S2N38

 

 

본 사례 내용은 세법해석 사례 중에서 납세자의 권익 및 과세관청의 세무행정에 중요한 영향을 미치거나 다수의 납세자에게 폭 넓게 활용될 수 있는 일반적이고 핵심적인 사례를 쟁점별로 엄선, 사실관계, 질의내용, 관련법령 및 회신문과 함께 검토내용까지 제시했고, 주요 세법해석 사례집이 적법하고 공정한 세법집행을 위한 길잡이가 되고, 납세자에게는 성실신고에 유용한 안내서로 활용되기를 기대한다.   / 편집자 주

 

II. 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세

9  부당행위

63. 업무무관 부동산 소급 적용에 따른 결손금 소급공제 적용 가능 여부

 

 

 

■사실관계

•A법인은 건설업을 운영하는 사업자로서 건축물 신축에 사용할 목적으로 ○○동 소재 토지(이하 “쟁점토지”)를 2010년 4월에 취득했으나,

- 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호 나목에서 규정한 업무무관 부동산에서 제외하는 유예기간 중에 쟁점토지를 사용하지 못하고, 2015년 3월에 매각했다.

•A법인은 2011~2014 사업연도 법인세 신고 시 법인세법상 이월결손금 잔액이 존재하므로

- 쟁점토지에 대해 「법인세법 시행규칙」 제27조 제1호의 방법을 선택해 법인세액을 추가납부할 예정이며,

- 당초 2011사업연도 법인세 신고 시 결손금 소급공제를 신청해 2010사업연도에 대해 납부한 기신고 결정세액을 전액 환급받은 바 있다.

■질의내용

•내국법인이 법인세 신고 시 ‘소급공제 법인세 환급신청서’를 제출해 결손금 소급공제를 받은 이후

- 업무무관 부동산에서 제외하는 유예기간 중 부동산을 양도함에 따라 결손이 발생한 직전 사업연도의 과세표준이 증액된 경우, 결손금 소급공제가 추가로 가능한지 여부

■회신문

•「법인세법」 제72조 및 같은 법 시행령 제110조 제3항에 따라 ‘소급공제 법인세 환급신청서’를 제출해 결손금 소급공제에 의한 법인세 환급을 받은 내국법인이 그 후 사업연도에 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목의 사유가 발생해 같은 법 시행규칙 제27조에 따라 업무와 관련없는 비용 등을 손금불산입해 부동산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하는 경우, 「국세기본법」 제45조의2에 따른 경정 등의 청구절차에 의하여 추가로 환급신청할 수 없다.

■검토내용

•[절차적 요건] A법인은 직전기 사업연도와 결손금이 발생한 해당 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 법인법 §60에 따라 각각 신고기한 내에 신고했고(법인법 §72④),

- 결손금이 발생한 2011사업연도에 납세지 관할세무서장에게 환급신청했다(법인법 §72②).

•[실체적 요건] A법인은 중소기업으로 당초 2011년 귀속 법인세 신고 시 결손금 소급공제를 신청해 2010 사업연도분 법인세를 환급받은 바 있고 2011사업연도는 여전히 결손금이 남아 있으므로

- 해당 업무무관 부동산 손금불산입 경정으로 인하여 2010사업연도 법인세가 과세된다면, 경정청구에 의해 2011사업연도의 결손금은 추가로 소급공제가 가능하다(법인법 §72①).

•A법인은 업무무관 부동산에서 제외하는 유예기간 중에 쟁점토지를 법인의 업무에 직접사용하지 아니하고 양도해 종전 사업연도 손금불산입 사유가 발생했다(법인령 §49①).

- 이 경우 가산납부할 법인세액은 쟁점토지를 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하도록 하고 있고(법인칙 §27),

- A법인의 경우 양도한 날이 속하는 2015사업연도에 이월결손금 잔액이 있어 세무조정에 의한 결정세액 재계산 방법을 선택했다.

