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율촌 판례평석 | 고유목적사업준비금을 다른 용도에 사용하는 경우
율촌 판례평석 | 고유목적사업준비금을 다른 용도에 사용하는 경우
  • 이종혁 변호사
  • 승인 2017.03.31 09:00
  • 댓글 0
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5년의 유예기간 전이라도 과세할 수 있어 - 대법원 2017.3.9. 선고 2016두59249 판결 -

“비영리법인이 부동산 매각대금을 수익사업에 사용하는 경우 법인세 과세위험 있어”

고유목적 사업준비금을 다른 용도에 사용해

더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러난 경우…

5년의 유예기간 전이라도 과세될 수 있어

 

1. 들어가며

우리가 일반적으로 떠올리는 법인은 영리사업을 영위하는 영리법인이지만, 법인 중에는 공익사업을 목적사업으로 삼하는 비영리법인도 있다. 주변에서 볼 수 있는 학교법인이나 의료법인들이 대표적이다. 법인에 대해서는 법인세법이 적용되는데, 법인세법은 영리법인과 비영리법인(이하, 이 글에서 비영리법인이라 함은 법인세법상의 비영리내국법인을 의미한다)을 구분해, 법인세 과세대상을 달리 규정하고 있다. 영리법인은 포괄적으로 모든 순자산의 증가에 대해 법인세를 납부할 의무가 있지만, 비영리법인은 법인세법에 열거된 일정한 소득에 대해서만 법인세를 납부할 의무가 있다.

과세대상에 차이가 있는 이유는, 비영리법인이 공익활동을 직접적으로 수행하는 과정에서 발생하는 순자산의 증가에 대해서까지 포괄적으로 법인세를 과세할 경우 비영리법인의 공익활동이 위축될 수 있기 때문이다. 다만, 비영리법인도 목적한 공익사업의 달성을 위해 적극적으로 수익을 창출하는 사업을 영위하는 경우가 있는데, 비영리법인이 영위하는 수익사업을 과세대상으로 삼지 않으면, 영리법인과 세부담 차이가 발생해 거래의 공정을 해치게 된다. 이에 법인세법은 영리법인과의 공정한 경쟁관계를 유지하고, 조세의 중립성과 조세회피현상을 방지하기 위해, 비영리법인에 대해서도 제조업·임대업 등 수익사업에서 생기는 소득, 이자·배당소득, 고정자산 처분이익 등 일정한 소득에 대해서는 법인세를 과세하도록 규정하고 있다.

그렇지만 비영리법인이 영위하는 수익사업에서 발생하는 소득 역시 궁극적으로는 공익사업을 위해 사용될 것이 예정돼 있으므로, 비영리법인의 수익사업에 대해 법인세를 부과하는 것도 비영리법인의 공익활동을 위축시킬 수 있다. 이에 법인세법은 비영리법인의 공익활동을 지원하기 위해 고유목적사업준비금제도를 마련하고 있다.

고유목적사업준비금제도는 비영리법인의 공익활동을 지원하기 위해 혜택을 부여하는 제도지만, 비영리법인이 공익활동에 매진할 것을 전제로 해 주어지는 혜택이므로 혜택의 부여에 한계가 존재한다. 최근 대법원은 비영리법인의 고유목적사업준비금제도와 관련해, 제도의 취지와 고유목적사업준비금의 혜택을 부인하는 한계를 제시하는 판결을 선고했다(대법원 2017.3.9. 선고 2016두59249 판결, 이하 “대상판결”). 대상판결이 제시한 고유목적사업준비금제도의 취지에는 동의하지만, 그 한계에 대해서는 의문이 있다. 이하에서는 비영리법인의 세무처리에 대한 이해를 돕기 위해 고유목적사업준비금제도와 구분경리제도에 대해서 먼저 살펴본 후 대상판결에 대해 자세히 살펴본다.

