2개 이상 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이
발생한 경우를 의미
원인이 되는 행위 그 자체로 완결적이지는 않더라도 과세표준 및 세액의
산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고 이후 후속조치가
이루어진 경우도 포함
재조사는 개시 당시 재조사가 허용되는 예외사유에 해당함을 뒷받침할 만한
구체적인 자료가 있어야
- 대법원 2020.4.9. 선고 2017두50492 판결 -
●요약
대법원은 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호의 ‘2개 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미하고, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 판시했다.
이 사건에서 문제된 원고의 2007 사업연도 법인세에 관하여 과세관청은 2009년과 2013년 두 번에 걸쳐 세무조사를 했다. 국세기본법은 이와 같은 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사를 원칙적으로 금지하고 있다. 이 사건 원고는 2007 사업연도에 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하게 된 것은 인천시와 장기간이 소요되는 폐석회처리공사 협약을 체결하면서 그 공사비용을 손금 처리하기로 예정했던 하나의 행위에 의한 것이다. 협약 이후 복구손실충당금 설정 및 매 사업연도 폐석회처리공사 비용의 현실적 지출은 이를 구체화하는 후속조치에 불과했다. 따라서 이는 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우에 해당하고, 과세관청은 이를 뒷받침할 구체적인 자료를 확보해 재조사에 착수했다. 이에 대법원은 2007 사업연도 법인세에 대한 재조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따라 예외적으로 재조사가 허용되는 경우에 해당한다고 판단했다.
대상판결은 재조사가 예외적으로 허용되는 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 ‘2개 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’의 구체적 의미를 다시 한 번 명확하게 밝혔다는 점에 의의가 있다.
1. 대상판결의 사실관계
원고는 2003.12.31. 인천광역시 등과 체결한 폐석회 처리 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다)에 따라 소다회{탄산나트륨 무수물의 공업적 관용명(慣用名)으로 유리, 염료, 농약 등의 제조에 널리 사용된다} 생산과정에서 발생한 폐석회를 침전지에서 수거해 인천공장 내 유수지에 매립하고 유수지를 유원지로 조성하는 공사(이하 ‘폐석회처리공사’라고 한다)를 시행하기로 했다. 이후 원고와 주식회사 B(원고의 인천공장 화학제품제조 사업부문 등을 물적분할하여 2008.5.1. 설립된 회사이다. 이하 ‘B’라 한다)는 이 사건 협약에 따라 2007 내지 2012 사업연도에 폐석회처리공사 비용을 지출하고, 이를 통상적인 비용으로 손금처리했다.
서울지방국세청장은 2009.4.20.부터 2009.6.24.까지 원고에 대한 2004~2005 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘2009년 세무조사’라고 한다)를 하면서 원고로부터 폐석회처리공사 관련 공사도급계약서, 폐석회처리비용 토지 자본적 지출 해당 여부에 대한 검토서 등을 제출받았으나, 이후 2004 내지 2008 사업연도 법인세 항목 등이 적출된 2009년 세무조사 결과를 통지하면서 폐석회처리공사 비용의 손금 처리에 대하여는 별다른 조치를 취하지 않았다.
이후 서울지방국세청장은 2013.3.11. 원고에 대한 2009 내지 2010 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘2013년 세무조사’라고 한다)를 개시했다가, 2013.3.27. 원고에게 조사범위를 ‘2007~2008 사업연도 복구손실충당금 사용금액의 자산화 대상 여부’까지 포함하는 조사범위확대통지를 했다.
남대문세무서장(피고)은 위 2013년 세무조사 결과에 기초하여 폐석회처리공사 비용은 토지의 자본적 지출로서 처리해야 한다고 보고, 각 사업연도 폐석회처리공사 비용의 손금산입을 부인하여 원고에게 2013.3.27. 2007 사업연도 법인세 약 46억원(가산세 포함) 및 2013.11.26. 2010 내지 2012 사업연도 법인세 합계 약 35원(가산세 포함)을 각 경정·고지했다.
2. 쟁점의 정리
세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위해 필요한 최소한의 범위 안에서만 행해져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다.
이에 국세기본법 제81조의4 제2항은 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다’고 규정하면서, 그 각 호에서 예외적으로 재조사가 허용되는 사유 중의 하나로 ‘2개 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’(제3호)를 들고 있다.
