대전지방국세청 산하 서산세무서가 비상장주식을 팔면서 매매거래시기와 양도가액 등을 제대로 확인하지 않은 채 적게 신고한 납세자의 신고를 검증도 없이 그대로 처리한 것으로 드러났다.

신고서류로 제출한 양도세 예정신고서와 증권거래세 신고서를 그대로 접수, 처리해 관련 양도소득세를 덜 걷은 게 확인된 것이다.

감사원은 "서산세무서장에게 비상장주식 양도에 따른 증권거래세 징수부족분 7500만원과 양도소득세 징세부족분 14억9250만원을 추가 징수하라고 통보했다"면서 이 내용이 포함된 '과세당국의 고가부동산 거래·변칙적 주식거래 등 불공정거래에 대한 과세행정 실태 자료'를 17일 발표했다.

납세자 A씨는 지난 2014년 비상장 A사 발행주식 230만9380주를 B사에 201억원(계약금 20억, 중도금 31억, 잔금 150억)을 받고 파는 주식양도양수계약을 체결하고 12월31일 주식명의개서를 했다. 

A씨는 그러나 주식 총인수가액 중 잔금 150억원을 아직 받지 않았다는 이유로 계약금과 중도금을 합친 51억원에 대해서만 증권거래세와 양도소득세 예정신고를 했다.

하지만 서산세무서는 잔금 몫을 빼 금액이 적게 계산된 증권거래세 신고서와 양도소득세 예정신고서가 적정한 것으로 판단, 접수한 그대로 인정해 처리했다.

감사원은 '양도소득세 집행기준(국세청 법령해석과, 2014.11.30) 96-162의 2-4 등을 적용, 비상장주식의 양도시점(명의개시일)까지 양도가액이 확정되지 않았다더라도 명의개서일 현재 쟁점주식의 양도계약서상 총인수가액을  양도가액으로 주식 양도소득세를 신고해야 한다고 지적했다. 총인수가액보다 적은 금액으로 양도소득세 신고를 하는 것은 타당하지 않다는 지적이다.

양도시점에 양도가액이 확정되지 않은 비상장주식의 양도가액을 정의한 '양도소득세 집행기준' 해당 조항에 따르면, 비상장주식의 양도시점(명의개서일)까지 양도가액이 확정되지 않았을 때는 주식양도차익 신고 때 양도가액은 명의개서일 현재의 양도가액으로 한다.

또 양도일 이후 가감하기로 한 일정금액에 대해서는 그 일정금액을 받는 날에 양도가액을 경정, 수정신고하는 것으로 돼 있다.

감사원은 이에 따라 "서산세무서는 비상장주식 양도자가 양도계약을 체결하고 잔금 지급 전에 명의개서가 이뤄진 경우 명의개서일 현재 총수입금액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고했는지 확인했어야 한다"고 지적했다.

또 "계약서에 잔금을 계약일 이후 조정할 수 있도록 정했다면 잔금 받는 날에 경정청구를 통해 양도가액을 수정하도록 해야 한다"고 덧붙였다.

감사원은 같은 취지의 서울고등법원 판례(2010누40030)등 다수 판결도 인용, 대금 청산 전 명의개서한 경우 '양도시기'를 '명의개서일'로 본다는 점을 거듭 강조했다. 

실제 대법원도 판례(선고 2015두36003 판결)에서 주식양도계약에서 정한 당초의 매매대금에 기초해 양도소득세와 증권거래세를 신고하였으나, 정산합의에 따라 당초의 매매대금이 일부 감액된 경우 주식양도로 인한 정당한 양도가액은 당초의 매매대금이 아닌 감액된 대금이 되는 것이라고 판시하고 있다. 국세청이 옛 '국세기본법' 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 통해 당초 신고를 바로잡으라는 것이다. 

감사원의 이번 감사는 고가부동산 거래나 변칙적 주식거래 등 불공정거래에 대한 세원관리, 세무조사 및 사후관리 등 과세 행정 실태를 점검하고 개선방안을 마련, 공정과세 기반 정비에 기여할 목적으로 실시됐다.

2018년 연간 감사계획’에 반영된 감사로, 작년 7월2일부터 20일까지 15일간 실시했고, 2015년부터 2017년까지 처리한 불공정거래에 대한 과세관리 업무가 감사 대상이었다.

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