Ⅱ. 공익법인과 세금
4. 부가가치세법에 의한 지원
가. 재화 및 용역의 공급에 대한 부가가치세 면세(부법 §26①⒅, 부령 §45)
종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 다음의 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
① 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역
② 학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체가 그 연구와 관련해 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
③ 문화재보호법에 따른 지정문화재(지방문화재를 포함하며 무형문화재를 제외)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한함)의 경내지 및 경내지 내의 건물과 공작물의 임대용역
④ 공익을 목적으로 다음에 해당하는 기숙사를 운영하는 자가 학생 또는 근로자를 위해 실비 또는 무상으로 공급하는 음식 및 숙박용역
- 교육부장관 또는 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받아 학생을 위해 기숙사를 운영하는 자
- 고용노동부장관 또는 고용노동부장관이 지정하는 자의 추천을 받아 근로자를 위해 기숙사를 운영하는 자
⑤ 저작권법에 따라 문화체육관광부장관의 허가를 받아 설립된 다음의 저작권 위탁관리업자가 저작권자를 위해 실비 또는 무상으로 공급하는 신탁관리용역
- (사) 한국음악저작권협회
- (사) 한국문예학술저작권협회
- (사) 한국방송작가협회
- (사) 한국음악실연자연합회
- (사) 한국음반산업협회
- (사) 한국복제전송저작권협회
- (사) 한국시나리오작가협회
- (사) 한국방송실연자협회
- (재) 한국문화정보원
- (사) 한국영화배급협회
- (재) 한국언론진흥재단
- (사) 함께하는음악저작인협회
- (사) 한국영화제작가협회
⑥ 국립·공립·사립학교의 시설비, 교육비, 장학금 또는 연구비 지급을 목적으로 설립된 비영리 교육재단이 「초·중등 교육법」 제60조의2 제1항에 따른 외국인학교의 설립·경영사업을 영위하는 자에게 제공하는 학교시설 이용 등 교육환경 개선과 관련된 용역
<관련 예규 및 심판례 등>
■ 공익법인 등이 공급하는 재화·용역의 부가가치세 면세 여부
• 공익단체 등이 일시적으로 공급하는 재화 또는 용역의 범위
주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것으로서 다음에 예시하는 재화 또는 용역에 대하여는 면세한다.
1. 한국반공연맹 등이 주관하는 바자회 또는 의연금모집 자선회에서 공급하는 재화
2. 마을문고 본부에서 실비로 공급하는 책장 등 재화(부통칙 26－45-1)
• 공익단체의 계속적 수익사업
주무관청에 등록된 영 제45조에 따른 종교 등 공익단체의 경우에도 다음 예시하는 경우와 같이 계속적으로 운영·관리하는 수익사업과 관련해 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 면세하지 아니한다.
1. 소유부동산의 임대 및 관리사업. 다만, 영 제45조 제3호에 해당하는 경우를 제외
2. 자체기금 조성을 위해 생활필수품·고철 등을 공급하는 사업(부통칙 26-45-2)
• 사회복지법인이 장애인직업재활시설에서 제공하는 직업재활훈련프로그램
주무관청의 허가를 받아 설립된 사회복지법인이 주무관청에 장애인직업재활시설로 신고된 장애인보호사업장을 운영하면서 직업재활훈련프로그램의 일환으로 실비로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 면세대상임(서면-2015-법령해석부가-0379, ’15.8.31.).
• 방사성폐기물 관리기금의 관리 및 운용용역
방사성폐기물을 관리하는 사업자가 제공하는 방사성폐기물 관리기금의 관리 및 운용용역은 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 않는다(법규부가2013-556, ’14.3.14.).
• 비영리법인 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하는 경우
주무관청의 인가를 받은 비영리법인이 그 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하는 경우 부가가치세가 면제된다(법규부가2014-68, ’14.3.7.).
• 지방자치단체에 도시디자인 기본계획 수립용역을 제공하는 경우 부가가치세 면제 여부
비영리사단법인이 지방자치단체와 ‘도시디자인 기본계획 수립용역’ 계약을 체결한 후 현황 조사 및 분석, 과업방향 및 목표설정, 도시디자인 기본구상, 실행계획 수립 및 사업발굴 등 용역을 제공하고 그에 대한 대가를 받는 경우 해당 용역은 부가가치세가 면제되는 학술 또는 기술연구용역에 해당하지 않는다(법규부가2013-278, ’13.8.28.).
