행정자치자부 지방세심의위원회는 “법인세법 시행령 제 82조 제 3항 제 1호 내지 제 3호에 따라 분할등기일 현재 5년이상 계속해 사업을 영위한 대도시내 내국법인이 법인의 분할로 인해 법인을 설립하는 경우는 이를 중과세대상으로 보지 않는다”며 처분청의 결정을 취소했다.
처분청은 분할 후 신설법인인 청구인이 건축물을 증축 취득한 후 그 취득가액에 일반세율을 적용해 산출한 등록세 등을 신고납부했으나 세무조사 결과 건축물이 대도시내 법인설립 후 5년 이내 취득․등기하는 부동산으로 보고 취득신고가액을 과세표준으로 지방세법 제 138조 제1항에 따라 중과세율을 적용했다. 이에 따라 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세, 지방세를 합해 총 2백여만원을 부과고지했다.
그러나 청구인은 1966년도 서울특별시에서 설립된 기존법인에서 인적분할로 같은 소재지에 설립된 법인으로서 건축물을 증축 취득했는데 이에 따른 부동산등기는 지방세법시행령 제 102조 제 6항에서 분할등기일 현재 5년이상 계속해 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할로 인해 법인을 설립하는 경우는 이를 중과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있으므로 일반세율을 적용해야 한다고 주장했다.
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