감사원은 조세감면제도 운용실태를 조사한 결과 분당세무서가 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 부적정 운용했다고 지적했다.
25일 감사원이 공개한 조세감면제도 운용실태 전문에 따르면 분당세무서는 ◁◁주식회사(대표이사 B, 경기도 성남시)가 2016사업연도 법인세를 신고하면서 16,142,822,070원의 소득에 대해 창업벤처중소기업에대한 세액감면 1,600,769,400원을 적용받은 것에 대하여 사후관리 업무를 하고 있다.
해당 법인은 2013. 12. 19. 풍력발전사업(규모: 37.95MW, 사업장: 경상북도 ◇군 일원)을 영위하기 위해 설립돼 2014. 3. 5. 산업통상자원부장관으로부터 발전사업(풍력) 허가를 받아 송전선로 이용 협약체결, 위 사업부지에 대한 군관리계획시설(발전시설) 지정 등 풍력 발전사업을 추진해 오다가 2015. 2. 16. ♡♡주식회사에 풍력 발전사업과 관련한 일체의 권리를 16,000,000,000원에 양도했다.
이 양도금액은 발전업에서 발생된 수입금액이다.
따라서 위 법인의 2016사업연도 소득금액(16,142,822,070원)에 대한 감면세액 1,600,769,400원 중 발전업에서 발생한 소득금액(13,991,611,760원)에 해당하는 세액인 1,387,449,100원은 감면받을 수 없다.
문제는 분당세무서가 해당 법인이 감면대상이 아닌 발전업에서 발생한 소득금액에 대하여 세액감면을 적용받았는데도 법인세 1,572,812,300원(가산세 185,363,200원 포함)이 부족 징수 한 것이다. 결국 감사원은 분당세무서장을 대상으로 법인세법 제66조의 규정에 따라 ◁◁주식회사에 대하여 부족 징수된 법인세 1,572,812,300원을 징수결정하라는 취지의 권고안을 제시했다.
이에 대해 분당세무서는 감사결과를 받아들이면서 분당세무서는 감사결과를 받아들이면서 부족 징수된 법인세를 추가 징수결정하겠다는 의견을 제시했다.
조세특례제한법 제6조 제2항의 규정에 따르면 창업 후 3년 이내에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
한편 조세특례제한법 제6조 제3항의 규정에 따르면 위 세액감면을 적용받을 수 있는 창업벤처중소기업의 범위는 광업, 제조업 등 28개 업종으로 열거돼 있지만 발전업은 감면대상 업종에 해당되지 않는다.
따라서 발전업에서 발생한 소득은 규정에 따라 세액감면을 적용할 수 없다.
