매출세액 공제를 두고 국세청으로부터 2400억원의 부가가치세를 추징받았던 철도시설공단이 대법원에서 파기환송심을 얻어내면서 사실상 승소했다. 직접적인 계약증빙이 없더라도 실질적인 계약관계라면 매출세액 공제가 가능하다는 결론이다.
대법원 1부(주심 이기택 대법관)는 지난 2일 한국철도시설공단이 대전세무서장을 상대로 “‘2009년부터 2012년까지 매입세액공제분에 대해 국세청이 부과한 2441억원의 부가가치세는 부당하다”며 제기한 ‘부가가치세 부과처분 취소소송’ 상고심에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 대전고법으로 사건을 돌려 보냈다.
대법원은 “선로 유지보수 업무 자체는 국가가 공단에 위탁한 업무로 봐야 하고, 철도공사도 공단의 지시에 따라 유지보수업무를 수행했다”며 “공단은 철도시설관리자로서 법령과 계약상 원인에 의해 철도공사로부터 선로 유지보수 용역을 받는 자에 해당한다”고 판시했다.
코레일(구 철도공사)은 2009년부터 2012년까지 철도시설공단에 선로사용료를 지불할 때 행정효율을 위해 선로유지보수비용만큼 차감하고 지급했다. 그리고 공단에 세금계산서를 끊어줄 때는 원 비용 그대로 발행했다.
철도시설공단은 법인세 신고시 매출에서 선로유지보수비용을 빼고 계산해 납부했다.
현행 세법상 부가세의 주체는 재화나 용역의 최종 수익자이다. 수익자가 사업자라면, 매입한 재화나 용역이 사업용일 경우 매입세액공제를 받을 수 있다. 계약상 공단이 최종 수익자이면 세금공제를 받을 수 있다.
코레일과 철도시설공단은 철도청이 공기업으로 전환되면서 2005년을 기점으로 코레일과 철도시설공단으로 나뉘었다.
그러면서 국토부가 발주하는 철도시설관리업무 중 30%를 코레일이, 70%를 철도시설공단이 각각 맡게 됐다. 다만 이행절차는 코레일이 국토부로부터 100%의 업무를 받는 1차 하청이 되고, 철도시설공단이 2차 하청이 되어 코레일로부터 70%의 업무를 받아가는 구조로 이뤄졌다. 코레일과 철도시설공단간 이와 관련된 용역계약을 맺지 않았다가 2013년에서야 계약을 맺었다.
공단은 코레일과 직접적인 용역계약은 맺지 않았지만, 국토부와 맺은 위탁계약과 실제 대금지급이 이뤄진다는 것을 근거로 코레일이 수행한 철도시설 유지보수업무 70%의 최종수익자는 공단이라고 판단했다. 그리고 코레일이 국토부에 제출한 세금계산서의 70%만큼 세금공제를 받았다.
그러나 국세청은 2014년 공단에 대한 세무조사에서 계약 관계가 명확하지 않은 용역공급에 대해선 세금공제를 받을 수 없다며 2009년부터 2012년의 매입세액공제분에 대해 1469억원의 본세와 972억원의 가산세를 붙여 총 2441억원의 세금을 추징했다.
1심은 철도공사가 제공한 유지보수 용역을 실제로 수령한 자는 공단이라며 공단을 최종수익자로 보았다.
2심은 세금은 법조문에 따른 요건에 맞춰 부과해야 하며, 공단이 최종수익자라는 것을 증명할 법률상, 계약상 원인이 없다며 과세관청의 손을 들어줬다.
철도시설공단은 이번 승소로 인해 환급받은 세금으로 과거 추징금을 내기 위해 발행했던 채무를 해소했다. 사실상 소송이 결론이 난 상태이기에 법률대리인을 통해 국세청 측과 소송 취하 등 소송종료를 추진하는 것으로 알려졌다.
철도시설공단 관계자는 “대법원 재판 결과를 존중하며, 조세소송으로 인해 발생된 재무적 문제점이 해소됐다”며 “차후 더 좋은 서비스를 제공하는 철도시설공단이 되도록 노력하겠다”고 전했다.