 

2. 비영리법인의 고유목적사업준비금제도와 구분경리제도

법인세법상 고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 비영리법인의 목적사업으로서 법인세법상 수익사업에 해당하지 않는 사업을 말한다. 고유목적사업준비금제도란 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법인세법에서 정한 일정한 한도의 범위 안에서 당해 사업연도의 수익사업 과세소득을 계산함에 있어서 위 준비금을 손금에 산입할 수 있도록 하는 제도이다. 즉, 이와 같은 고유목적사업준비금제도는 미래에 고유목적사업과 관련해 발생하게 될 비용이나 미래에 취득하게 될 고정자산의 재원마련을 위해 미리 손금으로 계상하는 것을 인정하는 세법상 제도이다.

한편, 비영리법인은 수익사업을 영위하는 경우, 자산·부채·손익을 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분해 경리하는데, 이는 비영리법인의 사업 중 법인세 과세대상이 되는 수익사업의 소득만을 정확하게 계산하기 위함이다. 비영리법인은 수익사업 회계에서 관리하던 자산을 고유목적사업 회계로 그 귀속을 변경하거나, 반대로 고유목적사업 회계에서 관리하던 자산을 수익사업 회계로 그 귀속을 변경하는 경우가 있는데, 이때에는 전입과 전출이라는 표현을 사용해 수익사업 회계와 고유목적사업 회계 사이에서의 자산의 이동을 회계처리하고 있다.

 

3. 대상판결

가. 사실관계의 요지

원고는 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시할 목적으로 설립된 학교법인으로, 설립 당시 토지(이하, “쟁점토지”)를 출연받아 기본재산으로 보유하다가, 2005년 쟁점토지를 16억원에 매각했다. 원고는 2005 사업연도에 쟁점토지 매각대금을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입해 법인세를 신고했다.

그 후 원고는 쟁점토지 매각대금을 정기예금으로 예치해 관리해 오다가, 2007년 관할교육청의 허가를 받아 위 정기예금을 해지한 후 아파트 9채를 16억원에 취득했다. 원고는 위 아파트를 임대사업에 사용했고, 고유목적사업준비금을 계상한 후로부터 5년의 유예기간이 지나도록 고유목적사업준비금 계상액을 고유목적사업에 지출하지 않았다.

과세관청은 원고가 고유목적사업준비금으로 손금산입 했던 쟁점토지 매각대금을 고유목적사업이 아니라 수익사업에 사용한 것으로 판단하고, 아파트 취득일이 속하는 2007 사업연도에 쟁점토지 매각대금에 관한 고유목적사업준비금을 익금에 산입해 법인세를 부과했다.

 

나. 판결의 경과

원고는, 첫째로 아파트를 임대해 사용하는 수익이 결국은 공익사업을 위해 사용되므로, 쟁점토지 매각대금을 아파트의 취득에 사용한 것은 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다고 주장했고, 둘째로 고유목적사업준비금을 계상한 후 5년의 유예기간이 지난 후에야 미사용 잔액이 익금에 산입되는 것이므로 5년의 유예기간이 경과하기 전에 쟁점토지 매각대금에 관한 고유목적사업준비금을 익금에 산입한 것은 위법하다고 주장했다.

1심 법원은, 원고의 첫 번째 주장에 대해 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 ‘직접’ 사용하는 경우에만 해당하고, 준비금으로 취득한 아파트의 임대에서 발생한 수익이 고유목적사업에 사용된다는 사정만으로는 위 아파트를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 평가할 수는 없다고 판단했다.

1심 법원은 원고의 두 번째 주장에 대해서는, 고유목적사업준비금제도는 5년이라는 기한을 정해 기설정된 고유목적사업준비금을 실제로 고유목적사업에 사용하도록 강제하는데 그 취지가 있는 것이므로, 비영리법인이 5년 내 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 타 용도에 사용함으로써 더 이상 이를 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한을 기다릴 필요 없이 해당 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입할 수 있다고 판단했다.

그러나 2심 법원은 원고의 첫 번째 주장에 대해서는 판단을 같이 하면서도 두 번째 주장에 대해서는, 쟁점토지 매각대금을 고유목적사업이 아닌 아파트 취득에 사용했더라도 고유목적사업준비금을 계상한 2005 사업연도 종료일로부터 5년이 지나지 않은 이상 고유목적사업에 사용되지 않은 사유가 발생했다고 볼 수 없다고 보아, 과세관청의 2007 사업연도 법인세 부과처분이 위법하다고 판단했다. 해당 규정의 취지는 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 법정 기간 내 실질적으로 고유목적사업을 위해 사용하도록 강제하되, 유예기간인 5년 범위 내에서 고유목적사업을 탄력적으로 운영할 수 있도록 한 것이라는 이유였다.