• 부가가치세 납세의무자 해당 여부
사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 「부가가치세법」 제3조에 따라 부가가치세법상 납세의무자에 해당한다(부가가치세과-683, ’13.7.26.).
• 경기중소기업종합지원센터가 실비로 공급하는 용역
경기도 중소기업 종합지원센터 설립 및 운영에 관한 조례에 따라 설립된 ‘경기중소기업 종합지원센터’가 같은 조례 제6조 제1항에 따른 사업을 수행하고 수수료를 받는 경우가 그 고유의 사업목적을 위해 실비로 공급하는 용역에 해당하는 때에는 「부가가치세법」 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제된다(부가가치세과-1236, ’12.12.18.).
• 고유의 사업목적으로 체험관 등을 운영해 운영원가에 상당하는 입장료를 받는 경우
정부(고용노동부장관)에서 청소년과 어린이에게 다양한 직업세계에 대한 정보를 제공할 목적으로 설립한 공익법인이 그 고유의 사업목적으로 직업세계관, 체험관, 진로설계관을 운영해 청소년 등에게 이용하게 하면서 그 운영원가에 상당하거나 미달하는 입장료·체험료를 받는 경우 면세대상이다(법규부가 2012-355, ’12.9.28.).
• 비영리법인이 정부입찰 위탁사업에 관한 용역제공시 부가가치세 면제 여부
공익법인에 해당하는 (재)한국OOOO이 2010년 2월 19일 여성부 용역사업인 ‘여성·아동폭력피해 중앙지원단 설치 및 행정지원’ 위탁사업을 조달청과 일반용역계약을 체결하고 여성부에 관련 용역을 제공하는 경우 면세되는 용역에 해당하지 않는다(법규부가 2010-101, ’10.04.21.).
• 공익단체가 고유목적을 위하여 일시적·실비로 공급하는 경우 부가가치세 면제
민법 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 사단법인이 그 고유목적사업인 학술대회를 개최하면서 학술, 전시, 후원광고, 부스임대에 대한 용역을 일시적으로 공급하거나 실비로 공급하는 경우에는 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호에 따라 부가가치세를 면제한다(법규부가2009-429, ’10.1.11.).
• 요양급여비용 심사청구를 대행하는 용역은 부가가치세 면제
의료법에 의해 설립된 대한치과의사협회가 국민건강보험법에 따라 요양기관의 요양급여비용 심사청구를 대행하는 용역을 제공한 경우 부가가치세가 면제된다(재부가-175, ’08.12.16.).
• 공익법인이 소유한 체육시설 관련 용역은 부가가치세 과세대상이다.
공익법인 소유의 체육시설(수영장, 헬스, 에어로빅 등)을 일반인에게도 이용하게 하고 받는 대가는 부가가치세 과세대상이다(국심2005서3130, ’06.6.2.).
• 공익단체가 계속적으로 공급하는 수익사업관련 재화는 과세대상이다.
주무관청에 등록된 공익단체 등이 자체기금 등의 조성을 위해 계속적으로 공급하는 수익사업 관련 재화는 부가가치세 과세대상이다(서면3팀-801, ’04.4.3.).
나. 재화 수입에 대한 부가가치세 면세(부법 §27⑷, 부령 §52)
종교의식·자선·구호·기타 공익을 목적으로 외국으로부터 종교단체·자선단체 또는 구호단체에 기증되는 재화로서 다음의 재화 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1) 사원 기타 종교단체에 기증되는 물품으로서 관세가 면제되는 것
2) 자선 또는 구호의 목적으로 기증되는 급여품으로서 관세가 면제되는 것
3) 구호시설 및 사회복리시설에 기증되는 구호 또는 사회복리용에 직접 제공하는 물품으로서 관세가 면제되는 것
5. 출연자의 부담부 증여시 양도소득세·부가가치세 과세
가. 부담부 증여시 양도소득세 과세(소법 §88⑴, 소령 §159)
출연자(개인)가 공익법인에 채무인수 조건부로 양도소득세 과세대상 자산을 출연하는 경우 채무상당액 만큼 유상으로 양도한 것으로 보아 출연자에게 양도소득세가 과세된다.
