종자업체 국내 1위이자 코스닥 상장사인 농우바이오에 대한 국세청의 세무조사에 이은 법인세 추징이 결국 조세심판원까지 가게 됐다.
국세청이 농우바이오의 해외채종사업을 작물재배업이 아닌 단순 도·소매업으로 판단하면서 187억원의 법인세 추징금을 부과한 데 따른 것이다. 향후 국내 종자업계에 미칠 파장도 클 것으로 전망된다.
농우바이오는 지난해 11월 동수원세무서가 실시한 정기 세무조사에서 37억원의 법인세 추징금을 처분받은 데 이어 중부지방국세청으로부터 5년간 면제받은 법인세 150억원에 대한 추징금 통지서를 받았다.
이에 따라 합산 추징금만 총 187억원에 달해 연간 영업이익 실적 등을 훨씬 웃도는 수치로 경영에 비상이 걸린 상태다.
국세청은 그동안 농우바이오가 작물재배업을 하는 농업회사법인으로 인정해 지난 2011년 이후 법인세를 감면했다. 하지만 국세청이 농우바이오가 해외에서 벌인 종사 생산 사업에 대해 ‘작물재배업이 아닌 도매업’이라고 해석하면서 이같은 갈등이 발생했다.
농우바이오는 국세청으로부터 통보받은 총 187억원 규모의 법인세 추징금에 대한 불복한다는 입장이다. 이미 지난해 11월 말 국세청을 대상으로 과세전 적부심을 청구했지만 지난달 기각 통보를 받았다.
이에 따라 농우바이오의 법인세 추징에 따른 조세심판원에 2차 조치에 돌입할 것을 결정했다.
농우바이오는 우선 2011년도분 추징금 37억원에 대한 부분을 청구한 상태이고 나머지 150억원(2012년~2015년도 분)에 대한 부분을 이르면 이번 주께 진행할 계획이다. 이 회사는 이번 조세심판원 심판 결과가 여의치 않을 경우 향후 행정소송까지 계획하고 있을 정도로 사활을 걸고 있다.
조세특례제한법에 따르면 농업육성을 위해 만들어진 농업회사법인은 법인세가 면제 또는 감면되고 정책자금도 지원된다.
하지만 국세청은 농우바이오가 중국, 인도 등에서 해외채종한 부분을 문제 삼았다. 해외에서 생산한 종자를 농우바이오가 사들여 판매한다는 이유로 이를 작물재배업으로 보지 않고 도·소매사업으로 본 것이다. 농우바이오의 경우 2011년부터 2015년도까지 5년간 감면 혜택을 받았던 법인세가 대상이 됐다.
농우바이오는 어쩔 수 없이 외부 차입을 통해 사전 고지된 37억원(2011년도 분)을 최근 납세했다. 2012년부터 2015년까지 해당되는 150억원의 법인세 추징금이 남은 상태다. 농우바이오는 또 한 번 외부 차입으로 이를 메워야 할 처지다. 이로 인해 농우바이오는 지난해 75억원 규모의 당기순손실을 기록했다. 회사 관계자는 “이자 비용을 최소화하기 위해 우선 추징금을 먼저 내고 이를 되돌려 받기 위해 조세심판원 청구를 진행한 것”이라며 “향후 우리 의견이 승인되면 이자까지 되돌려받을 수 있어 이번 조세심판원 심판 결과에 기대를 걸고 있다”고 밝혔다.
업계에서는 국세청이 농우바이오가 제기한 조세심판원 심판결과가 나오는대로 아시아종묘를 포함한 여타 20여개 중소농업회사 법인들에게도 순차적으로 과징금을 부과할 것으로 예상한다. 조세심판원 심판 결과는 최소 약 6개월 후인 오는 9월께 나올 것으로 보인다.
코스닥 상장사인 농우바이오는 지난해 연결기준 영업이익이 전년보다 1681.4% 증가한 135억원으로 잠정 집계됐다고 7일 공시했다.
매출은 1031억원으로 445.5% 늘었으나 당기순익은 75억원 순손실로 적자 전환했다.
회사 측은 "결산기 변경에 따른 영업 기간 증가로 매출액과 영업이익이 늘었지만, 세무조사에 따른 법인세 추징금으로 당기순익은 적자로 돌아섰다"고 설명했다.
