특수관계인에 주식 저가양도 땐 부당행위계산 부인…자본거래 부실 과세 사례들

주요 감사 사례

1. 중소기업주식 판정 잘못

■법령 및 규정

○중소기업기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위) 제2호에 “자산총액 5000억원 이상인 법인이 30% 이상을 보유하고 있는 법인의 주식은 소유와 경영의 실질적인 독립기준에 해당하지 않아 중소기업에서 제외한다”라고 규정

■지적 내용

○양도일 직전 사업연도 종료일 현재 자산총액 5000억원 이상인 법인이 30% 이상을 보유하고 있는 법인의 주식은 중소기업 기본법의 중소기업에 해당되지 않아 20%의 양도소득세율을 적용해야 하는데도

- 규모와 매출액 기준이 중소기업 요건에 충족하는 것으로 보아 중소기업 주식 세율인 10%를 적용해 양도소득세 000백만원 부족징수

2. 합병주식의 취득가액 적용 잘못

■법령 및 규정

○국세청 예규(부동산거래관리과-22, 2010.01.08.)에 “합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속 또는 신설되는 법인으로부터 교부받은 주식을 양도하는 경우로서 1주당 취득가액은 합병 당시 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는데 소요된 총금액(합병 시 의제배당으로 과세된 의제배당금액이 있는 경우에는 이를 가산한 금액을 말함)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산하는 것”이라고 해석

■지적 내용

○피합병법인 대주주가 합병으로 취득한 주식을 양도하고, 취득가액을 합병당시를 기준으로 일반적인 주식의 평가와 같이 보충적 평가방법에 의해 평가해 양도소득세를 산정, 신고납부했음에도 취득가액에 대한 검토소홀로 양도소득세 000백만원 부족징수

3. 잉여금 자본전입 취득 무상주의 취득가액 적용 잘못

■법령 및 규정

○소득세법 제96조(양도가액) 제1항, 같은 법 제100조((양도차익의 산정) 제1항에 “주식의 양도차익은 실지거래가액에 의해 산정한다”라 하고

- 국세청 예규(재산-723, 2009.4.10.)에 “배당으로 과세되지 않는 무상주의 취득가액은 ‘0’으로 하는 것”이라고 해석

■지적 내용

○△△△은 비상장법인 (주)○○○의 주식 0,000천주를 양도한 바, 이 중 000천주는 배당으로 보지 않는 무상주의 취득이며 나머지 주식은 액면가액 이하로 취득하고도 전체주식의 취득가액을 증빙 없이 액면가액으로 신고한 데 대해

- 양도소득세 신고 시 취득가액에 대한 증빙 없이 신고하였으면 취득가액에 대한 증빙을 요구하거나 실지조사를 통해 취득가액을 확인해야 함에도 확인없이 신고한 내용대로 결정함으로써 양도소득세 000백만원 부족징수

4. 저가양도에 대한 양도소득세 부당행위계산 미적용

■법령 및 규정

○상증세법 제35조(저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 등) 제1항 제1호 및 소득세법 제101조(양도소득의 부당행위계산)에 “특수관계인에게 재산을 저가양도한 경우 대가와 시가의 차액에 대해 취득자에게 증여세를, 양도인에게 양도소득의 부당행위계산에 의한 양도소득세를 과세한다”라고 규정

■지적 내용

○△△△은 특수관계인인 ○○○등에게 주식을 저가로 양도한 바, 주식변동 조사 시 ○○○등에게는 대가와 시가의 차액에 대해 증여세를 과세했으나

- △△△에게는 양도소득의 부당행위계산 규정을 적용해 조사에 의해 확인된 시가를 양도가액으로 하여 양도소득세를 결정했어야 함에도 이를 누락해 양도소득세 000백만원 부족징수

5. 특정주식 과세요건 검토소홀

■법령 및 규정

○소득세법 제104조 제1항 제1호에 “소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호에 해당하는 ‘특정주식’에 대해서는 일반세율을 적용한다”라고 규정

- 부동산가액 비율 요건 자산총액 중 50% 이상

- 주식 등의 소유비율:50% 이상

- 양도비율:50% 이상

■지적 내용

○골프연습장을 운영하는 법인으로 자산총액 중 부동산의 가액 비율이 93%이며 특수관계인간 보유주식 합계액이 100%인 주식을 전부 양도하고, 비상장 중소기업주식 양도로 보아 10% 세율을 적용해 양도소득세를 신고·납부한데 대해