서울지방국세청장이 한 2013년 세무조사 중 2007 사업연도 법인세 부분은 2009년 세무조사에서 이미 이루어졌던 것과 동일 세목, 동일 기간에 대해 실시한 것이므로 중복세무조사에 해당한다. 대상판결에서는 위 중복세무조사가 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호가 정한 ‘2개 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’로서 재조사가 허용되는 예외사유에 해당해 적법한지 여부 등이 문제됐다.
3. 판결의 요지
가. 원심판결(서울고등법원 2017.6.1. 선고 2016누65185 판결)
원심판결은 아래와 같은 이유를 들어 2013년 세무조사 중 2007 사업연도 법인세에 관한 부분은 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 세무조사에 해당한다고 판단했다.
① 원고와 B가 2007 사업연도부터 폐석회 처리비용을 지출한 것은 이 사건 협약에 따른 것으로서 비록 각 사업연도에 실제 지출된 폐석회 처리비용액은 폐석회 매립공사의 진척률 등에 따라 결정되는 것이라 하더라도, 이는 폐석회 매립공사의 구체적인 내용을 정하고 있는 이 사건 협약이 예정한 바대로 이루어진 것이므로 하나의 행위가 원인이 된 것이라고 볼 수 있다.
② 폐석회의 처리는 침전지의 형상을 변경시킴으로써 택지조성 등 그 토지의 이용가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당한다.
③ 서울지방국세청에서 2013년 세무조사를 실시하면서 부과제척기간이 임박한 2007 사업연도 법인세와 관련하여 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호를 근거로 2007 사업연도 법인세에 관한 부분으로 세무조사를 확대할 필요가 있었다.
나. 대상판결
대상판결은 원심판결과 결론은 같이 하면서도 아래와 같이 구체적 이유를 다시 설시하였다.
① 원고와 B가 2007 내지 2012 사업연도에 폐석회처리공사 비용을 지출한 것은 이 사건 협약에 기초한 것이다. 한편 이 사건 협약에 따라 폐석회처리공사 예상비용이 복구손실충당금으로 설정되고 복구손실충당부채로 회계처리됐으나, 복구손실충당부채는 원래 자산의 취득가액에 포함될 수 없는 것이고, 실제로 폐석회처리공사 비용이 매 사업연도에 모두 동일한 방식으로 손금 처리됐다. 이러한 점들에 비추어 원고는 이 사건 협약 무렵 이미 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정했던 것으로 보인다.
② 따라서 이 사건 협약과 당초부터 원고가 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정했던 것은 그에 따른 후속조치, 즉 복구손실충당금의 설정 및 매 사업연도 폐석회처리공사 비용 지출과 함께 하나의 행위가 되어 부당 손금 처리의 원인이 되었다고 볼 수 있다.
③ 서울지방국세청장은 2009년 세무조사 이후 이루어진 이 사건 협약 관련 유수지 매립 1단계 공사 완료를 인지하고, 인천공장 부지에 대한 감정평가서 등 폐석회처리공사 비용이 토지의 자본적 지출에 해당한다고 볼만한 구체적인 자료를 확보해 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사를 개시했다고 보인다.
4. 평석
가. ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’의 의미 및 요건
대법원은 2017.4.27. 선고 2014두6562 판결에서 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호의 의미와 위 규정에 따라 재조사가 허용되기 위한 요건을 최초로 설시한 바 있다. 즉, ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 이는 후행 세무조사 과정에서 발견한 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 선행 세무조사 대상이었던 과세기간에도 존재하고 그것이 하나의 원인에 기인했을 때에는 선행 세무조사 대상 과세기간에 존재하는 오류 또는 누락에 대해서도 이를 시정하는 것이 형평에 부합하고, 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 있다고 보기 어렵기 때문이다.
다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없으나, 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 보았다.
한편 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하려는 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적 허용 사유는 재조사 개시 당시에 구비돼야 한다.
결국 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당하기 위해서는 ①하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우여야 하고, ②과세관청이 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 해당한다는 점을 뒷받침할만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시해야 한다{참고로 위 대법원 2014두6562 판결의 재상고심(대법원 2018.7.12. 선고 2017두534 판결)에서도 재조사 개시 당시 또는 조사범위확대 당시에 각각 재조사의 예외적 사유가 존재함을 뒷받침할만한 구체적인 자료가 있었는지 여부를 심리·판단했어야 한다는 이유에서 환송후원심을 파기하고 다시 사건을 서울고등법원에 환송했다}.