•업무무관 부동산의 양도 시 취득일로 소급해 업무무관부동산으로 보고(법인칙 §26⑨),

그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도, 즉, 종전 사업연도의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 것으로 하여 세액을 계산하므로

- 사실상 결손금이 발생한 직전연도(2010사업연도)의 법인세가 과세된 것과 같아 결손금 소급공제를 추가로 적용해야 한다는 주장이나,

- 취득일로 소급해 업무무관 부동산으로 본다는 것은 유예기간 중 해당법인이 받았던 이익을 걷어내기 위해

- 당초부터 업무무관 부동산이었다면 인정받지 못했을 비용을 계산하는 절차일 뿐, 소급해 과세를 하는 것은 아니며,

- 또한 종전 사업연도를 기준으로 세액을 재계산하더라도 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 부담하지 않고 있다.

•소급공제 방법은 결손금의 원칙적인 공제방법인 이월공제 방법에 대한 예외적·특례적인 공제방법이므로 그 적용요건을 엄격히 판단해야 할 것이며

- 결손금 소급공제에 따른 환급의 경우 직전 사업연도의 소득에 대해 과세된 법인세액을 한도로 신청할 수 있다.

•A법인의 경우 이미 결손금 소급공제를 신청해 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세를 전액 환급받았으므로

- 직전 사업연도에 대한 추가 법인세액이 존재해야 결손금 소급공제가 가능할 것이나

- 업무무관 부동산 손금불산입에 따른 법인세 경정을 하더라도 결손금이 발생한 직전연도(2010사업연도)의 법인세가 과세되지 않으므로 결손금 소급공제는 불가능할 것이다.

■관련법령

•법인세법 제72조 【결손금 소급 공제에 따른 환급】

•법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】

 

64. 분식회계 등으로 경정청구하는 경우 즉시 환급 가능 여부

 

 

 

 

■사실관계

•A법인의 감사인이 2015사업연도에 대한 회계감사 중 2013~2014사업연도 분식회계 사실을 확인해(2016.3.)

- 2016.6.17. 과다신고한 세액에 대해 경정청구(세액00억원)

•분식회계 혐의에 대해 검찰수사 및 금감원 감리가 진행 중이다.

■질의내용

•감사인의 회계감사 결과 분식회계 사실이 확인되고, 분식회계 혐의에 대한 검찰수사 또는 금감원 회계감리 진행 중에 과다 납부세액을 경정청구하는 경우

- 즉시 환급하지 않고 「법인세법」 제58조의3에 따른 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제 적용 여부

■회신문

•내국법인이 감사인의 회계감사 결과 분식회계 사실이 확인되고 분식회계 혐의에 대해 검찰수사 또는 금융감독원장의 회계감리가 진행 중에 해당 분식회계로 과다계상한 법인세의 과세표준 및 세액에 대해 「국세기본법」 제45조의2에 따라 경정을 청구하는 경우 「법인세법」 제58조의3을 적용한다.

■검토내용

•분식회계로 인한 환급 규정은 외감법 등에서 금지하는 분식회계를 방지하고자 경제정의 측면에서 2003년 신설된 규정으로

- 회계감사 결과 분식회계 사실이 확인되고 분식혐의에 대해 검찰수사 등이 진행 중인 경우, 비록 금감위의 경고 조치 등을 받기 전이더라도 5년간 이월공제 후 환급하는 것이 입법취지에 부합하다.

•만약, 분식사실 확인, 검찰수사 착수 등 명백한 분식회계 혐의에 불구하고 경고·주의 조치 전이므로 즉시 환급한다면 분식회계를 방지하고자 입법한 해당 환급 규정이 형해화될 우려가 있다.

■관련법령

•법인세법 제58조의3 【사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제】

 

65. 임차법인이 임대법인 흡수합병 시 사업의 계속성 요건 충족 여부

 

 

 

■사실관계

•A법인은 시멘트 제조업을 영위하는 법인으로서

- 제조설비를 자체적으로 구비해 시멘트를 생산하고 있으나 일부 사업장에 대해서는 공장을 임차해 생산하고 있다.

•B법인은 기존에 공장시설을 갖추어 시멘트 제조업을 영위하고 있던 다른 회사로부터 OO시 OO구 OO동O에 소재하는 공장시설을 양수해

- 해당 공장시설을 A법인에게 임대

- A법인은 해당 지역에 지점으로 사업자등록을 하고 B법인으로부터 공장시설을 임차해 시멘트 제조업을 운영해 왔다.

•A법인은 B법인을 합병할 예정이며, 합병 후에도 A법인은 해당 공장에서 계속해 시멘트 제조업을 영위할 예정이다.

