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[2016년 조특법 시행령 개정안 상세해설(소득ㆍ법인세 분야)]
[2016년 조특법 시행령 개정안 상세해설(소득ㆍ법인세 분야)]
  • 이재환 기자
  • 승인 2016.12.30 10:35
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고용창출 투자세액 공제 대상 업종, 소비성 서비스업을 제외한

모든 업종(Negative 방식)으로 확대

구조안전 확인 대상이 아닌 건축물에 설치되는 내진보강설비를

안전설비 등 투자 세액공제 대상에 추가

중소기업, 임금 증가율 3.3% 초과시 근로소득 증대세제 적용

공모리츠에 대한 현물출자 시 법인세 과세이연 방법 신설

부양자 등이 계약을 체결한 경우에도 월세 세액공제 가능

국내 PEF가 PEF 투자목적회사를 통해 투자하는 경우에도 소득원천별 과세

직전 3년 평균매출액이 3천억원 미만인 기업이 국내 복귀시 세제지원

중고차 구입에 대한 신용카드등 소득공제 10% 적용

▲고용·투자·R&D 관련 세제지원 대상업종 확대=고용창출 투자세액 공제 대상 업종을 종전 농업, 제조업, 건설업 등 49개 업종(Positive 방식)으로 했으나 소비성 서비스업을 제외한 모든 업종(Negative 방식)으로 확대했다. 1%p의 공제율이 가산되는 서비스 업종범위도 종전 도매 및 소매업, 방송업, 전문디자인업 등 42개 업종(Positive 방식)으로 했으나 소비성 서비스업을 제외한 모든 서비스 업종(Negative 방식)으로 확대했다. 각종 고용·투자·연구개발 세제지원 제도상 중소기업 업종범위도 종전 농업·제조업·건설업 등 52개 업종(Positive 방식)이었으나 소비성 서비스업을 제외한 모든 업종(Negative 방식)으로 확대했다.

▲청년창업 중소기업의 범위=청년창업기업의 범위를 개인사업자로 창업하는 경우 창업자가 창업 당시 15세 이상~29세 이하로 했다. 병역이행시에는 해당 기간(최장 6년)을 빼고 연령 계산한다. 법인으로 창업하는 경우에는 o해당 창업중소기업의 대표자가 창업 당시 15세 이상~29세 이하일 것(병역이행기간 제외) o최대주주 또는 최대출자자일 것이라는 요건 충족해야 한다.

▲창업중소기업에 대한 세액감면요건 보완=세액감면 적용제외 사유로 ① 중견·대기업과 합병하는 경우 ② 유예기간 중에 있는 기업과 합병 ③ 소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우 ④ 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내에 중소기업기준을 초과하는 경우 등 중소기업 유예기간 불인정 사유에 해당하는 경우를 추가했다.

▲신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상기술 및 공제율= 신산업 중심으로 대상기술을 확대 재편했다. 즉 신성장동력·원천기술을 통합하여 11개 분야 36개 세부분야의 155개 기술로 조정했다. 11개 분야는 ①미래형 자동차, ②지능정보, ③차세대 SW 및 보안, ④콘텐츠, ⑤차세대 전자정보 디바이스, ⑥차세대 방송통신, ⑦바이오·헬스, ⑧에너지신산업·환경, ⑨융복합소재, ⑩로봇, ⑪항공·우주이다. 공제율도 인상해 중견·대기업의 경우 최대 30% [20%+(매출액 대비 신성장R&D 지출액 비중×3배]로 했다.

▲R&D 세액공제시 위탁·공동 연구개발기관 범위 확대=위탁·공동연구개발기관 범위에 ㅇ국내 대학 또는 전문대학 ㅇ국공립연구기관 ㅇ정부출연연구기관 ㅇ국내 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관 포함)이 추가됐다. 다만, 신약에 대한 임상 1·2상 및 희귀질환의약품 임상의 위탁연구개발은 국외 기관 포함한다.

▲기술이전 및 기술취득 등 과세특례 개선=과세특례 적용 특허권 등의 범위를 국내에서 자체 연구·개발한 특허권, 실용신안권과 국내에서 자체 연구·개발한 것으로서 수입금액 기준 등 일정요건을 충족하는 기술 및 기술비법으로 조정했다.

