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연간 수입금액 5000억원 이상의 대형 법인을 대상으로 4년 주기 순환 세무조사를 실시한다는 원칙이 국세청의 법인세사무처리규정에 명시됐다.

국세청은 이 같은 내용을 골자로 하는 법인세 사무처리규정 전부개정안을 지난 3일 행정예고하고 오는 3월 2일부터 시행에 들어갈 예정이라고 8일 밝혔다.

국세청의 이번 법인세사무처리규정 개정은 지난 2007년 12월 개정이후 세법개정사항과 변화된 국세행정 환경을 반영해 업무처리요령·절차 등을 명확하고 간소하게 한 것이다.

또한 대법인 순환조사 원칙을 명시하고 경정청구 처리 등 업무집행시 발견된 문제점과 미비점 등 보완함으로서 효율적·체계적인 업무수행이 이뤄질 수 있도록 했다. 이와함께 국민들이 알기 어려운 세무용어는 알기 쉽게 개선했다.

법인 세무조사 관련 내용의 경우구체적으로 연간 수입금액 5000억원 이상의 대법인은 4년 주기 순환조사를 실시하고 연간 수입금액이 5000억원 이하일 경우 신고성실도 평가에 의해 선정함을 원칙으로 하되, 연간 수입금액 50억원 미만의 신고성실도 하위그룹 법인은 무작위추출방식에 의한 선정을 병행하도록 규정했다.

또한 장기간 세무조사를 받지 않아 성실신고 여부에 대한 검증이 필요한 일정규모 이상의 법인은 신고성실도 평가결과와 무관하게 정기조사 대상으로 선정할 수 있도록 규정했다.

국세청은 선정할 법인 수와 관련 법인의 성실신고를 담보하기 위해 매년 적정수준의 법인수를 정기조사 대상으로 선정해야 한다는 내용도 포함했다.

아울러 지방국세청과 세무서별 조사대상선정 법인수의 경우 지역간 균형 있는 조사관리를 위해 법인수, 세원분포비율, 조사인력 등을 고려해 정하기로 했다.

이에 따라서 정기조사대상을 선정한 이후 지방국세청장 및 세무서장은 즉시 전산에 조사세목, 조사유형, 조사종류, 선정사유, 조사대상기간 등을 입력해야 한다.

국세청은 이런 일련의 정기조사 대상 선정결과를 선정 후 7일 이내 서식에 따라 국세청장 또는 지방국세청장에게 보고해야 한다고 했다.

한편 이번 개정안에는 2009년부터 법인세법에 성실납세방식 신고제도가 도입됨에 따라 성실납세방식적용 신청서 접수 및 승인요령과 성실납세방식을 승인받은 법인에 대한 사후관리 규정도 신설됐다.

또 2010년부터 법인세법에 연결납세방식 신고제도 도입됨에 따라 연결납세방식 적용 신청서 접수 및 승인요령과 연결납세방식을 승인받은 법인에 대한 사후관리 규정 신설

이와 함께 2009년부터 법인세법에 동업기업 과세제도가 도입됨에 따라 동업기업 과세특례 신청서 접수 요령과 동업기업신고서, 준청산소득에 대한 신고서 전산입력 및 과세자료 처리 등 신고내용에 대한 사후관리 규정도 신설했다.

국세청은 또 2008년부터 공익법인 전용계좌 개설제도가 도입됨에 따라 공익법인의 전용계좌 개설·변경 신청서의 접수 및 사용여부등에 대한 사후관리 규정을 신설하고 2009년부터 공익법인 공시제도가 도입됨에 따라 공시목록과 공시안내요령과 전산입력, 공시이행 여부, 적정성 검토 등 사후관리에 관한 규정도 신설했다.

또한 경정청구 처리를 지연하거나 기한 후 신고에 대한 경정결정을 누락하는 사례가 있어 수정신고·경정청구 및 기한후 신고 처리요령을 명시하는 한편 감가상각방법신고서, 내용연수 변경신청서 접수시 전산입력, 승인 및 통지 규정도 명시했다.

이와 함께 법인세 결의서 작성에 관한 업무가 조사국으로부터 이관되고 ‘법인세 결의서 작성시스템을 웹방식으로 전면개편함에 따라 결의서 입력 규정도 신설했다.

또한 2007년부터 활용도가 낮고 법령에 근거없는 판매장려금자료 수집제도가 폐지됨에 따라 관련 규정을 삭제했고 지난 2000년 종료된 자산재평가에 대한 사후관리업무가 거의 발생하지 않는 점을 고려해 규정을 삭제했다.

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