나. 서울지방국세청장의 재조사가 금지되는 대상에 해당하는지 여부
원고는 이 사건 협약에 따라 2003 사업연도부터 2005 사업연도까지 약 845억원을 복구손실충당금으로 설정했고, B는 분할에 따라 원고로부터 미사용 복구손실충당금을 승계했다. 이후 원고와 B는 2007 내지 2012 사업연도에 폐석회처리공사 비용을 지출했고, 이를 복구손실충당금에서 차감한 후 세무조정을 통해 손금산입해 법인세를 신고·납부했다.
이와 같이 원고는 폐석회처리공사 비용을 각 사업연도의 손금으로 처리하기 위해 복구손실충당금을 설정하고 폐석회처리공사 비용을 현실적으로 지출하는 등 각 사업연도별로 개별적인 행위를 했다. 하지만 원고는 이 사건 협약 체결 당시부터 토지의 자본적 지출로 처리해야 할 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정하고 있었고, 이후 이루어진 복구손실충당금 설정 및 각 사업연도 폐석회처리공사 비용 지출은 위와 같은 원칙을 각 사업연도별로 구체화하기 위한 후속조치에 불과했다.
따라서 대상판결은 원고가 폐석회처리공사 비용을 2007 사업연도의 손금으로 처리한 것은 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호가 정한 ‘2개 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’ 즉, 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우에 해당한다고 보았다.
한편 서울지방국세청장은 2009년 세무조사에서 원고로부터 폐석회처리공사 관련 공사도급계약서, 폐석회처리비용 토지 자본적 지출 해당 여부에 대한 검토서 등을 제출받은 바 있다. 하지만 대상판결은 서울지방국세청장이 이후 이 사건 협약 관련 유수지 매립 1단계 공사 완료(2010.6.21.경)를 인지하고 인천공장 부지에 대한 감정평가서 등 폐석회처리공사 비용이 토지의 자본적 지출에 해당한다고 볼만한 구체적인 자료를 확보해 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사를 개시했다고 판단했다.
이러한 판시에 비추어 보면, 서울지방국세청장 또는 피고가 2009년 세무조사 당시 원고로부터 제출받은 자료만으로는 폐석회처리공사 비용과 관련된 구체적인 법인세 부과처분 사유를 발견하지 못했던 것으로 이해된다.
즉, 법원은 이와 같이 서울지방국세청장이 2009년 세무조사 이후에 비로소 원고가 폐석회처리공사 비용을 손금처리한 것이 하나의 원인으로 인한 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락임을 인지하고 이를 뒷받침할 구체적인 자료를 확보해 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사를 개시했으므로, 2007 사업연도에 대한 재조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다고 판단한 것이다.
대상판결은 재조사가 예외적으로 허용되는 ‘2개 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우’의 구체적 의미에 대하여 다시 한 번 명확하게 판시했다는 점에 의의가 있다.
그러나 과세관청이 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 해당한다는 점을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시해야 한다는 요건과 관련해, 과연 어떠한 자료가 재조사의 예외사유를 정당화시킬 새로운 구체적인 자료에 해당하는지에 대해서는 여전히 불분명한 면이 있다. 이 부분은 향후 판례의 축적을 통해 구체화시킬 수밖에 없을 것이다.
•2014 : Georgetown University Law Center 법학석사(Taxation LL.M.)
•2005 : 사법연수원 제34기 수료
•2004 : 서울대학교 법과대학원 수료
•2002 : 제44회 사법시험 합격
•2000 : 서울대학교 법과대학
•2008~현재 : 법무법인(유) 율촌
•2013~2014 : Steptoe & Johnson Washington D.C.office 파견근무
•2005~2008 : 육군법무관
•게임회사 임직원들 대리해 470억원이 넘는 증여세부과처분 취소소송에서 승소(2017)
•대기업 회장 대리하여 450억원이 넘는 명의개서해태 증여의제 사건 승소(2017)
•종부세 이중과세 사건(2015) 실현가능성이 없어진 배당소득에 대한 납세의무의 존부에 관한 종합소득세 경정청구거부처분취소소송에서 승소(2014)