▲대·중소기업 상생협력에 대한 세제지원 확대=내국법인이 유형고정자산을 협력중소기업에 무상임대시 취득가액의 3% 법인세 세액공제(특수관계인 제외)하도록 법이 개정됐는데 이 경우 무상임대 유형고정자산은 ‘연구개발을 위한 연구·시험용 시설’이라고 개정안은 규정했다. 구체적인 범위는 시행규칙에서 정한다. 무상임대는 창업보육센터 등을 통하여 협력중소기업에 임대하는 방법으로 하고 창업보육센터 등은 확인서를 발급, 1년마다 임대현황을 확인한다. 무상임대한 내국법인은 무상임대 확인서를 세액공제 신청시 제출해야 한다.

▲지역특구 세제지원 감면한도 대상 서비스업 범위=지역특구(기업도시 등) 입주기업 중 서비스업은 고용인원에 비례하여 감면한도 선택이 허용되고 서비스업의 범위는 시행령에 위임토록 법이 개정됨에 따라 개정안은 고용인원에 비례해 감면한도를 적용하는 서비스업을 ‘소비성 서비스업을 제외한 모든 서비스 업종’으로 규정했다.

▲내국법인이 벤처기업 등에 출자시 세액공제=개정된 법은 내국법인이 특수관계가 없는 벤처기업 등에 대한 출자시 출자금액의 5%를 세액공제하고 출자 후 5년 이내에 피출자법인(벤처기업 등)의 지배주주에 해당하는 경우 공제받은 세액을 법인세로 납부(이자상당가산액 추징)토록 하고 있다. 시행령 개정안은 출자하는 내국법인의 범위를 중소기업창업투자회사, 신기술사업금융업자 등을 제외한 내국법인으로 했고 이자상당가산액은 세액공제액에 일수와 3/10,000을 곱해 산출토록 했다. 일수는 사업연도 과세표준 신고일의 다음날부터 납부사유 발생일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고일까지다.

▲창업·벤처전문 PEF 출자·투자확인서 발급=투자자가 소득공제를 받기위해 제출해야하는 출자 또는 투자 확인서의 발급 주체에 창업·벤처전문 PEF의 업무집행사원을 추가했다.

▲안전설비 등 투자세액공제 대상에 내진보강설비 추가=① 건축법(§48)에 따른 구조안전 확인대상이 아닌 건축물과 ② 건축 당시 법률에 따라 구조안전 확인대상이 아닌 건축물에 설치되는 내진보강설비를 안전설비 등 투자세액공제 대상에 추가했다.

▲신성장기술 사업화시설 투자에 대한 세액공제=신성장기술의 사업화를 위한 시설의 판정방법, 투자금액 산정방법, 신성장동력·원천기술 R&D 관련 요건 등이 시행령 개정안에 규정됐다. 대상시설은 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상기술 별로 시행규칙으로 정하는 시설로서, 신성장동력·원천기술의 사업화에 사용하기 위한 사업용자산이라고 규정됐다.

산업통상자원부에 ‘신성장동력·원천기술 심의위원회’를 두어 사업화시설 여부 등을 인정한다. 현행 ‘신기술 기업화 사업용자산 투자세액공제’도 산업부장관이 인정하는 사업용자산에 대해 적용하고 있다. 투자금액 산정방법은 해당 과세연도에 투자된 금액(진행기준)이다. 신성장동력·원천기술 R&D 관련 요건은 ① 직전연도 신성장동력·원천기술 R&D가 전체 R&D의 10% 이상이거나 ② 해당 신성장동력·원천기술 관련하여 해당 기업이 연구개발한 특허권을 보유한 경우이다(① or ②).

공제연도 이후 2년 이내 상시근로자 수 감소시 1인당 1,000만원씩 추징하고 투자 완료일부터 3년 이내에 다른 목적에 전용한 경우 세액공제 상당액을 추징(이자상당가산액 가산:1일 1만분의 3)한다.

