국세청, R&D 공제 인건비 일할 계산·기계장치 구입비 세액공제 여부 유권해석
연구개발 전담부서로 인정받았다면 신청일 이후 발생한 비용은 세액공제 대상에 해당되며 이 경우 연구업무에 종사한 일수에 따라 계산해야 한다는 국세청 유권해석이 나왔다. 다만 기계장치 구입비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다.
국세청은 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비의 일할 계산 및 기계장치 구입비용 세액공제 여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “과세연도 월중에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2에 따라 연구개발 전담부서로 인정을 받은 경우 연구개발 전담부서로 인정을 신청한 날 이후 발생하는 연구전담요원의 인건비가 조세특례제한법 시행령 별표6에 해당하는 경우 해당 인건비는 조세특례제한법 제10조에 따라 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것”이라고 밝혔다.
국세청은 또 “이 경우 해당 월의 인건비 중 인정을 신청한 날 이후 발생한 인건비 해당 금액을 구분하기 어려운 경우에는 인정을 신청한 날 이후 연구업무에 종사한 일수에 따라 일할 계산하는 것”이라고 밝히고 “연구에 사용할 목적으로 구입한 기계장치 구입비용은 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 및 [별표6]의 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 않는다”고 답변했다.
질의법인은 2018년 1월 개업해 화장품 제조업을 영위하는 법인으로서 2021년 12월 한국산업기술진흥협회로부터 화장품 개발을 위해 연구개발 전담부서를 인정받았다.
연구개발 전담부서를 인정받기 전인 2021년 10월 경 연구에 사용할 목적으로 기계장치(나노입자 균질기)를 구입했고, 2021년 11월 경 연구전담요원 1명을 채용했다.
질의법인은 이에 대해 과세연도의 월중에 연구개발 전담부서로 인정받은 경우 연구·인력개발비 세액공제 대상 연구전담요원의 인건비를 일할 계산하는지 여부와 연구개발 전담부서로 인정받기 전에 구입한 연구전용 기계장치의 연구·인력개발비 세액공제 대상 여부에 대해 물었다.
현행 조세특례제한법 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항에서는 “내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 ‘연구·인력개발비’라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.”고 규정하고 있고, 제6항에서는 “자체 연구개발을 위한 연구개발비가 기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률 제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 발생하는 비용에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다.
또한 조세특례제한법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항에서는 “법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당 하는 비용은 제외한다.”고 규정하면서 제1호에서 “법 제10조의2 제1항에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액”, 제2호에서 “국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액”으로 규정하고 있다.
이와 함께 제19항에서는 “법 제10조 제6항에서 ‘대통령령으로 정하는 날’이란 제18항 각 호에 따른 인정취소의 사유별로 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3 제1항 제1호 또는 문화산업진흥 기본법 제17조의3 제4항 제1호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정일이 속하는 과세연도의 개시일”, 제2호에서 “기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3 제1항 제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정취소일”, 제3호에서 “기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3 제1항 제4호·제7호 또는 문화산업진흥 기본법 제17조의3 제4항 제2호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일”로 규정하고 있다.
한편 조세특례제한법 시행령 제25조의3(설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례) 제3항에서는 “법 제28조의3 제1항 제2호에서 ‘대통령령으로 정하는 혁신성장투자자산’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “신성장사업화시설”, 제2호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 연구·시험용 시설 및 직업훈련용 시설”로 규정하고 있고, 가목에서 “연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설”, 나목에서 “인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설”로 규정하고 있다.
(조특, 서면-2021-법인-7893 [공익중소법인지원팀-409], 2022. 04. 22)