 

다. 대상판결의 요지

대법원은 2심 법원과 판단을 달리했다. 대상판결은, 고유목적사업준비금제도는 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대해 고유목적사업에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 해 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인의 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이라고 그 취지를 설명한 후, 비영리법인이 5년의 유예기간 중 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용해 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면 5년의 유예기간에 불구하고 사용금액 상당액을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다고 판시했다.

이에 대상판결은 원고가 쟁점토지 매각대금으로 아파트를 매입해 고유목적사업이 아닌 임대사업에 사용한 이상, 아파트를 취득할 당시 위 쟁점토지 매각대금을 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명해졌으므로, 쟁점토지 매각대금에 관한 고유목적사업준비금을 2007 사업연도의 익금에 산입해야 한다고 판단했다.

 

4. 대상판결에 대한 평석

가. 고유목적사업에 지출한다는 의미에 대해

법인세법은 고유목적사업을 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업으로서 수익사업에 해당하지 않는 사업으로 정의하며, 비영리법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다고 규정하고 있다. 따라서 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이라도, 법인세법상 수익사업에 해당하는 경우에는 해당 수익사업을 위한 고정자산의 취득 등에 지출하는 금액은 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다.

그렇다면 수익사업에 사용하기 위한 목적으로 취득한 고정자산에서 발생하는 수익이 결국은 고유목적사업에 사용되므로, 수익사업에 사용되는 부동산 취득도 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다는 원고의 주장은 현행 법인세법 규정상으로는 인정할 수 없다고 생각된다.

과세관청 역시 마찬가지 입장을 가지고 있고(서면2팀-1212, 2005. 9. 5.; 서이46012-1969, 2002. 5. 7.), 법원도 학교법인의 고정자산처분익으로 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는다는 입장을 가지고 있다(대법원 2016.7.7. 선고 2016두36154 판결).

 

나. 고유목적사업준비금을 익금에 산입하는 시점에 대해

대상판결의 고유목적사업준비금 제도의 취지에 대한 판시와 해당 사안에 있어서의 결론에는 찬성하지만, 대상판결의 고유목적사업준비금을 익금에 산입할 수 있는 시점에 대한 판시 내용을 비영리법인에 대해 일반적으로 적용하기에는 한계가 있다고 생각한다.

법인세법은 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우 사용하지 않은 잔액에 한해 비영리법인의 법인세 과세소득의 익금에 산입하는 것으로 규정하고 있다(법인세법 제29조 제4항 제4호).

대상판결 전에도 대상판결과 유사한 판결이 있었는데, 서울고등법원은 “고유목적사업준비금에 계상됐다가 비영리사업회계로 전출된 현금은 고유목적사업에 사용돼야 하는 것으로 그 용도가 한정돼 있으므로, 그 전출금을 임의 환입해 수익사업에 사용함으로써 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한까지 기다릴 필요 없이 곧바로 해당사업연도 익금에 산입할 수 있다”고 판시했다(서울고등법원 2016.3.18. 선고 2015누48862 판결).

위 서울고등법원 판결은, 학교법인이 수익용 기본재산 매각대금에 대해 고유목적사업준비금을 적립한 후 위 매각대금을 고유목적사업회계로 전출했다가, 위 매각대금을 다시 수익사업회계로 환입한 후 아파트를 취득했던 사안이다. 학교법인에 대해서는 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다는 특별한 규정(법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문)이 있기 때문에, 학교법인은 일반적으로 고유목적사업준비금 계상액을 고유목적사업회계로 바로 전출할 유인이 있다. 위 판결은 학교법인의 고유목적사업회계로 전출된 현금은 고유목적사업에 사용해야 하는 것으로 용도가 한정돼 있다고 판시했고, 따라서 전출금을 수익사업회계로 환입하는 순간 익금에 반영돼야 한다고 보았다.

