감사원은 국세청이 창업중소기업에 대한 조세특례제한법에 따라 세액감면을 적용하는 과정에서 감면 적용기간을 초과해 세금을 감면을 하는 등 제도를 부적정하게 운용했다고 지적했다.
25일 감사원이 공개한 조세감면제도 운용실태 전문에 따르면 국세청은 납세자가 조세특례제한법 제6조에 따라 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용해 법인세 및 종합소득세를 신고한 경우 관할 세무서의 세액감면이 적정한지 여부를 점검하도록 하는 등 일선 세무서의 창업중소기업 등에 대한 세액감면 신고처리 업무를 지도·감독하고 있다.
지난해 6월 26일부터 7월 21일까지 실시한 감사원 감사기간 중 국세행정시스템에 입력된 세액감면 내용을 전산 분석해 2013. 1. 1. 이전에 창업한 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받고 있는 납세자(법인 162개, 개인사업자 74명)를 대상으로 감면기간을 적정하게 적용해 신고했는지 여부 등을 점검한 결과, 분당세무서는 2012. 10. 30. 기술보증기금으로부터벤처기업 확인을 받은 주식회사 ♧♧이 2012사업연도에 최초로 소득이 발생해 2015사업연도까지만 조특법 제6조에 따른 세액감면을 받을 수 있는데도 2016사업연도에도 법인세 515,444,468원을 세액감면 하고 법인세를 신고를 한 사실을 알지 못하고 이를 그대로 적용한 것이다.
분당세무서 등 41개 세무서는 2013. 1. 1. 이전에 중소기업으로 창업하거나 창업보육센터 사업자 등으로 지정 또는 확인 받은 주식회사 ♧♧ 등 23개 법인과 E(☆☆건축 대표자) 등 개인사업자 46명이 최초 소득이 발생한 사업연도를 포함한 감면기간 4년을 초과해 세액감면을 받았는데도 이를 알지 못하고 그대로 두고 있었다는 사실이 감사원 감사결과 적발됐다.
그 결과 주식회사 ♧♧ 등 23개 법인과 E 등 개인사업자 46명에 대해 법인세 계 2,449,565,970원(가산세 315,291,894원 포함) 및 종합소득세 계 446,490,550원(가산세 81,731,513원 포함)이 각각 부족 징수됐다.
뿐만 아니라 창업요건 미충족 법인에 대한 세액감면도 부적정했다.
조특법 제6조 제6항 제2호의 규정에 따르면 거주자(개인사업자)가 하던 사업을 법인으로 전환해 새로운 법인을 설립하는 경우 이를 창업으로 보지 않아 같은 조 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받을 수 없다.
감사원은 법인의 대표자가 법인을 신설한 후 1년 이내 기존 개인사업을 폐업해 창업요건을 미충족한 법인으로 의심되는 54개 법인(2012∼2016년)을 대상으로 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용의 적정 여부를 점검한 결과, 제주세무서는 법인 대표자 F가 2013. 11. 7. 주식회사 ●●을 설립한 후 2014. 4. 11. 기존에 개인사업체로 운영하던 ●●을 폐업해 조특법 제6조 제6항 제2호의 규정에 따른 창업요건에 해당하지 아니하는데도 2013사업연도부터 2016사업연도까지4년간 조특법 제6조에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용해 법인세 총 102,371,384원을 감면받은 데 대해 이를 알지 못했다는 사실을 적발했다.
심지어 제주세무서 등 14개 세무서는 법인 설립 후 종전에 경영하던 개인사업을 폐업해 창업요건을 충족하지 못한 주식회사 ●● 등 18개 법인이 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 받았는데도 이를 알지 못해 그대로 두고 있었다.
그 결과 주식회사 ●● 등 18개 법인에 대해 법인세 계 335,591,910원(가산세 70,619,337원 포함)이 부족 징수됐다.
국세청은 이번 감사원 감사결과를 받아들이면서 앞으로 세액감면을 받은 창업중소기업 등에 대한 사후관리를 철저히 하고 과다하게 감면받은 것으로 확인되는 41개 법인과 개인사업자 46명에 대해 법인세 및 종합소득세를 각각 추가 징수하는 방안을 마련하겠다는 의견을 제시했다.
