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[쟁점 예규] 양도세 자경농지 감면 특례는 양도일 현재 ‘농지’만 해당
[쟁점 예규] 양도세 자경농지 감면 특례는 양도일 현재 ‘농지’만 해당
  • 이예름 기자
  • 승인 2021.02.18 13:16
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“관할구청 무단점유로 양도일 현재 ‘도로’…소송 통해 보상금 일부 수령 경우”
국세청, 토지 무단 점유로 양도일 현재 농지 아닌 경우 감면 여부 사전답변

조세특례제한법상 양도세 자경감면 특례는 양도일 현재 농지를 대상으로 적용하는 것으로 만약 양도일 현재 농지가 아닌 토지에는 감면이 적용되지 않는다는 국세청 사전답변이 나왔다.

국세청은 토지가 무단 점유돼 양도일 현재 농지가 아닌 경우 조특법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)가 적용될 수 있는지 여부에 대해 이같이 사전답변 했다.

국세청은 회신에서 “조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 소득세법 시행령 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 하는 것으로 양도일 현재 농지가 아닌 토지인 경우에는 해당 감면이 적용되지 않는다”고 밝혔다.

질의인은(상속인)은 19XX년 AA 소재 토지를 상속받아 취득했다. 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속해 경작했다.

그러나 이 토지는 20XX년 관할 구청이 마을진입로 확포장공사를 시행하면서 쟁점토지의 일부를 불법 무단 점유 및 도로를 개설해 양도일 현재까지 점유하고 있는 상태다.

20XX년 쟁점토지가 보상금 수용대상이 됐고, 20XX년 XX월 XX일 질의인(원고)은 관할 구청(피고)을 상대로 불법 무단 점유 토지 사용에 대한 ‘부당이득금 반환소송’을 제기했다. 그 결과 2020년 XX월 XX일 쟁점토지에 대한 보상금 일부를 수령했다.

한편 쟁점토지는 조특령 제66조 제5항에 따른 ‘양도일 현재의 농지’요건 외 조세특례제한법제69조 및 조특령 제66조에 따른 나머지 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 모두 충족한 상태다.

질의인은 이와 관련해 거주자가 피상속인으로부터 상속받은 토지가 관할 구청의 불법 무단 점유에 의해 ‘양도일 현재’ 농지가 아닌 도로인 경우 해당 토지를 조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부에 대해 물었다.

(조특 사전-2020-법령해석재산-1210 [법령해석과-4309] 2020. 12. 29)

정부세종청사 국세청 전경.
정부세종청사 국세청 전경.

 

현행 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에서는 “농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 ‘농업법인’이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있다.

또한 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에서는 “법 제69조제1항 본문에서 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자’란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 ‘한국농어촌공사’라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.”고 규정하면서 제1호에 “농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역”, 제2호에서 “제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역”, 제3호에 “해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역”으로 규정하고 있다.

또한 제4항에서는 “법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 토지’란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.”고 규정하고 있고 가목에서는 “사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 ‘대규모개발사업’이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우”, 나목에서는 “사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우”, 다목에서는 “국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)”고 규정하고 있다. 또 제2호에서는 “도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.”고 규정하고 있다.

또한 제5항에서는 “제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.”고 규정하면서 제1호에서 “양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준”, 제2호에서 “환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준”, 제3호에서 “광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준”으로 규정하고 있다.

이와 함께 제11항에서는 “제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.6.3, 2012.2.2.>”고 규정하면서 제1호에서 “피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)”, 제2호에서 “피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간”으로 규정하고 있다.

또한 제12항에서는 “제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항 제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. <신설 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.8.30.>”고 규정하면서 제1호에서 “택지개발촉진법 제3조에 따라 지정된 택지개발지구”, 제2호에서 “산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조·제7조·제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지”, 제3호에서는 “제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역”으로 규정하고 있다.

또한 제13항에서는 “법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것”, 제2호에서 “거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.”으로 규정하고 있다.

또한 제14항에서는 “제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5, 2017.2.7, 2020.2.11.>”고 규정하면서 제1호에서 “소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 ‘사업소득금액’이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.”고 규정하고 있고, 제2호에서는 “소득세법 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우”로 규정하고 있다.

한편 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위 등) 제1항에서는 “영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다.


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