[세법해석/법인세] 물적분할 시 유보금액의 세무조정 방법

■ 사실관계
• A법인은 2014년에 백신사업부에서 발생한 폐렴개발비와 대상포진개발비를 국제회계기준(IFRS)에 따라 자산성이 없는 것으로 보아 비용으로 계상했으나,
- 과세관청은 2019년 세무조사 시 상기 비용들이 자산성이 있는 것으로 보아 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대해 손금불산입 유보처분했다.

• A법인은 2017.12. 자회사 관리 및 신규사업 투자를 영위하는 분할존속회사와 화학사업과 백신 및 제약사업을 영위하는 분할신설법인인 B법인으로 적격인적분할하고,
- 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대한 세무조정사항은 백신사업을 영위하는 B법인에게 승계했으며,
- B법인은 2018.7. 적격물적분할을 통해 백신사업을 영위하는 분할신설법인 C법인을 설립

•폐렴개발비와 대상포진개발비는 적격물적분할 시 장부상 계상되지 않은 부외자산으로 폐렴개발비는 2018.12. 특허패소 됐으며, 대상포진개발비는 2017.12. 임상 성공 후 제품판매를 개시

■ 질의내용
내국법인이 손금불산입된 유보금액이 있는 사업부문을 적격 물적분할한 경우 분할법인과 분할신설법인이 해야 할 세무조정

■ 회신문
내국법인이 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대한 손금불산입 세무조정사항이 있는 백신사업부를 물적분할하는 경우 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대한 세무조정사항은 「법인세법」 제47조 제4항 및 같은 법 시행령 제85조 제2호에 따라 분할신설법인에게 승계되지 아니하는 것이며, 이 경우 승계되지 아니하는 세무조정사항은 분할법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 반대의 세무조정을 통해 손금에 산입한다.

■ 검토내용
• 내국법인이 물적분할하는 경우에는 분할법인의 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 분할신설법인이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고, 그 밖의 세무조정사항은 모두 분할신설법인에 미승계(법인령 §85(2))되며,
- 물적분할 시 분할신설법인은 분할법인의 자산을 시가로 취득(법인령 §72②(3)나)하도록 규정하고 있고,
- 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식은 물적분할한 순자산의 시가로 취득하도록 규정되어 있다.

• 분할법인은 분할하는 사업부문을 양도하고 그 대가로 분할신설법인의 주식을 시가로 취득하는 것인바,
- 양도한 자산 및 부채에 관한 세무조정사항은 사후관리할 필요가 없으므로 분할하는 사업부문의 자산 및 부채에 관련된 세무조정사항은 분할법인이 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 반대의 세무조정*을 통해 추인하는 것이며
＊법인이 감가상각부인액이 있는 자산을 양도하는 경우 손금불산입된 금액을 손금추인하는 것과 같은 논리
- 분할신설법인은 분할사업부문의 자산을 시가로 취득하는 것이므로 별도의 세무조정사항이 없다.
＊법인이 다른 내국법인으로부터 자산을 시가로 매수하면서 세무조정사항을 승계받지 않는 것과 같은 논리

• 따라서 B법인의 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대한 손금불산입 유보조정사항은 물적분할 시 B법인이 반대의 세무조정을 통해 소멸시켜야 하며, C법인은 별도의 세무조정을 할 필요가 없다.

■ 관련법령
• 법인세법 제46조의3 【적격분할 시 분할신설법인 등에 대한 과세특례】
• 법인세법 제47조 【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】