- 국세청, 추가지급 물류대행 수수료 수정세금계산서 수취여부 사전답변
국세청은 계약을 변경하기로 하는 합의에 따라 당초 공급가액에서 증가되는 금액이 발생한 경우에는 수정세금계산서를 수취할 수 있다고 밝혔다.
국세청은 그러나 공급자의 손실을 보전하기 위해 당사자 간 합의금을 지급하는 경우에는 손실보상금으로써 부가가치세 과세대상에 해당하지 않기 때문에 어느 경우에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항이라고 판단했다.
국세청은 추가로 지급하는 물류대행수수료가 수정세금계산서 수취 대상인지 여부에 대해 이같이 사전답변 했다.
이번 질의는 질의를 낸 사업자가 ‘갑’사업자(이하 ‘수탁자’)로부터 물류운송용역을 공급받기로 하는 위탁계약을 체결하고 수탁자는 ‘을’사업자에게, ‘을’은 ‘병’사업자에게 물류운송용역을 재위탁했으며 사업자와 수탁자, 수탁자와 ‘을’은 계약 상 운송용역의 공급대가가 일정 요율을 초과하지 못하도록 비용상한 규정을 둔 경우이다.
특히 코로나19 영향으로 물류 운송량이 급증함에 따라 수탁자로부터 물류운송용역을 재위탁 받은 ‘을’과 ‘병’ 사업자에게 발생된 초과물류비용을 사업자가 수탁자 및 ‘을’ 사업자와 합의서를 작성해 수탁자에게 지급하기로 했다.
국세청은 이번 사례에서 해당 초과물류비용이 수탁자가 당초 공급한 용역의 공급가액에 추가되는 금액이 발생해 지급받는 금전인 경우에는 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있지만 ‘을’또는 ‘병’사업자에게 코로나 19로 인한 손실을 보전하기 위해 지급받는 금전인 경우에는 손실보전금으로서 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것이라고 밝혔다.
국세청은 다만 당초 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 것인지, 제3자에게 손실보전금을 지급한 것인지 여부는 계약관계 및 구체적인 거래내용에 따라 사실판단 할 사항이라고 밝혔다.
질의 법인은 오픈예정인 물류센터의 물류업무를 위탁하기 위해 갑과 2019년 3월 물류운영위탁계약을 체결했는데 이 건 물류운송구조는 신청법인이 갑에게 위탁하면 갑은 을에게 을은 병에게 위탁하는 다단계 위수탁 구조였다.
또한 물류운영 위탁계약에 따르면 물류대행수수료는 실비정산을 원칙으로 하면서 수탁자가 지출한 보관비·배송비·하역비 등 제반비용에 영업이익의 5%를 가산한 금액을 지급하기로 하되 비용 상한 규정을 두어 물류대행수수료 총액이 원가의 상한요율을 초과하지 못하도록 계약을 체결했다.
또한 2020년 3월 물류센터 오픈 이후 신청법인은 갑에게, 갑은 을에게 물류대행용역을 공급받고 계약상 비용 상한 규정에 따라 대가를 모두 지급했으나 코로나 19 영향으로 인해 운송물량이 급증해 물류비용 또한 비용 상한 규정을 훨씬 초과해 발생하게 됐고 계약 상 비용 상한 규정이 없는 을은 병에게 물류대행용역비 전체를 지급해야 하지만 일부만 지급해 병이 부도위기에 봉착했다.
따라서 을과 병은 초과물류비의 지급을 신청법인과 갑에게 요청했고 신청법인은 초과물류비가 평택 물류센터 운영으로 인해 발생된 비용임을 확인해 2020년 8월 갑, 을과 합의서를 작성한 후 2020년 3월부터 7월까지 을과 병이 물류업무를 진행하는 과정에서 발생한 초과물류비를 갑과 분담해 지급(신청법인 : 79억 원, 갑 : 10억 원)하기로 하면서 신청법인이 갑의 부담분을 먼저 을에게 지급하고 나머지 차액을 갑에게 지급하기로 했다.
질의 법인은 이와 관련해 사업자가 ‘갑’ 사업자와 물류운영에 관한 위탁계약을 체결하고 갑은 ‘을’ 사업자에게, 을은 ‘병’ 사업자에게 해당 물류운영을 재위탁 했고, 코로나 19 영향으로 계약 상 규정된 비용 상한 금액을 초과하는 물류비용이 발생하자 ‘갑’, ‘을’과 합의해 물류대행수수료를 추가 지급하기로 한 경우 사업자가 갑에게 추가로 지급하는 해당 수수료가 손실보전금인지, 수정세금계산서 수취 대상인지 여부에 대해 물었다.
계약관계 : 신청법인(위탁자)→갑(수탁자)→을(2차 협력사)→병(3차 협력사, 다수)
계약 상 비용상한 규정* 유무
신청법인 ↔ 갑 : 규정있음, 갑 ↔ 을 : 규정있음, 을 ↔ 병 : 규정없음
*물류용역대행 완성을 위하여 투입되는 비용총합의 상한을 규정
물류대행수수료 = 계약목적물의 배송원가 × 상한요율
(부가 사전-2020-법령해석부가-0822 [법령해석과-3430] 2020. 10. 26)
현행 부가가치세법 제4조(과세대상)에서는 “부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.”고 규정하면서 제1호에 “사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급”으로 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 제11조(용역의 공급) 제1항에서는 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하고 있고, 제1호에 “역무를 제공하는 것”으로 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 제29조(과세표준) 제1항에서는 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.”고 규정하고 있고, 제3항에서는 “제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.”고 규정하면서 제1호에 “금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가”로 규정하고 있다.
이와 함께 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) 제1항에서는 “사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 ‘세금계산서’라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. <각 호 생략>”고 규정하고 있고, 제7항에서는 “세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 ‘수정세금계산서’라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 ‘수정전자세금계산서’라 한다)를 발급할 수 있다.”고 규정하고 있다.
한편 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) 제1항에서는 “법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.”고 규정하고 있고, 제3호에서 “계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급”한다고 규정하고 있다.
