 관리하도록 하여 임직원 가산세 및 성실공익법인에서 탈락하지 않도록 사전에 방지할 수 있는 방안이 마련돼야 한다.
 

세법을 전문으로 하는 경우에도 법 해석을 가지고 다툼이 있음에도 정부를 대신해 정관상 공익목적사업을 운영하는 공익법인에게 많은 컨설팅 비용 및 사후관리 위반 가산세 등을 과다하게 부과하여 수혜자들에게 혜택을 줄일 것이 아니라, 정부 대신 운영하고 있으므로 특히 사후관리 위반여부에 대해서는 사전검증제도를 도입해 이러한 사후관리 위반 가산세를 차단하거나 부담하더라도 최소로 하는 것이 공익법인을 활성화하는 방법이기 때문이다.
 

그리하여 공익법인 설립 당시부터 특수관계자 이사 등재여부 확인 및 승인, 이사 변경 시마다 5분의 1 초과 여부 확인 및 승인, 공익법인 종류별로 사후관리 위반여부에 대해 사전점검 체크리스트를 법정 양식<모든 공익법인 관련법 포함>으로 고시, 공익법인이 체크리스트에 의하여 자체 점검하도록 하여 자체 시정조치 유도 및 점검 후 신고, 정부<통합>는 매년 사전검증 서류를 받아 사후관리 위반여부를 체크하여 신고한 당해연도에 시정조치, 사후관리 위반 가산세 등을 추징하더라도 1년분 가산세만 내면 됨에도 10년 동안 사후관리하지 않은 채 그동안 방치하고 있다가 증여세 부과제척기간 10년이 되는 해에 10년분 가산세 등을 추징한다면 과연 공익법인이 생존할 수 있는지가 의문이기 때문이다.
 

따라서 산재되어 있는 공익법인과 관련된 법을 하나의 합리적으로 정비한 이후 공익법인의 종류에 맞는 사전점검 체크리스트 고시 및 하나의 기관에서 모든 사후관리를 일시에 처리할 수 있도록 하여 불필요한 비용 및 가산세 부담을 적게 함으로써 공익법인 본연의 정관상 공익목적사업에 맞게 많은 수혜자들에게 혜택이 돌아갈 수 있도록 정부와 공익법인이 함께 노력하여 합리적인 방안을 마련해야 할 것으로 보여진다.

 

1. 공익법인의 분류

가. 기획재정부장관이 지정하여 고시한 단체(법인세법 시행령 §39① 1호 바목, §38⑥)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

•국세청홈택스(www.hometax.go.kr)→‘공익법인공시’→‘기부금단체 간편조회’ 접속

•결산서류, 기부금 모금·활용실적, 외부회계감사 자료 등 조회가능

•기획재정부의 지정·고시 절차없이도 지정기부금단체에 해당하는 의료·학교·종교법인 등의 단체*에 기부하는 경우<2020.12.31.까지 공익법인 지위 유지하고, 2021년 이후 새로 지정됨>

*(예시)사회복지·의료·학교법인, 정부 인·허가 학술연구·장학·예술문화·환경보호단체, 종교법인 등

•(지정 기간) 지정일이 속하는 연도의 1.1.부터 6년간 효력이 유지되며, 지정 기한이 경과한 경우 최초 지정 신청의 방법으로 재지정 신청을 할 수 있다.
 

○설립근거에 의한 분류:상법법인, 민법법인, 공익법인, 특수법인

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

나. 실정법상 비영리법인의 구분

■「민법」 상 비영리법인

『민법』 제32조(비영리법인의 설립과 허가)의 규정에 의거 학술·종교·자선·기예·사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 비영리법인으로 할 수 있다.
 

■특별법상 비영리법인

비영리법인은 「민법」 제32조의 규정 이외에 특별법에 의하여도 설립된다(예:「사립학교법」에 의한 학교법인, 「의료법」에 의한 의료법인, 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인 등).
 

