양도소득세의 비과세·감면제도는 조세정책적인 목적에 따라 수시로 신설·개정되어 조세특례제한법 등에 조문이 흩어져 있다. 때문에 납세자는 물론 실무자마저도 이를 종합적으로 이해하기가 쉽지 않다. 납세자의 질의가 많은 비과세·감면제도를 요약·정리한다. /편집자 주
6) 벤처기업 등에 출자함으로써 취득한 주식 등으로서 다음 요건을 모두 갖춘 주식 등
① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것
② 개인이 특수관계가 없는 벤처기업에 대해 행한 출자일 것
③ 그 출자일부터 3년이 경과된 후 양도할 것
7) 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분(2007년 12월 31일까지 양도하는 분에 한함)
8) 부품·소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
☞ 2002년 1월 1일 이후 최초 양도분부터 적용함
9) 소액주주가 양도하는 벤처기업의 주식(2005년 7월 13일 이후 양도하는 분부터 적용)
☞ 증권거래법 시행령 제84조의27 제5항의 규정에 따라 거래되는 벤처기업의 주식을 말함
나. 출자방법
상기 가의 1) ~ 6) 및 (8)의 주식 등을 다음 방법으로 취득하는 경우에 한하여 양도소득세가 비과세된다. 다만, 타인 소유의 주식 등을 매입에 의하여 취득하는 경우에는 양도소득세가 과세된다.
1) 당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법
2) 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법
3) 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법
4) 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법
<참고해석사례>
① 무상증자에 의하여 주식 또는 출자지분을 취득한 경우(타인의 지분을 양도무상증자에 의하여 주식 또는 출자지분을 취득한 경우(타인의 지분을 양소하여 취득한 경우를 제외하여 취득한 경우를 제외) 당해 주식은 조세특례제한법 제14조 제1항 제1호(2000년 12월 29일 개정되기 전) 규정이 적용됨(서면4팀 2595, 2006.7.31.)
② 신기술사업투자조합이 해산하면서 조합원이 출자비율대로 분배 받은 주식을 양도하는 경우 양도소득세를 과세하지 아니함(서면4팀 2439, 2005.12.8.)
③ ‘중소기업창업지원법’에 의한 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분(‘조세특례제한법’ 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한하며, 이하 주식 등이라 한다)을 양도하는 경우 ‘조세특례제한법’ 제14조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상에 포함되지 않는 것임. 다만, 타인소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외되는 것임
중소기업창업투자조합이 해산하면서 조합원에게 위에 해당하는 주식 등을 출자비율에 따라 현물로 배분하는 경우 및 조합원이 출자비율대로 배분받아 ‘증권거래법’에 의한 유가증권시장 또는 협회중개시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상에서 제외하는 것임(서면4팀 2163, 2005.11.14.)
2. 기업구조조정증권투자회사에 출자한 주식 등의 비과세(조특법 제54조)
기업구조조정 증권투자회사에 직접 출자하여 취득한 주식 등을 양도하는 경우 양도소득세가 과세되지 않음(2006년 12월 30일 삭제, 폐지)
3. 기업구조조정전문회사 등에 출자한 주식의 비과세(조특법 제55조)
거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업 구조조정투자회사에 2006년 12월 31일 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되지 않음(일몰도래, 2006년 12월 30일 삭제)
4. 부동산투자회사 등에 출자한 주식의 비과세(조특법 제55의2)
거주자가 부동산투자회사 또는 기업구조조정 부동산투자회사에 2006년 12월 31일 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되지 않음(일몰도래, 2006년 12월 30일 삭제)
5. 선박투자회사에 출자한 주식의 비과세(조특법 제87의5)
거주자가 선박투자회사에 2005년 12월 31일 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되지 않음(일몰도래, 2005년 12월 30일 삭제)
제6장 법인전환 등에 따라 이월과세제도
1. 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세(조특법 제31조)
가. 개요
중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 사업용고정자산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
나. 이월과세 요건
① 적용대상 중소기업간의 통합
소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 ‘중소기업기본법’에 의한 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.
이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(‘국세기본법’ 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
i) 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것
ii) 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)이상일 것
※ 소비성서비스업
-호텔업 및 여관업(‘관광진흥법’에 따른 관광숙박업은 제외함)
-주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 ‘식품위생법 시행령’ 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, ‘관광진흥법’에 따른 외국인전용 유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외함)
-그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업
② 적용대상 사업용 고정자산
당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외함)을 말한다.
※ 법인의 업무와 관련이 없는 부동산
‘법인세법 시행령’ 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산을 말한다. 이 경우 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한다.
다. 이월과세 적용신청
① 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
② 이월과세 적용신청서의 기한 내 제출규정은 단순한 협력의무가 아닌 필수요건이 된다(조심 2009관3468, 2009.12.14., 재산 519, 2009.10.21.).
라. 다른 감면규정과의 관계
① 조세특례제한법 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 동법 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 동법 제6조·제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 중소기업간의 통합을 하는 경우 통합법인은 감면기간에 대하여 동법 제6조·제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용 재산에 대해서만 적용한다.
② 조세특례제한법 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 동법 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 더하여 동법 제63조 또는 제68조를 적용 받을 수 있다.
③ 조세특례제한법 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 중소기업간에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제 받을 수 있다.
마. 사후 관리
① 중소기업간의 통합을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다.
i) 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지(통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우를 말한다)하는 경우. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
㉠ 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우
㉡ 통합법인이 ‘법인세법’ 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우
㉢ 통합법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우
㉣ 통합법인이 ‘채무자 회생 및 파산에 관한 법률’에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우
ii) 이월과세를 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분(주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자를 포함한다)하는 경우. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
㉠ 법 제31조 제1항에 적용받은 내국인(이하 이 조에서 ‘해당 내국인’이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
㉡ 해당 내국인이 ‘법인세법’ 제44조 제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
㉢ 해당 내국인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
㉣ 해당 내국인이 ‘채무자 회생 및 파산에 관한 법률’에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 떠는 출자지분을 처분하는 경우
㉤ 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
바. 이월과세된 세액의 납부
이월과세를 적용받은 후 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 거주자가 종전 사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부한다.
이 경우 이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득당시의 실지거래 가액으로 한다. 이 경우 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 때에는 법인전환일 또는 현물출자일 현재의 당해자산에 대하여 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액을 ‘소득세법 시행령’ 제176조의2 제2항 제2호의 규정을 준용하여 환산한 가액으로 한다.
i) ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률’에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.
ii) ‘상속세 및 증여세법’ 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
2. 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세(조특법 제32조)
가. 개요
거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
나. 이월과세 요건
① 자본금 요건
새로 설립되는 법인의 자본금이 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)이상인 경우에만 적용한다.
※ 사업 양도·양수의 방법
해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 법인으로 전환하는 사업자의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.
※ 순자산가액 계산
-사업장의 순자산가액을 계산함에 있어서 영업권을 포함하지 아니한다.
-순자산가액을 계산함에 있어서 ‘시가’라 함은 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 말하며 수용·공매가격 및 감정가액 등 상속세 및 증여세법 시행령 제49조의 규정에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다(기본통칙 32-29…2).
② 적용대상 사업용고정자산
당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.
다. 이월과세 적용신청
① 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
② 이월과세 적용신청서의 기한내 제출규정은 단순한 협력의무가 아닌 필수요건이 된다(조심 2009관3468, 2009.12.14., 재산 519, 2009.10.21.).
