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중소기업간 통합 양도세 이월과세 요건·대상·절차 등 명확히 검토해야
중소기업간 통합 양도세 이월과세 요건·대상·절차 등 명확히 검토해야
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  • 승인 2020.02.21 09:03
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제2장 유형별 비과세·감면, 과세특례

제7절 주식 또는 출자지분에 대한 비과세제도


2. 기업구조조정 증권투자회사에 출자한 주식 등의 비과세(조특법 §54)

기업구조조정 증권투자회사에 직접 출자하여 취득한 주식 등을 양도하는 경우 양도소득세가 과세되지 않는다(2006.12.30. 삭제, 폐지).

 

3. 기업구조조정전문회사 등에 출자한 주식의 비과세(조특법 §55)

거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사에 2006.12.31. 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되지 않는다(일몰도래, 2006.12.30., 삭제).

 

4. 부동산투자회사 등에 출자한 주식의 비과세(조특법 §55의2)

거주자가 부동산투자회사 또는 기업구조조정 부동산투자회사에 2006.12.31. 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되지 않는다(일몰도래, 2006.12.30., 삭제).

 

5. 선박투자회사에 출자한 주식의 비과세(조특법 §87의5)

거주자가 선박투자회사에 2005.12.31. 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되지 않는다(일몰도래, 2005.12.31., 삭제).

※위 특례로서 일몰은 되었으나, 특례시행 시 “취득분” 주식에 대한 경과조치를 두고 있는 경우가 있으므로 적용 시 유의해야 한다.

 

제8절 법인전환 등에 따른 이월과세제도


1. 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세(조특법 §31)

가. 개요

중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 사업용 고정자산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인에 양도하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.


나. 이월과세 요건

① 적용대상 중소기업 간의 통합

소비성 서비스업(소비성 서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성 서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 「중소기업 기본법」에 의한 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

ⅰ) 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

ⅱ) 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)이상일 것

※소비성 서비스업

- 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

- 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용 유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

- 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

 

② 적용대상 사업용 고정자산

당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981.1.1. 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

※법인의 업무와 관련이 없는 부동산

「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산을 말한다. 이 경우 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한다.

 

다. 이월과세 적용신청

① 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세 적용 신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.


② 이월과세 적용 신청서의 기한내 제출규정은 단순한 협력의무가 아닌 필수요건이 된다(조심2009광3468, 2009.12.14.;재산-519, 2009.10.21.).

 

라. 다른 감면규정과의 관계

① 조세특례제한법 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 동법 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 동법 제6조·제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 중소기업 간의 통합을 하는 경우 통합법인은 감면기간에 대해 동법 제6조·제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 조특법 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용 재산에 대해서만 적용한다.


② 조세특례제한법 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 동법 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대해 동법 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.


③ 조세특례제한법 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 중소기업간에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

 

마. 사후 관리

① 중소기업 간의 통합을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부해야 한다.


ⅰ) 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지(통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 사업용 고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우를 말한다)하는 경우. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

㉠ 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

㉡ 통합법인이 「파산법인」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

㉢ 통합법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우(2018.2.13. 삭제)

㉣ 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

 

ⅱ) 이월과세를 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분(주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자를 포함한다)하는 경우. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

㉠ 법 제31조 제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 “해당 내국인”이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

㉡ 해당 내국인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

㉢ 해당 내국인이 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

㉣ 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

㉤ 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 

 


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