국세청은 “세무조사 운용의 효율성과 보안성을 일부 희생하더라도 투명성 및 신뢰도를 높이기 위해 ‘조사사무처리규정’을 공개하기로 했다"며 "국세청이 세무조사가 법적 근거도 없이 운영된다는 일부의 오해를 불식시키기 위한 조치"라고 설명했다. 국세청이 이번에 발표한 ‘조사사무처리규정’ 매뉴얼에 대한 내용을 연재했다.
◆법인세 긴급조사의 실시
법인세법 제69조(수시부과결정) 및 같은 법 시행령 제108조의 규정에 따라 △신고를 하지 않고 본점 등을 이전한 경우 △사업부진 기타의 사유로 인해 휴업 또는 폐업상태에 있는 경우 △기타 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 경우 등은 세원관리과장으로부터 긴급조사 대상법인의 명단을 인계 받은 조사과장이 즉시 별도의 계획을 수립해 긴급조사를 실시해야 한다.
다만, 긴급조사 대상법인이 지방국세청 조사관할에 해당하는 경우 즉시 지방국세청장(조사국장)에게 보고해야 하며, 이를 보고 받은 지방국세청장은 직접조사 또는 위임조사 등 필요한 조치를 취해야 한다.
긴급조사 대상법인의 조사범위는 △전부조사대상으로 선정됐으나 조사를 하지 않은 사업연도 △수시부과 사유가 발생한 사업연도 △조세채권 확보를 위해 조사할 필요가 있는 사업연도 등에 해당하는 사업연도로 한다.
◆긴급조사의 결정·경정 방법
긴급조사(수시부과)는 부실 조세채권의 발생 등을 방지하기 위해 부득이한 경우를 제외하고는 법인세법시행령 제103조제2항 규정의 실지조사 방법에 따라 세액을 결정해야 한다.
추계 결정·경정한 경우에도 추후 법인세 과세표준 및 세액신고서와 장부 및 증빙서류 등에 따라 실지조사가 가능한 때에는 실지조사로 경정해야 한다.
실지조사 할 필요가 없다고 판단되는 경우에는 긴급조사 대상법인이 최종 사업연도 분까지 제출한 서류(법인세 과세표준 및 세액신고서에 준하는 서류)의 내용을 검토해 당해 서류로 결정·경정할 수 있다.
◆소득금액 변동자료 및 이전소득금액통지서 처리
세무서장 또는 지방국세청장이 법인세조사시 과세표준을 결정·경정함에 따라 익금에 산입한 금액을 배당·상여·기타소득으로 처분하는 경우에는 이 소득금액에 대해 ‘소득금액변동통지서 (1)’를 작성해 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 당해 법인에게 통지해야 한다.
다만, △당해 법인의 소재지가 분명하지 않거나 △그 통지서를 송달할 수 없는 경우 △당해 법인이 ‘국세징수법’ 제86조(결손처분) 제1항제1호, 제2호 및 제4호의 규정에 해당할 때는 당해 주주 및 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 ‘소득금액변동통지서(2)’에 따라 통지하고 거주자의 주소지 관할세무서장에게 그 사본을 통보해야 한다.
소득금액통지서의 송달은 직접교부, 등기우편 또는 전자우편 등으로 한다. ‘국제조세조정에관한법률’ 시행령 제16조제1항에 의한 ‘이전소득금액통지서’는 소득금액변동통지서에 대신해 처리한다.
◆소득세 조사관할
소득세조사는 원칙적으로 조사대상자의 주소지관할 세무서장이 관할한다. 이 경우 공동사업자의 소득세조사는 대표공동사업자의 주소지관할 세무서장이 관할한다. 다만, 사업장현황조사는 사업장관할 지방국세청장 또는 세무서장이 관할한다.
사업장소재지를 소득세 납세지로 지정한 납세자의 소득세조사는 그 사업장관할 세무서장이 관할한다.
지방국세청장은 △사업장이 1개(단일사업장)이고 주소지와 사업장이 원거리인 사업자 △지방국세청장이 세무서간 조사업무량의 적정한 배분을 위해 사업장관할 세무서장이 조사할 필요가 있다고 인정하는 사업자 △단일 사업장의 공동사업자로서 제1호 또는 제2호에 해당하는 사업자 △사업장관할 세무서장이 부가가치세 조사대상으로 선정한 사업자 등은 사업장관할 세무서장이 소득세조사를 하도록 조사관할 세무서장을 지정할 수 있다. 다만, 사업장과 주소지를 관할하는 지방국세청이 다른 때에는 국세청장이 조사관할을 조정할 수 있다.
조사대상자의 업종, 사업규모, 업무량, 조사의 난이도 등을 감안해 중요한 때는 지방국세청장이 소득세조사를 직접 할 수 있다.
