국세청, 연결법인 중소기업 결손금 소급공제 가능 여부 유권해석
국세청은 연결납세 방식을 적용하는 내국법인은 중소기업 결손금 소급공제에 따른 환급규정이 적용되지 않는다고 밝혔다.
국세청은 연결법인의 결손금 소급공제 가능 여부에 대한 질의에 대해 이같이 회신했다.
국세청은 회신 이유를 통해 “연결납세방식을 적용하는 내국법인은 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관해 법인세법 제76조의20이 준용되는 것”이라고 전제하고 “따라서 같은 법 제72조의 중소기업 결손금 소급공제에 따른 환급규정이 적용되지 않는 것”이라고 밝혔다.
질의 법인인 O실업(주)는 종합체육시설업을 영위하는 내국법인으로 질의 법인이 완전 지배하는 A내국법인과 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용하고 있는 중소기업이다.
또한 2018 사업연도에는 연결법인세를 납부했고, 2019 사업연도 연결소득이 결손으로 예상되고 있다.
질의 법인은 이와 관련해 중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 규정이 연결법인인 경우에도 적용되는지 여부에 대해 물었다.
(법인, 서면-2019-법인-3964 [법인세과-1392], 2020. 04. 13)
현행 법인세법 제76조의8(연결납세방식의 적용 등) 제1항에서는 “다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 ‘완전모법인’(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 ‘완전자법인’(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다. <개정 2013.1.1.>”고 규정하고 있다.
또한 제5항에서는 “제2조 제9호·제10호 및 이 장에서 ‘완전 지배’란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권 없는 주식 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부(근로복지기본법 제2조 제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식 총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다른 내국법인의 주식 등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다. <개정 2018.12.24.>”고 규정하고 있다.
또한 법인세법 제76조의20(연결법인세액의 결정·경정 및 징수)에서는 ‘각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다. <개정 2016.12.20, 2018.12.24.>’고 규정하고 있다.
한편 법인세법 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급) 제1항에서는 “중소기업에 해당하는 내국법인은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액(이하 이 조에서 ‘직전 사업연도의 법인세액’이라 한다)을 한도로 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다. <개정 2018.12.24.>”고 규정하고 있다.
또한 제1호에서는 “직전 사업연도의 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)”으로 규정하고 있고, 제2호에서는 “직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 해당 사업연도의 결손금 상당액을 차감한 금액에 직전 사업연도의 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액”으로 규정하고 있다.