대상판결에서, 원고는 기본재산으로 등록돼 있는 재산을 매각한 후 그 매각대금을 따로 정기예금에 예치하고 있다가, 관할교육청의 허가를 얻어 위 정기예금을 해지하고 수익사업용 부동산을 취득했다. 다만, 대상판결의 사실관계에서는 위 서울고등법원 판결 사안과 같이 고유목적사업회계로의 전입과 수익사업회계로의 환입 회계처리가 이루어졌는지를 확인할 수가 없다.

따라서 대상판결이 해당 사안에서 “비영리법인이 5년의 유예기간 중 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용해 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러났다”고 판단한 것이, 위와 같은 학교법인의 특수한 회계처리 때문인지 아니면 쟁점토지 매각대금이 정기예금에 예치됐다가 해지 후 그대로 아파트 매각대금으로 사용된 특수한 사실관계 때문인지는 명확하지 않다.

후자라는 전제 하에, 수익사업을 영위하고 있는 일반적인 비영리법인이 X1 사업연도에 수익사업의 소득 100원 중 50%인 50원을 고유목적사업준비금으로 계상해 손금에 산입했고, 수익사업에서의 소득이 전부 현금(실제로는 수익사업의 소득이 전부 현금이라고 보기 어렵겠지만)이라는 사례를 가정해본다. 위 비영리법인이 다음 사업연도에 고유목적사업에 50원을 지출하지 않은 상태에서 수익사업에 소요되는 비용으로 60원을 먼저 지출했다면 고유목적사업준비금 50원 중 10원은 고유목적사업에 사용하지 못하게 된 것이 분명하다고 볼 수 있는가?

사실 고유목적사업준비금이라는 것은 장부상 숫자에 불과하고, 비영리법인은 고유목적사업준비금이라는 것을 국가의 예산처럼 그 용도가 정해진 현금으로 따로 관리하지 않는다. 즉, 고유목적사업준비금으로 계상한 금액 상당의 현금에는 따로 꼬리표가 존재하지 않는다. 상법상 이익준비금 역시 마찬가지다. 대상판결의 판시내용을 보면, 비영리법인이 당장 고유목적사업에 지출할 용도가 없는 상황에서 보유하고 있는 현금을 일시적으로 수익사업에 먼저 사용하면 안 되는 것인가라는 의문이 생길 수 있다. 대상판결의 판시 내용 중 ‘분명해진 경우’라는 표현이 있기는 하지만, 대상판결의 판시 내용을 모든 비영리법인의 사안에 일반화해 적용하는 것은 5년이라는 유예기간을 둔 규정의 취지에 부합하지 않고, 비영리법인의 자금 운영에 있어서 경직성을 가져올 수 있으므로 타당하지 않다고 생각된다.

 

5.맺음말

비영리법인의 세무처리에서 고유목적사업준비금제도는 매우 중요한 위치를 차지하고 있다. 그렇지만 고유목적사업준비금제도나 구분경리제도는 생소하고, 그 내용도 어렵기 때문에 비영리법인의 세무처리를 제대로 이해하기가 쉽지 않다. 대상판결은 고유목적사업준비금제도의 취지와 혜택에 대한 한계를 제시했는데, 대상판결의 판시 내용이 자칫 정상적인 범위 내에서 이루어진 비영리법인의 탄력적인 자금운용에 대한 무분별한 과세로 이어지지 않도록 대상판결의 판시 내용을 엄격하게 해석할 필요가 있다고 생각한다.

법무법인 율촌 이종혁 변호사

 

 

 

 

 

 

 


•2012 : 미국 University of Southern California Law School 졸업(LL.M.)
•2011 : 서울대학교 법과대학원 법학박사 수료
•2006 : 서울대학교 법과대학원 법학석사 졸업
•2004 : 사법연수원 제33기 수료
•2001 : 서울대학교 법과대학
•2000 : 제42회 사법시험 합격

<주요경력>
•2007~현재 : 법무법인 율촌 조세그룹 조세쟁송팀
•2011~2012 : Steptoe & Johnson 워싱턴D.C.

<사무소 파견근무>
•2004~2007 : 공익 법무관

<논문 및 저서>
재건축주택조합이 조합원들로부터 신탁받은 토지에 대한 취득세 과세 여부
공유물분할의 효과에 관한 연구

 

 


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