국세청, 적격합병시 공제기한 경과한 이월결손금 승계 여부 사전답변
적격합병을 할 때 합병법인은 피합병 법인의 합병등기일 현재 결손금에 해당하지 않는 결손금을 승계할 수 없다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 적격합병 시 공제기한이 경과한 이월결손금의 승계 여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-285, 2022.8.16.)을 제시했는데 기재부는 답변에서 “적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 합병등기일 현재의 법인세법 제13조 제1항 제1호의 결손금에 해당하지 않는 결손금을 승계할 수 있는지 여부에 대해 ‘승계할 수 없다’고 밝혔었다.
질의를 낸 A법인은 2021년 4월 완전자회사인 B법인을 흡수합병 했는데 2020 사업연도 B법인의 이월결손금 잔액은 416억 원이었고 해당 이월결손금은 ‘공제기한이 경과한 이월결손금’이다.
질의법인은 이와 관련해 적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 과세표준을 계산할 때 공제할 수 없었던 이월결손금을 승계할 수 있는지 여부에 대해 물었다.
현행 법인세법 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) 제1항에서는 “적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.”고 규정하고 있다.
또한 제3항에서는 “적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계 받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로 부터 승계 받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하면서 제1호에서 “합병법인이 피합병법인으로 부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우”, 제2호에서 “대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등을 처분하는 경우”, 제3호에서 “ 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 ‘근로자’라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우”로 규정하고 있다.
이와 함께 법인세법 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) 제1항에서는 “합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로 부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로 부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.”고 규정하고 있다.
또한 법인세법 시행령 제81조(합병에 따른 이월결손금 등의 승계) 제2항에서는 “법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 ‘승계결손금의 범위액’이라 한다)으로 한다.”고 규정하고 있다.
한편 제4항에서는 “피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제, 익금산입, 법인세 가산 및 기부금한도초과액을 손금산입 할 때 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2 제7항 및 제80조의4 제8항을 준용한다.”고 규정하고 있다.
(법인 사전-2021-법규법인-1871 [법규과-2389] 2022. 08. 18)
