1. 서언

주식변동조사란 출자, 증자, 감자, 매매 등 주주의 주식이 변동되는 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 제세 탈루 여부를 확인하는 세무조사이다.

이하에서는 국세청이 수행하는 주식변동조사에 대해 국세기본법, 상속세 및 증여세 사무처리규정 및 조사사무처리규정 등을 중심으로 살펴보도록 한다. 앞으로 주식변동 조사의 의의, 주식변동 서면확인 및 조사대상자 선정, 주식변동 조사의 진행, 주식변동조사의 종결 순서로 설명하기로 한다.

 

2. 주식변동조사의 의의

가. 주식변동조사업무 일반

“주식변동”이란 출자, 증자, 감자, 매매, 상속, 증여, 신탁, 주식배당, 합병, 전환사채·신주인수권부사채·교환사채·기타 유사한 사채의 출자전환(전환·인수·교환 등) 등에 따라 주주 또는 출자자가 회사에 대해 갖는 법적 지위권 또는 소유지분율 및 소유주식수·출자지분이 변동되는 것을 말하고, “주식변동조사”란 주식변동 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 제세 탈루 여부를 확인하는 세무조사를 말한다.

구체적으로 ①주식변동이 있는 법인의 주주에 대한 서면검토 또는 탈세제보 등 과세자료에 대해 서면검토(또는 분석), ②주식변동 서면확인, ③주식변동조사 등 주식변동과 관련한 제세업무 전반을 “주식변동조사업무”라 한다.

주식변동 관련 제세 탈루 혐의사항이 경미하거나 금액이 적고 긴급한 조사가 필요하지 않은 경우 납세자의 조사로 인한 부담을 줄여주기 위해 2004.7.1.부터는 납세자의 우편질문에 의한 해명만으로 혐의사항을 확인하여 과세여부를 확정할 수 있도록 주식변동 서면확인 제도를 도입해 시행하고 있다.

주식변동조사와 관련하여, 법인세 신고 시 제출되는 주식변동상황명세서, 주식·출자지분 양도 명세서, 전환사채 등 발행 및 인수인 명세서 등은 국세청에서 전산에 입력되어 관리된다. 제출된 자료에 대해 국세청장(구체적으로 자산관리국장)은 전자신고제출분, 전산매체 제출분, 수동 제출분을 합하여 전년도 귀속 주식등변동상황명세서를 구축하고, 구축한 자료의 오류목록을 출력하며, 법인납세과장은 출력된 오류목록의 내용을 확인·정정하여 주식등변동상황명세서 자료를 보완한다.

 

나. 주식변동조사 조사관할

1) 관할 일반

주식변동조사는 조사대상 주주의 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만 ①주식발행 법인 본점 소재지와 관련 주주의 납세지가 지방국세청장(세무서장)의 관할을 달리하는 경우, ②주식발행 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조에서 정하는 계열회사(일정 규모 이상인 경우에 한함)에 해당하는 경우, ③세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려해 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 내 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

 

2) 세무서 위임조사

지방국세청장(조사국장)은 ①위임하려는 세무서의 조사분야 직원 수 및 업무량 등에 비추어 세무서에서 조사가 가능한지 여부, ②주식변동조사 대상주주의 주식변동 내용으로 보아 세무서에서 조사가 가능한지 여부를 종합적으로 검토해 세무서장(재산세과장)에게 주식변동조사를 위임하여 실시할 수 있으며, 업무의 효율적 집행 등을 위하여 필요하다고 판단될 때에는 조사사무 관할을 달리해 세무서장(재산세과장)에게 위임할 수 있다.

 

다. 주식변동조사 전 서면검토

1) 서면자료 생성 및 처리절차

국세청장(자산과세국장)은 유형별 주식변동 자료를 지방국세청장(조사담당국장, 성실납세지원국장)에게 출력한다. 각 지방국세청장(조사담당국장, 성실납세지원국장)은 본청에서 시달된 유형별 주식변동자료에 대한 서면검토를 실시하고 그 결과에 따라 서면확인 대상자와 실지조사 대상자로 분류한다.

 

2) 실지조사 대상자 또는 서면확인 대상자 선정

지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 ①탈세제보, 세무조사 파생자료, 정보자료 등에 따라 주식변동조사가 필요한 경우, ②법인세조사 중 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우, ③상속세 및 증여세를 조사 결정할 때 상속 또는 증여받은 주식과 관련하여 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우, ④주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의가 발견되어 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우, 주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의에 대해 수시로 주식변동조사 대상자로 선정할 수 있다.

지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 ①탈세제보, 세무조사 파생자료, 정보자료 등에 따라 주식변동조사가 필요한 경우나 ④주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의가 발견되어 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우 혐의내용이 경미하거나 사실확인을 위하여 필요한 경우 서면확인 대상자로 선정할 수 있다.

세무서장(재산세과장)은 사전에 지방국세청장(조사담당국장)의 승인을 받아 서면확인 또는 실지조사 대상자로 선정해야 한다. 다만 법인세조사 중 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우에, 세무서장은 지방국세청장(조사담당국장)의 사전승인 없이 주식변동사항에 대해 서면확인 또는 실지조사 대상자로 선정할 수 있으나, 주식발행 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조에서 정하는 계열회사(일정 규모 이상인 경우에 한함)에 해당하는 경우에는 사전에 지방국세청장(조사담당국장)의 승인을 받아야 한다.

 

3) 선정에 따른 업무

가) 서면확인 및 실지조사 대상자 선정보고

지방국세청장(조사담당국장, 성실납세지원국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 주식변동 서면확인 또는 실지조사대상자를 선정(서면확인 결과 실지조사로 전환한 경우를 포함한다)한 때에는 선정 통계 등을 선정 확정일부터 5일 이내에 국세청장(자산과세국장) 또는 지방국세청장(조사담당국장)에게 보고해야 한다.

 

나) 대상자에 대한 확인 및 조사계획 수립

관할지방국세청장 및 세무서장은 서면검토 대상자에 대해 서면확인대상자 및 실지조사대상자로 확인되면 서면확인계획 및 조사계획을 수립해 집행한다.

 

 

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