☞ 양도소득세 과세대상 자산:토지, 건물, 일정한 주식·출자지분, 사업용 유·무형자산과 함께 양도하는 영업권 등(소법 §94①)
나. 부담부 증여시 부가가치세 과세(부법 §9①·§26①⒇)
부가가치세법상 사업자가 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록된 공익법인에 무상으로 재화·용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면세되나, 사업용 자산을 공익법인에 채무인수 조건부로 출연하는 경우에는 부가가치세가 과세된다.
<관련 예규 및 심판례 등>
• 부담부증여 시 부가가치세 과세표준
공익단체에 채무를 부담하는 조건으로 사업용 부동산을 증여하는 경우 해당 공익단체가 인수한 채무액 중 건물가액 상당액을 부가가치세 과세표준으로 한다(기획재정부 부가가치세제과-382, ’14.5.28.).
• 의료법인에게 채무를 인수하는 조건으로 기부시 부가가치세 과세 여부
사업자가 부가가치세법 시행령 제39조제1항에서 규정하는 공익단체인 의료법인에게 무상으로 공급하는 재화는 같은 법 제12조 제1항 제19호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하나, 동 사업자의 채무를 당해 의료법인이 인수하는 조건으로 기부하는 경우 그 채무액에 상당하는 부분은 같은 법 제6조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세된다(부가-1197, ’12.11.30.).
• 부담부증여의 출연재산가액
출연받은 재산에 담보된 출연자의 채무를 공익법인 등이 인수하는 경우에 출연재산가액은 그 채무상당액을 차감한 가액이 되는 것이며, 차감한 채무상당액에 대하여는 출연자가 양도한 것으로 보아 출연자에게 양도소득세가 과세된다(재산-146, ’12.4.13.).
• 특수관계에 있는 공익단체에 채무인수부 조건으로 출연한 부동산의 부가세 과세
특수관계자에 해당하는 공익단체에 채무인수부 조건으로 출연한 부동산에 대하여 시가를 부가가치세 과세표준으로 하여 과세한다(조심2011중1817, ’11.11.22.).
Ⅲ. 공익법인의 납세협력의무
1. 출연재산 보고서 등 제출의무(상증법 §48⑤, 상증령 §41)
재산을 출연받은 공익법인은 납세지 관할세무서장에게 결산에 관한 서류 및 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 제출해야 한다.
가. 제출 서류
1) 결산에 관한 서류
공익법인은 결산에 관한 서류(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 공익법인이 주무관청에 제출하는 것에 한함)를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
□ 공익법인 결산보고서 제출제도(상증령 §41①)
• 주요내용
공익법인은 주무관청에 제출하는 대차대조표 및 손익계산서(수지계산서 등 포함)를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
• 위 결산보고서 제출제도에서 결산보고서란 ① 고유목적사업부문 ② 수익사업부문 ③ 총계부문별로 작성된 것을 의미한다.
- 수익사업을 영위하는 공익법인이 법인세 신고시 수익사업부문의 결산보고서를 제출하더라도 고유목적사업부문과 총계부문의 결산보고서를 추가로 제출해야 한다.
<관련 예규 및 심판례 등>
• 학교법인의 결산에 관한 서류 제출의무
학교법인이 사립학교법에 따라 주무관청에 제출하는 결산에 관한 서류 중 대차대조표 및 손익계산서(학교회계 관련 세입·세출결산서 포함)는 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다(재산-3958, ’08.11.25.).
2) 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서(상증규칙 §25①)
공익법인 출연재산 등에 대한 보고서(상증규칙 별지 제23호 서식)에는 다음 각 호의 상증규칙 별지서식을 첨부해 함께 제출해야 한다.
① 출연재산·운용소득·매각대금의 사용계획 및 진도내역서(별지 제24호 서식)
② 출연받은 재산의 사용명세서(별지 제25호의2 서식)
③ 출연재산 매각대금 사용명세서(별지 제25호의3 서식)
④ 운용소득 사용명세서(별지 제25호의4 서식)
⑤ 주식(출자지분) 보유명세서(별지 제26호 서식)
⑥ 이사 등 선임명세서(별지 제26호의2 서식)
⑦ 특정기업광고 등 명세서(별지 제26호의3 서식)
⑧ 출연재산을 3년 이내에 출연목적에 사용하지 못하고 그 사용에 장기간을 요하여 주무부장관이 이를 인정하는 경우에는 그 관련서류
☞ 주무부장관이 없는 경우 관할세무서장의 인정 필요(’13.2.15. 이후 주무부장관이 인정하는 분부터 적용)
나. 제출 기한
공익법인은 결산에 관한 서류 및 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 제출해야 하며, 이 경우 공익법인의 사업연도는 당해 공익법인에 관한 법률 또는 정관의 규정에 의하며, 사업연도가 따로 정해져 있지 아니한 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지로 한다(상증령 §41①, 상증규칙 §11).