■법인세법상 비영리법인

「법인세법」의 규정에 의하여 조세지원을 받는 비영리법인

1) 「민법」 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인

2) 「사립학교법」 제10조의 규정에 의하여 설립된 학교법인

3) 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법상 비영리법인과 유사한 목적을 가진 법인

4) 법인격이 없는 단체로서 신청하여 승인을 얻은 단체(「국세기본법」 제13조 제2항)
 

■상증법상 비영리공익법인

공익법인은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 하는 법인을 말한다(상증령 제12조).

1) 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2) 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업

3) 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

4) 「의료법」 또는 「정신보건법」의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료 법인이 운영하는 사업

5) 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업

6) 법인세법 제24조 제3항에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업<붙임1>

7) 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금 대상 민간단체가 운용하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.<붙임2>

8) 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제2호 다목*에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진 시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

*사회복지·문화·예술·교육·종교·자산·학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 기부금
 

<붙임 1> 법인세법 제24조(기부금의 손금불산입)

③ 제2항에서 법정기부금은 다음 각 호의 기부금으로 한다. <개정 2011.7.25., 2011.12.31., 2013.1.1., 2014.1.1., 2015.3.27., 2018.12.24.>

1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조 제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

가. 「사립학교법」에 따른 사립학교

나. 비영리 교육재단(국립·공립·사립학교의 시설비, 교육비, 장학금 또는 연구비 지급을 목적으로 설립된 비영리 재단법인으로 한정한다)

다. 「근로자 직업능력 개발법」에 따른 기능대학

라. 「평생교육법」에 따른 전공대학의 명칭을 사용할 수 있는 평생교육시설 및 원격대학 형태의 평생교육시설

마. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

바. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

사. 「한국과학기술원법」에 따른 한국과학기술원, 「광주과학기술원법」에 따른 광주과학기술원, 「대구경북과학기술원법」에 따른 대구경북과학기술원 및 「울산과학기술원법」에 따른 울산과학기술원

아. 「국립대학법인 서울대학교 설립·운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 서울대학교, 「국립대학법인 인천대학교 설립·운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 인천대학교 및 이와 유사한 학교로서 대통령령으로 정하는 학교

자. 「재외국민의 교육지원 등에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 한국학교(대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 학교만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 기획재정부장관이 지정·고시하는 학교

5. 다음 각 목의 병원에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금

가. 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원

나. 「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원

다. 「서울대학교병원 설치법」에 따른 서울대학교병원

라. 「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원

마. 「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원

바. 「암관리법」에 따른 국립암센터

사. 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원

아. 「국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 국립중앙의료원

자. 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원

차. 「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단이 운영하는 병원

카. 「방사선 및 방사성동위원소 이용 진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원

타. 「국민건강보험법」에 따른 국민건강보험공단이 운영하는 병원

파. 「산업재해보상보험법」 제43조 제1항 제1호에 따른 의료기관

6. 사회복지사업, 그 밖의 사회복지활동의 지원에 필요한 재원을 모집·배분하는 것을 주된 목적으로 하는 비영리법인(대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 법인만 해당한다)으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 기획재정부장관이 지정·고시하는 법인에 지출하는 기부금

 

<붙임 2> 제39조(지정기부금의 범위 등)

①법 제24조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리 법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)에 대해 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

가. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

나. 「영유아보육법」에 따른 어린이집

다. 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

라. 「의료법」에 따른 의료법인

마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “「민법」상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제3항 제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인

1) 다음의 구분에 따른 요건

가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리 외국법인의 경우:정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위해 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리 외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 것일 것)

나) 사회적협동조합의 경우:정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것

다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관의 경우:설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것

2) 해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것

3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 재지정의 경우 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 해당 비영리법인 및 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개하였을 것

4) 비영리법인으로 지정·고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것

5) 제13항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 항에 따라 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정을 취소하거나 재지정을 하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.