2008.1.1.부터 사업자단위과세제도가 시행됨에 따라 부가가치세법에 의한 사업자단위과세 승인 시 사업자단위과세적용사업장을 제외한 각 종된 사업장의 사업자등록은 사업자단위과세 적용일 전날 자동으로 직권말소되고 신고된 종된 사업장은 일련번호를 부여받게 된다.
이 때 각 종된 사업장을 부가가치세법의 규정에 의해 등록된 사업장으로 볼 수 있는지 여부에 대해 질의가 있었다.
이에 대해 국세청은 2 이상의 사업장이 있는 사업자로서 사업자단위과세승인을 얻은 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고ㆍ납부와 관련한 ‘부가가치세법’의 적용에 있어서 각 사업장으로 보는 것이라고 답변했다.
국세청은 또 사업자단위과세적용사업장을 제외한 종된 사업장의 사업자등록은 직권말소되어 동 종된 사업장은 같은 법 제5조 제1항에 의한 등록된 사업장으로 보지 아니하는 것이라고 회신했다.
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