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[연재]국세청 법인세 사후검증 사례(24)
[연재]국세청 법인세 사후검증 사례(24)
  • 日刊 NTN
  • 승인 2014.01.09 10:44
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농공단지 지정전 입주공장, 세액감면 혜택 못받아

농어촌소득원개발사업을 지원하기 위해 지원하는 법인세 50% 감면은 농공단지안에 공장을 신설하여 사업을 영위하는 법인만 해당한다. 농공단지 입주자중 기존의 공장을 임차 또는 매입하거나 농공단지로 지정되기 전에 입주한 자는 공제대상에서 제외된다. 그러나 부당 공제를 받은 사례가 있어 이에 대한 국세청의 사후 검증 사례를 싣는다.  /편집자 주

농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면(2009~2010년, 부산청)

□ 추진배경
○지역간 균형발전을 도모하고 농어촌소득원개발사업을 지원하기 위해 2012년 12월 31일까지 농공단지 입주기업의 소득에 대하여 4년간 법인세의 50%에 상당하는 금액을 감면하고 있으나,
○공제대상은 농공단지 안에 공장을 새로이 설치하여 사업을 영위하는 법인만 해당하므로 농공단지 입주자라 할지라도 기존의 공장을 임차 또는 매입하거나 농공단지로 지정되기 전에 입주한 자는 공제대상에서 제외하여야 하나 부당 공제받은 사례 검증.

□ 관련규정
○조세특례제한법 제64조 【농공단지입주기업 등에 대한 세액감면】, 시행령 제61조 【농공단지입주기업 등에 대한 세액감면】.
○기본통칙 64…1 【농공단지 입주기업 등 판정】

□ 대상법인 선정방법(예시)
○공제감면추가납부세액합계표 및 세액감면(면제)신청서상 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면이 일정금액 이상인 법인.

□ 검토대상 서식
○공제감면추가납부세액합계표(갑), 세액감면(면제)신청서.

□ 검토요령
○농공단지 등 입주기업에 대하여 TIS분석을 통해 세적변경 내역을 확인하여 농공단지 설립시기와 세적변동 발생일의 차이가 나는 업체를 대상으로 기존 공장 매입여부 검토.
○농공단지 설립 및 입주기업 현황 정보는 「한국산업단지공단」홈페이지(www.-kicox.or.kr)의 <산업단지정보>에서 확인.
○ 농공단지에 있던 기존 공장을 매입하거나 임차한 경우 감면대상이 아니므로 사업장 소재지 등기부등본을 확인.

□ 관련 해석사례
○조세특례제한법 제64조 제2항 제12호의 농공단지에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인이라는 표현 중 내국인은 소득세법에 따른 거주자 및 법인세법에 따른 내국법인을 말함(재조특-347, 2008.06.25).
○조세특례제한법 제64조 [농공단지입주기업 등에 대한 세액감면]을 적용함에 있어 같은 조 제1항 제2호에서 규정한 중소기업은 같은 법 제4조 제1항의 중소기업을 말함(서면인터넷방문상탐2팀-741, 2007.04.26).
○농공단지 지정일 현재 면소재 지역이었으나 그 후 시지역에 편입된 경우 농공단지 입주기업에 해당되어 법인세를 감면 받을 수 있는 것임.
또한, 농공단지에 소재하는 토지와 건물만을 임차하고 법인이 제조시설을 새로이 설치하여 사업을 영위하는 경우 법인이 직접 공장을 설치·운영하여 소득이 발생된 경우에 한해서 상기 조항의 세액감면을 적용할 수 있는 것이므로 이에 해당되지 않음(서면인터넷방문상담2팀-1958, 2005. 11.30).
○농공단지 안의 기존공장을 임차하여 다른 사업을 영위하는 경우 농공 단지 입주 기업 등에 대한 세액감면을 적용 받을 수 없음(서면2팀-110, 2007.01.15).
○농공단지 입주기업 세액감면을 적용받던 법인이 사업확장을 위하여 동 단지내의 인근 공장건물을 매입하여 이전하고 사업을 영위하는 경우에는 잔존 감면기간 내에서 당해 조세특례를 계속하여 적용하는 것임(서면2팀-1143, 2005.07.20).

외투기업 등 중소기업 특별세액감면 부당공제(2006~2009년, 부산청, 광주청)

□ 추진배경
○2006년 이후 설립된 국내법인 중 자산규모 5천억원 이상 대법인(비상장법인, 외투기업포함) 및 30% 이상 출자한 법인은 대기업에 해당함에도,
- 중소기업에만 적용하는 중소기업에 대한 특별세액감면, 창업중소기업의 세액 감면 등을 부당공제(유형1).
○또한 자산규모 5천억원 이상 비상장법인 및 외국법인이 30% 이상 출자한 국내법인(외투법인포함)도 2008년 12월 31일까지 유예기간이 경과됨으로써 2009년 1월1일부터는 대기업 적용을 받아 중소기업관련 감면을 배제(유형2).

□ 관련규정
○조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액 감면】제1항

□ 검토요령
○ 분석대상 법인의 중소기업 해당여부 판정.
 →△△년 감면내역 검토 후 「중소기업관련 감면」의 공제시 감면적정여부 검토.
○ 자산 5천억원 이상 대법인이 30% 이상 투자한 법인의 중소기업여부 판정.
- 주주가 상장사인 경우 : 유예기간 없이 대기업에 해당.
- 주주가 비상장인 경우.
·기존회사 : 2008년 12월 31일까지 유예, 2009년부터 대기업.
·2005년 12월 27일 이후 설립법인 : 설립시부터 대기업.
○주주가 외국법인인 경우
- TIS국제거래세원통합분석시스템(ICAS)의 ORBIS시스템 활용, 자산 5천억원 여부 확인.

□ 대상법인 선정방법(예시)

<유형1>

TIMS 추출

 

·대주주가 법인으로서 30%이상 소유한 법인

(△△ 1월 1일 이후 개업)

·감면세액 일절금액 이상 신청한 법인자

제외기준

 

·중소기업에 한하여 적용하는 감면이 아닌 법인

대상자

 

· 검토 실익있는 법인

 

<유형 2>

TIMS추출

 

· △△사업연도 외국외투법인으로서 외형 일정금액

이상인 법인

제외기준

 

·중소기업특별세액공제 미신청 법인

·감면세액 일정금액 미만 법인

·외국인투자비율 30%미만 법인

·OBS조회결과 검토실익 없는 법인

대상자

 

· 검토 실익있는 법인


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