▲영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제=법 개정으로 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제가 신설되면서 구체적인 공제대상, 공제비용 등은 시행령으로 위임됐다. 개정안은 공제대상 내국인을 저작권법 제2조 제14호에 따른 영상제작자로서 시행규칙으로 정하는 요건을 충족하는 자로 규정하고 공제대상 영상콘텐츠 범위는 ① 방송법 제2조에 따른 방송프로그램으로서 텔레비전방송으로 방송된 것(드라마, 애니메이션, 한국의 자연·문화유산을 소재로 하는 다큐멘터리 등으로 한정, 시행규칙에서 규정)과 ② 「영화 및 비디오물의 진흥에 관한 법률」 제2조에 따른 영화로서 영화상영관에서 상영된 것으로 했다. 공제대상 비용은 작가료, 주·조연 출연료, 시나리오 등 원작료, 편집비 등 시행규칙으로 정하는 비용이다. 다만, 국가, 지방자치단체, 공공기관 및 지방공기업으로부터 출연금 등을 지급받아 제작비용으로 지출하는 금액과 국외에서 사용하는 제작비 등 시행규칙으로 정하는 금액은 공제대상에서 제외한다.

▲중소·중견기업에 대한 가속상각 특례 신설=중견기업이란 직전 3개 과세연도 매출액의 평균금액이 3천억원 미만 기업을 말하고 설비투자자산은 기계 및 장치, 공구, 비품과 차량 및 운반구, 선박 및 항공기(운수업 임대업 등에서 직접 사용되는 경우에 한정)이다. 감가상각비 손금산입 특례도 신설, 기준내용연수의 50%를 가감한 범위에서 감가상각 내용연수를 선택하고 1년 미만은 없는 것으로 한다. 적용신청은 법인세 과세표준 신고기한까지 내용연수 특례적용 신청서를 제출하여 한다.

▲중소기업에 대한 근로소득 증대세제 적용 기준= 임금 증가율 3.3% 초과시 근로소득 증대세제 적용한다.

▲중소기업 고용증가 인원 사회보험료 세액공제 확대=경력단절여성은 ① 임신·출산·육아의 사유로 퇴직(1년 이상 근무)한 여성일 것 ② 퇴직한 날로부터 3~10년 미만의 기간이 지났을 것 ③ 해당 기업의 최대주주·최대출자자 및 그 특수관계인이 아닐 것 등의 요건을 갖추어야 한다. 신성장 서비스업의 범위는 SW·정보통신의 경우 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업, 소프트웨어 개발 및 공급업, 정보서비스업, 전기통신업(유선·무선·위성통신업)이고 문화·컨텐츠는 창작 및 예술 관련 서비스업, 영화·비디오물 및 방송프로그램 제작업, 오디오물 출판 및 원판 녹음업, 방송업이다.

관광은 관광진흥법에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업, 전문휴양업, 관광유람선업 등을 말하고 물류는 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물운송 중개·대리 및 관련서비스업 등이며 사업서비스는 엔지니어링사업, 전문디자인업, 보안시스템 서비스업, 광고물 작성업이다. 교육은 서적, 잡지 및 기타 인쇄물 출판업, 직업능력개발훈련시설, 직업기술분야 학원을 말하고 의료 등 기타는 의학 및 약학 연구개발업, 인문 및 사회과학 연구개발업 등이다.

▲사업전환중소기업 등 세액감면 요건 완화=사업전환 기간이 3년에서 5년으로 연장됐다.

▲금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례 확대=과세특례 요건으로 중소기업과 한국자산관리공사가 체결한 자산양도를 통한 채무상환계획의 이행을 위한 특별 약정이 추가됐다.

▲재무구조개선계획에 따른 채무 인수 등에 대한 과세특례 확대=재무구조개선계획에 따른 채무 인수 등에 대한 과세특례 적용시 자회사의 이월결손금을 한도로 인정하던 것을 삭제했다.

▲벤처기업 주식 매각후 재투자시 과세이연 요건 완화=지분매각 요건 및 재투자 기한이 완화됐다. 적용대상 주주는 종전 지분매각대상 기업의 창업자 또는 발기인으로서 최대주주에서 ‘지분매각 대상 기업의 창업자 또는 주주’로 했고, 매각 요건도 본인 보유 주식의 30% 이상 양도로 개정했으며, 재투자기한도 종전 주식을 양도한 날로부터 6개월 이내에서 양도세 예정신고 기한일부터 6개월 이내로 바꿨다.

▲합병시 중복자산 처분에 대한 과세특례 확대=과세이연 요건을 완화, 업종 요건에 철강, 석유화학 업종을 추가했다. 적격합병시 사후관리 특례를 신설, 사업재편계획에 따른 합병으로 발생한 중복자산은 승계한 고정자산에서 제외했다(사후관리 배제).

