1. 서 언
조사대상자를 선정할 때에는 납세자의 세무조사 이력 및 조사진행상황을 확인하여 중복 선정되지 않도록 하여야 한다. 만약 납세자가 기존에 세무조사를 받은 세목이나 과세기간에 대해 다시 세무조사 대상자로 선정되어 세무조사를 받았다면, 이는 ‘적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다’는 원칙에 위배될 뿐만 아니라(국세기본법 제81조의4 제1항), 예외적인 경우를 제외하고는 ‘같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다’는 재조사 금지 원칙에도 위배된다(국세기본법 제81조의4 제2항).
실제로는, 해당 세무조사가 금지되는 재조사에 해당하는지 여부가 우선 문제되며, 그 밖에도 ‘예외적으로 허용되는 재조사 요건’에 해당하는지 여부도 문제된다.
2. 금지되는 재조사 해당 여부
재조사가 허용되지 않는 세무조사인지 여부와 관련하여, 해당 과세기간의 특정 항목에 대해서만 세무조사를 한 경우가 문제된다. 이에 대해 대법원은 ‘세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대해 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대해 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결)’라고 판시하였다.
즉, 대법원은 명백히 조사대상 항목이 구분되는 예외적인 경우를 제외하고는 재조사가 허용되지 않는 세무조사에 해당한다고 판단하고 있으며, 이에 따르면 실제로 세무공무원이 특정 항목만을 조사하였고 다른 항목은 조사하지 않았다고 하더라도 재조사가 허용되지 않는 세무조사에 해당한다.
그 구체적인 사례는 다음과 같다.
① 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다고 판시한 사례(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결)
② 정기 세무조사(1차) 이후 이루어진 주식변동내용 확인을 위한 세무조사(2차)는 중복조사에 해당하고, 1차 세무조사 대상에 주식변동내역에 대한 부분이 제외되어 있었다고 하더라도 중복조사에 해당한다고 판단한 사례(대법원 2015.9.10. 선고 2013두6206 판결)
③ 제1차 세무조사 당시 원고의 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 국한하여 2002 사업연도에 관한 조사를 하였다가 제1차 세무조사 당시 조사한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 제2차 세무조사를 하는 것은 금지하는 재조사에 해당하지 않는다고 판단한 사례(대법원 2015.3.26. 선고 2012두14224 판결)
④ 사업장소재지 관할 세무서장의 부가가치세 경정조사와 주소지 관할 지방국세청장의 개인제세 전반에 관한 세무조사는 중복조사에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 판단한 사례(대법원 2006.5.25. 선고 2004두11718 판결)
다. 조세탈루를 인정한 만한 명백한 자료가 있는 경우
세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 있다(국세기본법 제81조의4 제2항 제1호의 반대해석). 실제로 과세관청은 조세탈루 관련 자료(예를 들어 탈세제보 등)를 확보하고 세무조사를 착수하는 경우가 많은데, 세무조사 착수의 계기가 된 자료가 재조사의 예외사유인 ‘조세탈루를 인정할 만한 명백한 자료’에 해당하는지 여부가 소송과정에서 다투어지게 된다.
‘조세탈루를 인정할만한 명백한 자료’인지에 대한 사례는 다음과 같다.
① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다고 판단한 사례(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결)
② 탈세제보가 있더라도 그 탈세제보가 객관성과 합리성 있는 자료로 뒷받침되어 그것에 의하여 조세탈루의 개연성이 상당한 정도로 인정되는 경우가 아닌 한 그 제보내용이 구체적이라는 사정만으로는 재조사가 허용되는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다고 보기 어렵다고 판단한 사례(대법원 2011.5.26. 선고 2008두1146 판결)
③ 거래처에 대한 별도의 세무조사 과정에서 확보한 자료는 중복 세무조사가 가능한 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료에 해당한다고 판시한 사례(서울행정법원 2009.5.22. 2009구합3217 판결)
④ 녹취록만으로는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하지 않아 그에 근거해 착수한 조사는 중복조사에 해당한다고 판단한 사례(서울고등법원 2015.5.6. 선고 2014누57678 판결)
⑤ 형사판결문은 명백한 조세탈루 혐의자료이므로 중복조사에 해당하지 않는다고 판단한 사례(서울고등법원 2017.6.21. 선고 2016누60531 판결)
⑥ 상속재산분할청구의 소에서 제출된 증거 등을 기초로 이루어진 세무조사는 원고들의 증여세 등의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로서 예외적으로 재조사가 허용되는 경우에 해당한다고 판단한 사례(서울행정법원 2016.6.24. 선고 2016구합53760 판결)
라. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사
각종 과세자료의 처리를 위한 재조사는 허용되는 재조사인데(국세기본법 시행령 제63조의2 제2호), ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’가 무엇인지에 대한 다툼이 있다.
법원은 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과·징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니하나(대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257 판결), 조세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에서 정한 과세자료제출기관인 지방자치단체장으로부터 받은 과세자료인 ‘이 사건 분할을 적격분할로 보지 않고 관련 지방세를 부과처분한 사유 및 근거서류’를 받아 적격분할에 해당하는지 여부에 대해 조사하였다면 위 과세자료는 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘과세자료’에 해당한다고 판단하였다(서울고등법원 2016.5.12. 선고 2015누38414 판결).
마. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에는 재조사가 허용되는데(국세기본법 제81조의4 제2항 제3호), 여기서 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미하고, 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2017.4.27. 선고 2014두6562 판결). 구체적인 사례는 다음과 같다.
① 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당하므로, 甲 주식회사가 창업주이자 이사회의장의 지위에 있었던 乙에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하기로 하는 이사회결의 후 이에 기초하여 5년에 걸쳐 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 구체적인 액수를 확정하여 乙에게 성과상여금을 지급한 사안을 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 판단한 사례(대법원 2017.4.27. 선고 2014두6562 판결)
② 회사가 시민단체 등과 체결한 협약에 따라 수년에 걸쳐 폐석회를 처리하고 해당 처리비용을 손금산입 하였는데, 폐석회 처리비용이 공장부지에 대한 자본적 지출에 해당하여 처리비용의 손금산입이 잘못된 것으로 밝혀진 경우, ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 판단한 사례(서울고등법원 2017.6.1. 선고 2016누65815 판결)