■질의내용

•임차법인이 임대법인을 흡수합병함에 따라 합병후에는 피합병법인의 사업(임대)에서는 수입금액이 발생하지 아니하나

- 임차법인인 합병법인이 합병 후에 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 처분함이 없이 계속해 합병법인의 사업에 사용하는 경우

- 적격합병 요건 중 「법인세법」 제44조 제2항 제3호에 따른 사업 계속성 요건을 충족하는 것으로 볼 수 있는지 여부

■회신문

•시멘트 제조업을 영위하는 내국법인이 해당 제조시설을 임대하고 있는 내국법인을 흡수합병하고 이후 해당 시설을 처분함이 없이 계속 사용하면서 제조업을 영위하는 경우 「법인세법」 제44조 제2항 제3호 및 같은 법 시행령 제80조의2 제6항에 따른 요건을 충족하는 것으로 본다.

■검토내용

•합병의 적격요건을 법인법 §44②에서 규정하고 사업의 계속성 요건은 제3호에서 “합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것”이라고 규정하고 있으며

- 같은 조 제4항에서 “승계받은 사업의 계속 및 폐지에 관한 판정기준”을 대통령령으로 위임하고 있고

- 법인령 §80의2 ⑥에서 위임받아 “승계받은 사업의 계속 및 폐지에 관한 판정기준”을 구체적으로 규정하고 있다.

•본 건의 경우 시멘트 공장시설을 갖추고 있는 법인이 해당 시설 전체를 임대하고 시멘트 제조업을 영위하는 법인이 임차해 시멘트를 생산해 오다가

- 임차법인이 임대법인을 흡수합병했으나 임차법인이 해당 시설을 계속해 본인의 시멘트 제조시설로 사용하는 경우

- 비록 피합병법인이 임대법인의 수입금액이 발생하지 않고 임대업을 영위하지는 않지만

- 해당 자산을 처분하지 아니하고 계속해 합병법인의 사업을 위해 사용하고 있으므로 법인령 §80의2 ⑥에 따라 사업의 계속성 요건을 충족하는 것으로 보는 것이 타당하다.

■관련법령

•법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 

66. 주식 종류별 합병가액에 따라 신주 교부 시 주식 배정 요건 판단

 

 

 

■사실관계

•A법인과 B법인은 유가증권 상장회사로서 201×년 8월 중 A법인이 B법인을 흡수합병할 예정으로

- 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 함) 제165조의4 및 같은 법 시행령 제176조의5 제1항 제1호에 따라 합병가액을 산정하고 합병비율을 확정했다.

•본 건 합병 시 자본시장법에 따라 확정한 합병비율에 따라 A법인의 보통주와 우선주가 각각 배정될 예정이며,

- A법인이 보유하고 있는 B법인의 주식에 대해서도 A법인의 합병신주를 교부해 자기주식으로 보유할 예정이다.

•본 건 합병은 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간 합병으로서 A법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 B법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 예정이다.

■질의내용

•주권상장법인이 주식의 종류별로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의하여 산정된 합병가액에 따라 합병교부주식을 교부하는 경우 「법인세법」 제44조 제2항 제2호에 따른 지분의 연속성 요건을 판단할 때

- 같은 법 시행령 제80조의2 제4항의 산식에서 “합병교부주식 등의 가액의 총합계액”과 “각 해당 주주 등의 피합병법인에 대한 지분비율”을 주식의 종류별로 각각 산정해 충족 여부를 판단하는지 여부

■회신문

•「법인세법」 제44조 제2항 제2호에 따른 합병 시 지분의 연속성 요건을 판단할 때, 주권상장법인이 다른 내국법인을 합병하면서 주식의 종류별로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의하여 산정된 합병가액에 따라 합병교부주식을 교부하는 경우에는 피합병법인의 주주에게 해당 주식의 종류별로 「법인세법 시행령」 제80조의2 제4항의 계산식에 따른 가액 이상의 주식을 각각 배정해야 한다.