▲사업재편계획에 따른 계열회사간 주식교환시 과세이연=현행은 교환대상법인의 지배주주가 보유주식 전부를 다른 법인과 교환시 주식양도차익에 대한 법인세 과세이연이 허용된다.

다만 교환대상법인과 다른 법인간 특수관계가 있는 경우 과세이연이 배제된다. 개정안은 이 경우 기업활력 제고를 위한 특별법에 따라 사업재편계획 승인을 받은 법인간 주식교환시 특수관계자에서 계열회사를 제외했다.

▲본사 지방 이전시 과세특례 계산 합리화=본사 지방 이전시 과세특례 요건 중 ‘본사 이전한 날로부터 2년 이내에 종전본사 양도’와 관련해 개정안은 이 경우 종전 본사 일부를 다른 사람이 사용시 이전일부터 소급해 2년이상 직접 사용면적 비율에 상당하는 양도차익만 과세특례를 적용토록 했다.

▲중소기업의 지방이전 세액감면 제도 보완=중견·대기업과 합병하는 경우, 유예기간 중인 법인과 합병, 소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우, 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내에 중소기업기준을 초과하는 경우에는 세액감면이 중단된다.

▲기부장려금 단체 지정 요건 및 배분방법 명확화= 지정 신청의 경우 직전연도의 모금·활용실적을 신청일이 속하는 연도의 3월말까지 공개하도록 했다. 기부자가 2개 이상의 단체에 대해 기부장려금을 신청하는 경우 단체별 배분방법도 신설, 기부자의 각 단체별 기부장려금 신청 기부금 비율로 기부장려금 결정액을 안분토록 했다(기부장려금 결정액×해당 단체에 대한 기부장려금 신청 기부금액/기부자의 기부장려금 신청 기부금 총액).

▲주택청약종합저축 소득공제 신청서류 간소화=신청서류 중 주민등록표 등본을 삭제했다.

▲임대주택펀드의 투자비율 계산방법 등 명확화=임대주택의 정의를 ‘기준시가 6억원·149㎡ 이하의 민간임대주택특별법 및 공공주택특별법의 임대주택에 50% 이상 투자’로 명확히 했다. 재간접투자시 계산방법도 보완, 직접 임대주택에 투자한 금액에 다른 펀드·리츠를 통해 임대주택에 투자한 금액을 더한 금액을 부동산펀드의 자산총액으로 나누어 계산토록 했다. 액면가액 계산방법도 규정, 액면가액 보다 발행가액이 큰 경우(할증발해)는 발행가액을 기준으로 계산토록 했다.

▲개인종합자산관리계좌(ISA) 가입서류 일원화=일반형 근로·사업소득자는 소득확인증명서만 제출토록 했다. 소득확인 증명서 발급이 불가능한 신규사업자·사업자의 경우 지급확인서·사업자등록중명원 등을 제출하면 된다. 경영주인 농·어민은 농어업 경영체 등록 확인서를 제출해야 한다.

▲월세 세액공제 확대=공제요건으로 기본공제대상자(부양자 등)가 계약을 체결한 경우에도 공제가 되며, 준주택 중 다중생활시설(고시원) 월세도 공제대상으로 추가됐다.

▲공모리츠에 대한 현물출자시 과세특례 신설=토지·건물 출자에 따른 양도차익에 대한 법인세 과세이연 방법을 신설, 현물출자로 발생한 양도차익의 상당액 만큼 압축기장충당금을 설정하여 손금산입토록 했다. 압축기장충당금의 익금산입과 관련 현물출자별로 취득한 주식의 처분비율이 50% 미만인 경우 ‘압축기장충당금 설정액×당해연도 주식 처분비율’ 만큼 주식을 처분한 사업연도의 익금으로 산입(일부 익금산입)하고, 출자자의 주식 처분비율 합계가 50% 이상인 경우나 리츠 해산의 경우엔 전부 익금산입하도록 했다.

이자상당가산액은 과세이연금액×일수×3/10,000로 산출하며 이 경우 일수는 현물출자 사업연도 종료일의 다음날부터 영업인가 취소일이 속하는 사업연도의 종료일까지다. 과세특례 적용신청을 할 경우 내국법인은 과세표준 신고시 현물출자명세서, 과세특례적용신청서를 제출해야 하고 공모리츠는 현물출자 과세특례신청서를 제출해야 한다. 매분기말까지 주주명부도 관할세무서장에게 제출해야 한다.