다. 보고서 등 미제출 가산세(상증법 §78③)
공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하지 아니했거나 제출된 보고서에 출연재산·운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재해 사실을 확인할 수 없는 경우에는 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 1%를 가산세로 과세한다.
☞ 1억원(중소기업기본법 §2①에 따른 중소기업인 경우 5000만원)을 한도로 함. 다만, 고의적으로 위반한 경우 한도 없음(국기법 §49①).
2. 결산서류 등 공시의무(상증법 §50의3, 상증령 §43의5)
가. 개요
공익법인(종교법인 제외)은 결산서류 등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청의 인터넷 홈페이지에 게재*하는 방법으로 공시해야 한다. 다만, 총자산가액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산의 합계액이 3억원 미만이고 주식보유 관련 의무이행 신고대상이 아닌 경우 공익법인은 간편서식으로 공시할 수 있다.
＊국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) > 세금종류별 서비스 > 공익법인 공시 > 공시/공개 등록하기 > 공익법인 결산서류 등 공시
□ 결산서류 등 공시의무 대상 개정 연혁(상증령 §43의5, ’10년 이후 개정 분)
- 자산총액 10억원 이상 → 자산총액 10억원 이상 또는 수입금액과 출연재산의 합이 5억원 이상
* ’11.7.25. 이 속하는 사업연도 분부터 적용
- 자산총액 5억원 이상 또는 수입금액과 출연재산의 합이 3억원 이상으로 대상 확대
* ’14.1.1. 이 속하는 사업연도 분부터 적용
- 모든 공익법인(종교법인 제외)으로 확대
* ’20.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
나. 공시의무 제외대상 공익법인
○ 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인(종교법인)
*다만, 종교법인도 주식보유 관련 의무이행 신고대상인 경우 2021.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 결산서류 등 표준공시의무 대상에 해당함
다. 공시대상 결산서류 등(상증법 §50의3, 상증령 §43의5③)
공시의무가 있는 공익법인은 다음의 서류를 표준서식(상증규칙 별지 제31호)에 따라 공시해야 한다.
① 재무제표
② 기부금품 수입 및 지출 내용
③ 해당 공익법인 등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적사업에 관한 사항
④ 출연재산의 운용소득 사용명세
⑤ 외부회계감사 대상 공익법인의 경우 감사보고서와 첨부된 재무제표
* ’19.1.1. 이후 공시하는 분부터 적용
⑥ 주식보유 현황 등에 관한 사항
• 공익법인 등의 주식 등의 출연·취득·보유 및 처분사항
• 공익법인 등에 주식 등을 출연한 자와 그 주식등의 발행법인과의 관계
• 주식 등의 보유로 인한 배당현황, 보유한 주식등의 처분에 따른 수익현황 등
• 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 그 내국법인의 발행주식총수 등의 5%를 초과하여 보유하고 있는 주식보유 관련 의무이행 신고대상인 공익법인의 경우 ‘보유주식에 대한 의결권의 행사 결과’
* ’17.2.7. 이 속하는 연도에 개시하는 사업연도에 의결권을 행사하는 분부터 적용
• 상증법 §50③에 따라 외부감사를 받는 공익법인 등의 경우에는 출연받은 재산의 공익목적사용 현황
* ’13.2.15. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용
라. 결산서류 등의 간편서식 공시(상증령 §43의5④)
결산서류 등의 공시대상 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조, 법 제61조 및 법 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액)의 합계액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산의 합계액이 3억원 미만인 공익법인 등은* 공익법인 결산서류 등의 공시 간편서식(상증규칙 별지 제31호의2 서식)으로 공시할 수 있다.
＊’22.12.31. 이전에 개시하는 사업연도분의 공시에 대하여는 가산세 미부과