■검토내용

•적격합병 요건 중 지분의 연속성 요건을 둔 입법취지는 피합병법인의 주주 등이 합병 전과 동일한 정도의 지분을 일정기간 보유하게 함으로써 과세특례가 조세회피 목적으로 이용되는 것을 방지하기 위한 것이므로

- 상법에서 종류주식을 발행하는 때에는 정관에 다른 정함이 없는 경우에도 주식의 종류에 따라 신주의 인수, 주식의 병합·분할·소각에 관하여 특수하게 정하거나 또는 회사의 합병·분할로 인한 주식의 배정에 관하여 특수하게 정할 수 있다고 규정하고 있고

- 종류주식을 발행한 상장법인이 다른 법인을 합병함에 있어 그 주식의 종류별 합병가액에 따라 합병신주를 교부하는 것이 경제적 실체의 연속성을 훼손하거나 조세회피에 이용되는 것으로 볼 수는 없는 바

- 상장법인이 자본시장법에 따라 주식의 종류별로 산정한 합병가액을 기준으로 합병하는 경우에는 그 주식의 종류별로 주식배정 요건 충족 여부를 판단하는 것이 타당하다.

■관련법령

•법인세법 제44조 【합병 시 피방병법인에 대한 과세】

 

67. 합병포합주식의 보유기간 기산일

 

 

 

■사실관계

•A법인은 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로 2017년 4월 특수관계법인 B법인 및 C법인을 흡수합병하였으며 해당 합병은 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 적격합병 요건을 충족한다.

•갑법인은 이전부터 A법인, B법인, C법인의 주식을 보유하고 있었으며 2017년 4월 B법인 및 C법인이 A법인에게 흡수합병됨에 따라 소멸한 B법인 및 C법인 주식 대신에 합병신주인 A법인 주식을 추가로 취득하게 되었다.

•갑법인은 2019년 A법인을 흡수합병할 예정에 있으며, 합병법인이 보유한 A법인의 주식(포합주식)에 대해서는 합병신주를 교부하지 않는다.

■질의내용

•「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항에 따른 “합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식”에 해당하는지 여부를 판단함에 있어

- 합병등기일 현재 합병법인(갑법인)이 보유하고 있는 피합병법인(A법인) 주식 중 기존 피합병법인(B법인, C법인)이 피합병법인(A법인)에 흡수합병됨에 따라 교부받은 피합병법인 주식(합병신주)의 보유기간 기산일을 언제로 볼 것인지

■회신문

•합병법인이 피합병법인(이하 “A법인”)을 흡수합병하는 경우로서 해당 합병등기일 전에 합병법인이 보유한 주식의 발행법인(이하 “B법인”)이 A법인에게 흡수합병됨에 따라 교부받은 A법인 주식이 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항에 따른 “합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식”에 해당하는지 여부는 합병법인의 종전 B법인 주식 취득일을 기준으로 판정한다.

■검토내용

•법인령 §80의2 ③에 따르면 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합 주식에 대해서는 주식교부 여부와 관계없이 무조건 금전으로 교부한 것으로 간주해 적격합병 요건 중 주식교부비율 80% 이상인지 여부를 판정하는 것인바

- 이는 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내의 기간에 취득한 피합병법인의 주식이 있는 경우에는 합병대가를 합병 전에 금전으로 미리 교부한 것과 그 실질이 동일하다고 보는 것으로

- 이러한 입법취지에 비추어 볼 때 합병등기일 전 2년 이내의 기간에 합병법인의 의사와 무관하게 대가를 지급하지 않고 취득한 주식에 대해서는 2년 내 취득한 합병포합주식의 범위에서 제외하는 것이 타당하다.

•본 건의 쟁점주식인 합병신주는 갑법인이 보유하고 있던 주식의 발행법인인 B법인과 C법인이 A법인과의 합병으로 소멸함에 따라 종전 B법인 및 C법인 주식 대신에 취득하게 된 것으로

- 주주 입장에서 갑법인은 자신의 의사에 따라 소멸회사(B법인, C법인)의 주식을 처분하고 존속회사(A법인)의 주식을 취득한 것이 아니라

- 소멸회사가 다른 회사와 합병한 결과 당해 법인이 보유하던 소멸회사 주식이 존속회사의 주식으로 대체되는 것에 불과하다(대법원2008두2330, 2011.2.10.).

•따라서 쟁점주식의 보유 기산일은 합병신주의 취득일인 2017.4.3.부터 기산하는 것이 아니라 소멸회사인 B법인 및 C법인의 당초 주식 취득일을 기준으로 기산하는 것이 타당하다.

■관련법령

•법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 

 

---