지방세법 개정 전 법인세 세액공제액을 법 개정 후 성립한 법인지방소득세 계산 때 공제할 수 없다는 행정심판 결정례가 나왔다.
법 개정 전에 발생해 이월된 세액공제액은 세금 부과 또는 감면에 있어 종전 규정에 따라야 한다는 지방세법 부칙에 따라 법인지방소득세에서 공제가 허용돼야 한다는 심판청구의 주장이 기각된 것이다.
조세심판원은 최근 "2014년 1월 1일 개정 전 지방세법은 법인지방소득세에 있어 법령 상 비과세나 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵다"면서 이 같이 결정했다.
심판원 결정의 핵심은 법인지방소득세를 산출하는 데 있어 법인세액을 과세표준으로 삼았는데 그 결과 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 본 것이지, 법령에 비과세·감면을 명시적으로 규정한 것은 아니라는 점이다.
심판원은 "지방세법령에서도 세액공제와 이월공제에 관해 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법 부칙 제 15조에 따라 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면했거나 해야 할 지방세로 보기 어렵다"고 밝혔다.
또 "법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월해 공제한다고 규정된 것"이라고 설명했다.
조세심판원은 이에 따라 "개정 지방세법 부칙 제 15조를 근거로 법인세 세액공제 이월공제에 따른 세액감소분을 법인지방소득세 세액산출시 적용하기 어렵다고 본 처분청이 잘못이 없다"고 최종 판단했다.
청구법인은 1953년 설립된 자회사를 지배·경영하는 지주회사로, 2014년 1월 1일 이전 발생한 연구·인력개발비 등 공제액에 대해 2014~2017년 사업연도 법인세 신고 때 세액공제를 신청, 법인세로 쟁점공제세액을 공제받았다.
그 뒤 2015년 5월 법인세법에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 해 지방세법을 적용, 산출한 법인지방소득세를 신고·납부했다. 청구법인은 다만 2020년 5월 법인지방소득세 신고 때 이월공제를 적용하지 않았다며 종전 과다 신고·납부된 법인지방소득세를 환급해 달라고 경정청구를 했다. 과세당국이 이를 받아들이지 않자 불복, 2020년 심판청구를 했다.
