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나대지 상에 주택 신축 후 양도한 경우의 양도소득세 감면
나대지 상에 주택 신축 후 양도한 경우의 양도소득세 감면
  • 류성현 변호사 법무법인(유) 광장
  • 승인 2020.03.27 09:27
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류성현 변호사(전 국세청 사무관)
법무법인(유) 광장

원고는 1986.1.24. 용인시 수지구 소재 토지를 매입한 후 약 25년간 나대지 상태로 두고 있다가 2010.2.10 위 토지 상에 주택 3채를 신축한 후 2015.4.15. 위 주택들을 양도가액 총 합계 27억원에 양도했다.
 

원고는 2015.6.30. 양도소득세 예정신고 시 조세특례제한법 제98조의3을 적용함에 있어 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득금액인 것으로 계산한 후 2억원에 대해 감면 신청했는데, 그 후 2016.5.2. ‘이 사건 특례조항에 따라 이 사건 감면대상 양도소득금액을 계산할 경우 양도소득금액 전액이 감면대상이라는 이유로 과다하게 신고·납부한 양도소득세를 환급해 달라’는 취지로 경정청구를 했으나, 피고는 2016.11.24.자로 이를 거부하는 처분을 하였다. 원고는 이에 불복했다. 원고는 구제받을 수 있을까?

 

이 사례는 서울 밖의 지역에 있는 나대지 상에 주택을 신축한 후 양도한 경우에 관한 것인데, 위 사례를 이해하기 위해서는 조세특례제한법 제99조 및 제99조의3에 관하여 2014.12.11. 선고한 대법원 판결을 먼저 살펴볼 필요가 있다. 조세특례제한법 제99조 및 제99조의3은 신축주택에 대한 수요를 진작해 부동산경기를 활성화하기 위한 목적에서 주택을 신축하여 5년 내 양도하는 경우 양도소득세를 100% 감면해주고, 5년 후 양도하는 경우에는 신축주택 취득 후 발생한 양도소득금액을 공제하도록 규정하고 있다.

조특법 제99조는 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지를, 조특법 제99조의 3는 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지를 신축주택 취득기간으로 한다는 점에서만 차이가 있을 뿐 두 규정의 내용은 거의 동일하다.
 

위 규정은 실제로 큰 효과를 발휘했는데, 수많은 사람들이 위 규정의 혜택을 받기 위해 위 신축주택 취득기간 동안 구주택을 재건축하거나 조합을 결성해 낡은 아파트들을 대대적으로 재건축했으며 그와 같이 신축한 주택을 취득한 날로부터 5년이 되어가자 사람들은 해당 주택을 양도하기 시작했다. 그리고 신축주택 취득 전에 발생한 양도소득을 포함해 양도소득세 감면을 신청하거나 양도소득세가 감면된다는 사실을 몰랐던 사람들은 과다하게 납부한 세금을 돌려달라며 경정청구를 했는데, 국세청은 해당 조특법 규정은 신축주택 취득 후에 발생한 양도소득금액만 감면 대상이라는 이유로 납세자들의 청구를 받아주지 않았다. 즉, ‘기존 주택 취득 후 신축주택 취득 시까지 발생한 양도소득에 대해서도 감면 대상에 포함되는 것인가’ 아니면 ‘신축주택 취득 후에 발생한 양도소득만을 감면대상으로 보는 것인가’에 관하여 납세자와 국세청 간에 다툼이 있었다.

 

이에 신축주택 취득 후 5년 내 양도한 납세자들과 5년 후 양도한 납세자들은 소송을 제기하였는데, 1심과 2심 법원은 신축주택 취득 후 발생한 양도소득만을 감면대상으로 본 국세청의 처분이 정당하다고 판단했다. 그러나 대법원은 5년 내 양도한 사례에 대해 ‘위 조항은 언제부터 발생한 양도소득을 감면한다는 것인지에 관하여 명시하고 있지 않으며, 5년 후 양도한 경우와 달리 감면대상 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 않은 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이므로 기존 주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면돼야 한다(대법원 2013두12690판결)’고 판단했다.
 

또한, 대법원은“조특법은 신축주택 취득일부터 5년 후 양도한 경우‘공제하는 양도소득금액을 계산하는 방법에 대해서 직접 규정하지 않고 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 하고 있는데, 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통해 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있으나, 위 규정은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액을 구분해 산정하는 방법을 별도로 정하지 않고 있다(대법원 2013두2273판결)”는 취지로 판시함으로써 5년 후 양도한 경우에도 기존 주택 취득 후 신축주택 취득일까지 발생한 양도소득금액은 감면대상에 포함된다고 판단했다.
 

한편, 이 사건의 경우 조특법 제98조의3이 적용되는데, 원고는 이미 선고된 대법원 판례가 이 사건에도 그대로 적용되는 것이므로 나대지 취득 이후 주택 신축 전까지 발생한 양도소득에 대해서도 양도소득세가 감면돼야 한다고 주장했고, 피고는 기존 대법원 판례는 종전 주택을 재건축 한 경우에 있어서 신축주택 취득 전에 발생한 양도소득이 감면대상이라고 판단한 것이므로 나대지 상태에서 발생한 양도소득은 감면대상이 아니라고 주장했다.

 

그러나 대법원은 위 사례에 대해서도“주택을 신축하기 위해서는 통상 토지의 취득이 선행되며, 그러한 경우 신축주택 취득 전부터 발생한 토지의 양도소득은 결국 신축주택이 양도되는 때에 비로소 발생하는 것이어서 신축주택 취득일 전의 토지의 양도소득도 양도소득세의 과세대상에 포함될 수밖에 없다.

양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통해 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있는데, 관련 규정의 문언, 취지 등에 비추어 보면 조특법 시행령 제40조 제1항의 이 사건 산식 중 양도소득금액은 신축주택 취득일 전의 토지의 양도소득을 포함한 전체 양도소득금액을 의미한다고 봄이 타당하다”고 판시한 원심을 그대로 확정하였으며 원고는 양도소득세를 환급받을 수 있었다.
 

조특법 제99조, 제99조의3과 이 사건에서 문제되는 조특법 제98조의3은 입법취지와 조문의 내용이 유사하다. 따라서 이 사건에서 기존 대법원 판결과 다른 판단을 기대하기는 어렵다. 대법원 판결 이후 조특법 제99조 및 제99조의3이 신축 주택 취득 전에 발생한 양도소득금액을 감면대상에서 제외하도록 하는 내용으로 개정된 것과 마찬가지로 조특법 제98조의 3도 개정될 것이 예상된다. 그러나 신축주택 취득 후 5년간 주택의 시가가 비슷하다면 양도소득이 거의 발생하지 않으므로 납세자는 별다른 세제혜택을 받지 못하게 된다. 이렇게 혜택이 대폭 축소된 개정 규정이 과연 얼마나 건설 경기 활성화에 기여할 수 있을지 의문이다.

 

 

 

 

 

 

 

 


류성현 변호사 법무법인(유) 광장
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