[세법해석] 중소기업 판단 시 합병법인의 매출액 산정 방법

■ 사실관계
•A법인은 의료기기 제조업을 영위하는 법인으로 2019.12.24.을 합병기일 및 합병등기일로 하여 도소매업을 영위하는 자회사인 B법인을 흡수합병했다.

•합병 전 A법인과 B법인은 관계기업(지분율 85%)으로서 자회사 B법인은 A법인에서 제조한 의료기기를 판매하던 업체로 합병 후 업종을 제조업으로 단일화했는바
- 합병등기일 이후 도소매업으로 구분되는 B사업부의 매출액은 없으며 합병등기일이 속하는 2019사업연도의 매출액은 다음과 같다.

■ 질의내용
•(질의1) 합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인의 중소기업 해당 여부 판단 시 합병법인의 매출액 산정 방법

•(질의2) 관계기업 기준을 적용하여 중소기업 여부 판단 시 관계기업 판단 시점(합병등기일 vs 당해 사업연도 종료일)

■ 회신문
•(질의1) 제조업을 영위하는 내국법인이 과세연도 중에 도소매업을 영위하는 내국법인을 흡수합병한 경우, 합병법인의 중소기업 해당 여부를 판단함에 있어 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1호에 따른 ‘매출액’은 같은 법 시행규칙 제2조 제4항 단서가 적용되지 않고 해당 과세연도의 전체 매출액로 한다. 다만, 본 해석사례는 2019.9.4. 이후 신고·납부하는 분부터 적용된다(기준-2019-법령해석법인-0527, 2019.9.4. 참조).

•(질의2) 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제3호에 따라 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업 기준을 적용하는 경우에는 「조세특례제한법 시행규칙」 제2조 제8항에 따라 해당 과세연도 종료일을 기준으로 관계기업 여부를 판단한다.

■ 검토내용
• (질의1) 매출액 환산의 의의가 해당법인의 과세연도가 1년 미만인 경우 해당법인의 ‘연간 매출액’을 측정하기 위해 해당 사업연도의 매출액을 연간매출액으로 환산하는 것으로 볼 때
- 조특칙 §2④ 단서 규정은 합병(분할)에도 불구하고 종전의 과세연도가 변동 없이 계속되는 합병(분할)법인에게는 적용되지 않는 것이며
- 합병(분할)에 따라 과세연도가 달라지는 합병(분할)신설법인*의 경우에만 합병(분할) 등기일 이후의 매출액을 연간 매출액으로 환산하도록 한 것이 타당
＊합병(분할)신설법인의 최초 사업연도:합병(분할)등기일부터 그 과세연도 종료일까지

• (질의2) 법인세의 납세의무는 과세기간이 끝나는 때 성립함을 감안해 현행 조특법은 중소기업 여부를 판단함에 있어 해당 과세연도 종료일을 기준으로 매출액, 자산총액 등 모든 요건의 충족여부를 판단하는 것으로 규정하고 있으며
- 관계기업에 속하는 기업인지 여부도 중기법 규정을 준용하지 않고 과세연도 종료일 현재를 기준으로 판단하는 것으로 조특칙 §2⑧에 명확하게 규정되어 있으므로
- 당해 사업연도에 합병이 있는 경우라 하더라도 납세의무가 성립하는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단함이 타당

■ 관련법령
• 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】