지방국세청장은 조사대상자로 선정된 자 중 세무서별 조사인력을 감안해 주소지 또는 사업장관할 말고도 세무서장이 조사할 수 있도록 조사관할을 조정할 수 있다.
◆복수사업장 조사의뢰 등
사업장이 2개 이상인 조사대상자(공동사업자를 포함한다)에 대한 소득세조사는 주소지관할 세무서장 또는 지방국세청장이 관할한다. 원거리에 있는 사업장은 소득세조사를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 사업장관할 세무서장에게 그 사업장에 대한 조사를 의뢰할 수 있다.
◆개인사업자 통합조사 실시
개인사업자에 대해 일반조사 및 조세범칙조사를 실시하는 때에는 당해 납세자의 사업과 관련, 신고ㆍ납부의무가 있는 세목에 대해 통합조사를 실시함을 원칙으로 한다.
조사대상으로 선정된 납세자가 타인과 동업을 하는 사업장의 대표자로 있는 경우 타인과 동업을 하는 사업장에 대해서도 통합조사 대상에 포함한다. 다만, 조사관할 관서장은 조사대상자와의 거래·자금관계 및 지분비율 등을 고려해 조사의 실익이 없다고 판단될 경우에는 제외된다.
공동명의의 사업장이 조사대상으로 선정됐을 경우 그 대표자에 대해서는 통합조사를 실시한다. 다만, 조사관할 관서장은 공동명의의 사업장과의 거래·자금관계 및 지분비율 등을 고려해 공동사업자 각각에 대한 통합조사 실시 여부를 결정할 수 있다.
사업장관할 관서장이 부가가치세·특별소비세·주세·원천징수 대상세목 등 소득세외 세목을 조사대상으로 선정해 통합조사를 실시하고자 하는 때에는 그 사유를 첨부, 지방국세청장(주소지가 관할 지방국세청을 달리하는 경우에는 국세청장)의 승인을 받아야 한다.
통합조사의 승인 요청을 받은 지방국세청장은 통합조사의 적정여부를 검토해 조사사무 관할을 조정할 수 있다.
개인사업자에 대한 통합조사시 소득세 및 부가가치세 등의 조사대상 과세기간은 1년 단위(1.1～12.31)로 한다. 다만, 자영사업자 과세정상화 등 세원관리상 필요한 경우에는 부가가치세 등의 조사대상 과세기간을 확대해 실시할 수 있다.
◆통합조사의 조사관할
개인사업자에 대한 통합조사는 소득세조사 관할 관서장이 실시함을 원칙으로 한다.
사업장관할 관서장이 조사대상으로 선정한 사업자에 대해 부가가치세 등을 조사하고자 하는 때에는 △소득세 조사대상자로 선정돼 조사하지 않은 경우에는 부가가치세 등의 탈루 혐의를 소득세조사 관할 관서장에게 통보해 통합조사 하도록 한다. 다만, 국세청장이나 지방국세청장이 주관하는 일제조사나 업종별조사 등 사업장 측면에서 조사가 필요한 경우에는 사업장 관할 관서장이 조사할 수 있다. 또 △소득세조사 대상자로 선정돼 조사를 완료했거나, 선정돼지 않은 경우에는 부가가치세 등을 조사관할 관서장이 조사할 수 있다.
◆명의위장사업자에 대한 조사
소득세조사 진행 중 조사대상자가 명의위장자로 확인되는 경우 조사대상 전환계획(조사관할, 조사기간 연장 등 포함)을 수립해 관서장의 승인을 받아 실사업자를 조사대상자로 전환해야 한다. 조사대상자를 전환할 경우 실사업자 명의의 다른 사업장 등을 조사대상 범위에 포함해 조사를 실시할 수 있다. 실사업자에 대한 조사관할이 다른 경우 그 조사관할 조정은 제56조의 규정을 따른다. 조사대상자로 전환 또는 조사범위가 확대되는 경우, 그 뜻을 해당 실사업자에게 서면으로 통지해야 한다.
◆소득세 긴급조사의 실시
소득세법 제82조(수시부과 결정) 및 소득세사무처리규정 제112조(수시부과 관할 절차)에 따라 세원관리과장으로부터 긴급조사 대상자 명단을 인계 받은 조사과장은 즉시 별도의 계획을 수립해 긴급조사를 실시해야 한다. 다만, 긴급조사 대상자가 지방국세청 조사관할에 해당하는 경우에는 즉시 지방국세청장(조사국장)에게 보고해야 한다.
세무서장으로부터 긴급조사 대상자명단을 보고 받은 지방국세청장은 △사업의 규모, 조세탈루혐의 및 경제적 파급효과가 크다고 판단되는 경우 △지방국세청의 실지조사 대상으로 선정된 경우 등은 별도 계획을 수립해 긴급조사를 실시하되, 직접조사 할 필요가 없다고 판단되는 경우에는 세무서장이 별도 계획을 수립해 조사토록 지체 없이 통보해야 한다.
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