▲근로·자녀장려금 환급 등 절차 보완=일반적인 환급계좌와 별도로 근로·자녀장려금을 계좌 이체받고자 하는 경우 금융회사 등에 계좌 개설 후 세무서장에게 개좌개설 신고서를 제출토록 했다. 수급자가 세무서장에게 근로·자녀장려금 수급사실 증명을 신청하는 경우 수급사실 증명서를 발급한다.

▲외국 연·기금의 소득원천별 과세 적용범위 확대=국내 PEF가 PEF 투자목적회사(SPC)를 통해 투자대상에 투자하는 경우도 포함됐다.

▲자본확충목적회사에 대한 과세특례 세부사항 규정=자본확충목적회사가 지원하는 금융기관으로 한국산업은행, 한국수출입은행이 규정됐고 자본확충목적회사의 자금조달 방식은 한국은행 또는 기업은행으로부터의 차입이다.

▲해외진출기업 국내복귀 세제지원 대상 및 요건=세제지원 대상이 되는 중견기업의 요건으로 ① 중소기업이 아닐 것 ② 소비성서비스업 등을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것 ③ 소유와 경영의 실질적 독립성에 적합할 것 ④ 직전 3년간 평균매출액이 3천억원 미만일 것이 규정됐다. 부분축소 요건은 해외사업장 생산량 50% 이상 감축을 산업통상부장관이 확인하는 경우로 규정됐다. 산업통상자원부장관이 확인후 ‘해외사업장 생산량 등 감축 확인서(안)’을 발급한다.

▲석유제품 전자상거래 공제대상 범위 신설=석유제품 전자상거래 세액공제 대상자는 공급자의 경우 석유정제업자, 석유수출입업자, 일반대리점이다. 다만, 전자상거래를 통해 공급받은 석유제품을 다시 공급하는 경우는 제외한다. 매수자는 일반대리점, 주유소, 일반판매소다.

▲평창 동계올림픽 관련 법인세 및 부가가치세 지원=법인세 지원대상에 지역별독점방송중계권자(RHB)가 추가됐다. 부가세 분야에선 환급이 가능한 외국법인으로 조특령 제104조의25 제1호부터 제5호까지의 법인이 규정됐다. 국제경기연맹, 세계반도핑기구 등이다. 방송중계 관련 재화·용역 범위도 방송장비, 방송중계 관련 자문·운송·경비용역 등으로 규정했다. 단, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호부터 제7호까지의 매입세액이 공제되지 않는 항목은 제외된다. 예컨대 사업과 무관한 매입세액, 접대비, 비영업용소형승용차 관련 매입세액 등이다.

▲우정사업본부 차익거래에 대한 증권거래세 면제=차익거래 파생상품은 코스피200(미니코스피200)·코스닥150 지수선물, 개별주식 선물로 규정했다.

거래 방식 등 요건은 ① (전용계좌)차익거래 전용계좌를 통해 매매할 것 ② (동시매매)주식과 선물의 매매계약(만기결제)이 같은 날 체결될 것 ③ (면제한도)주식과 연계하여 거래한 선물 매수금액(만기결제금액)의 103% ④ (면제절차)한국거래소가 면제대상 거래를 확인, 원천징수 의무자(예탁결제원) 등에게 일별로 통보하는 것으로 규정했다.

▲신성장산업 중심 외국인투자기업 세제지원 개편=세제지원 대상을 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상 기술과 동일하게 규정했다. 다만, 신성장산업 관련 소재·공정 기술 등을 추가(시행규칙)했다. 세제지원 대상 소득 범위도 확대, 감면대상 사업 소득이 관련 사업소득을 포함한 전체 소득의 80% 이상인 경우 전체 소득에 대해 감면한다. 외국인투자금액 기준도 신설, 산업특성, 평균외국인투자금액 등을 감안하여 시행규칙에서 정하는 금액 이상 투자할 것으로 규정했다.

▲중고차 구입에 대한 신용카드등 소득공제 적용=중고차 구입금액 중 신용카드 등 소득공제 적용 금액을 중고차 구입 금액의 10%로 했다.

▲전통시장 소득공제 제외대상 추가=전통시장 소득공제 제외대상으로 사업자단위 과세자로서 전통시장안 사업장과 전통시장밖 사업장의 신용카드등 사용액이 구분되지 않는 사업자를 추가했다.


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