납세의무자가 국세청의 질의회신에 따라 근로소득세 신고 후 기획재정부에서 기존 국세청 질의회신과 다르게 해석해 수정신고할 경우 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다는 국세청의 유권해석이 나왔다.
국세청은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는지 여부 에 대한 질의에 이같이 회신했다(국기, 서면-2016-법령해석기본-5684, 법령해석과-4172, 2016.12.22.).
사실관계를 보면 □□□공단(이하 ‘질의공단’이라 함)은 “질의공단이 한-미 조세조약상 정부기능을 수행하는 기관에 해당되지 않는다”는 국세청 해석에 따라 원천징수의무자로서 질의공단의 뉴욕사무소 파견 직원들의 현지 근로소득에서 소득세를 원천공제한 후 이를 미국 과세당국에 신고‧납부했다.
이와 더불어 파견 직원들의 한국 내 근로소득 연말정산 시 외국납부세액에 대해 공제받도록 했는데, 그 후 질의공단은 국세청 해석에 대해 기재부에 재질의해 “질의공단이 한-미 조세조약상 정부기능을 수행하는 기관에 해당한다”는 회신을 받았다.
이에 질의공단은 이를 기초로 뉴욕사무소 파견 직원들이 미국 과세당국에 기 납부한 근로소득에 대해 환급해 줄 것을 신청했고, 그 결과 미국 과세당국에서는 개인별로 환급심사를 진행해 환급을 해줬으며, 이를 근거로 국내 근로소득 연말정산 시 기 공제받은 외국납부세액에 대해서는 수정신고를 하고자 했다.
질의내용은 납세의무자가 양도소득세를 과소신고한 것에 대한 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부이다.
이에 대해 국세청은 “납세의무자가 국세청 질의회신에 따라 미국 과세당국에 현지 근로소득세를 원천납부한 후 국내 근로소득 연말정산시 외국납부세액에 대해 공제를 받았으나, 추후 기재부에서 기존 국세청 질의회신과 다르게 해석해 결과적으로 외국납부세액을 공제한 것이 소급적으로 부적법하게 된 경우에는 납세의무자에게 근로소득세 과소신고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 ‘국세기본법’ 제48조 제1항에 따라 가산세를 감면할 수 있는 것”이라고 밝혔다.