- 양도한 주식이 ‘특정주식’에 해당하므로 일반세율을 적용해 양도소득세를 과세해야 함에도 신고시인 결정하여 양도소득세 000백만원 부족징수

6. 비상장 특정주식 양도에 대한 양도소득세 부족징수

■법령 및 규정

○소득세법 제94조(대통령령으로 정하는 자산) 제1항 제4호 다목

○소득세법 시행령 제158조(기타 자산의 범위)

■지적 내용

○양도인이 100% 출자한 주식 전부를 양도하면서 당해법인의 자산총액 중 부동산 소유비율을 47%로 계상하고 중소기업 비상장주식 세율(10%)을 적용해 양도소득세를 신고했으나

- 당해법인의 기부채납 예정 토지 0,000백만원을 대차대조표에 토지가 아닌 기타자산으로 회계처리하여 부동산 소유비율을 50% 이하로 신고했으므로 양도소득세 신고서 상세입력 시 특정주식 해당여부를 검토했어야 함에도 이에 대한 검토 소홀로 양도소득세 000백만원 부족징수

7. 상장주식 자전거래 가액을 취득가액으로 잘못 적용

■관련법령

○소득세법 제94조(양도소득의 범위) 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

○소득세법 제96조(양도가액) 제2항

- 제94조 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 실지거래가액에 의한다.

- 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) 제1항 제1호 나목

나. 제94조 제3호 내지 제5호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

■검토사항

○상장법인의 대주주가 주식을 양도한 경우 주식변동상황표에 의거 확인하고 신고시 취득가액 적용의 적정여부를 검토

8. 상장주식 취대주주 할증평가 누락

■법령 및 규정

○소득세법 제101조(부당행위계산 부인) 및 같은 법 시행령 제167조에 “시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 시가는 상증세법 제60조 내지 제64조 등에 의하여 평가한 가액으로 한다”라 하고

○상증세법 제60조 및 제63조에 “유가증권시장에 상장된 주식의 경우 평가기준일 이전·이후 2개월 최종시세가액의 평균액을 시가로 보고 최대주주 등의 주식은 그 가액에 100분의 30을 가산한다”라고 규정

■지적 내용

○중소기업이 아닌 상장법인의 주식을 특수관계인에게 유가증권 시장밖에서 매매하면서 최대주주 할증평가를 하지 않고 당일 종가로 양도한 내용을 그대로 두어 양도소득세 등 000백만원 부족 징수

9. 사후정산조건부 주식양도에 대한 양도시기 판단 잘못

■법령 및 규정

○소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득시기) 제1항 제2호에 “자산의 양도 또는 취득 시기는 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다”라고 규정

■지적 내용

○20×7.××.××. (주)□□□의 주주인 △△△ 등 3인이 당해 법인주식 600,000주를 (주)○○○에 주당 15,000원에 양도하고 명의개서

○비상장주식을 양도하면서 대금청산 전에 명의개서가 이루어진 경우의 양도시기는 명의개서일이 되는 것이며, 명의개서일까지 양도가액이 확정되지 아니하였을 경우 양도가액은 명의개서일의 양도가액으로 하고, 양도일 이후에 확정된 가액에 대해서는 그 가감되는 가액에 대해 경정해야 함에도

- 주식 양수도자 간 양도가액에 대한 견해차이로 소송이 진행 중이라는 사유로 결정을 누락하여 양도소득세 000백만원 부족징수

10. 외국법인 발행주식에 대한 양도소득세 세율 잘못 적용

■관련법령

○소득세법 118조의2(양도소득의 범위), 같은 법 시행령 제178조의2(부동산에 관한 권리 등의 범위), 같은 법 제118조의5(양도소득세의 세율)에 “외국법인이 발행한 비상장주식은 양도소득세 과세표준에 20%를 적용한다”라고 규정

*2006.12.31. 이전에는 거주자가 외국에서 거래하는 주식의 양도세율은 모두 20%로 동일하나, 2007.1.1.이후 양도분부터 외국증시에서 거래되는 국내 중소기업발행주식의 양도세율은 10% 적용

■지적내용

○△△△는 해외에 설립된 법인으로 증권시장에 상장되지 않은 주식을 양도하였는 바, 동 주식의 양도에 대한 양도소득세율은 소득세법 제118조의5 제1항 제2호 나목에 정한 20%를 적용해야 함에도 중소기업주식 세율인 10%를 적용한 신고내용에 대한 검토를 소홀히 해 신고내용을 그대로 입력함으로써 양도소득세 000백만원 부족징수

11. 비상장주식 고가양도에 대한 증여세 부족징수

■관련법령

○상증세법 제35조(저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여)에 “특수관계인에게 시가보다 높은 가액으로 재산을 양도하는 경우에 그 대가와 시가의 차액에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 한다”라고 규정

■지적내용

○사업개시 1년이 경과하지 않은 신설법인의 발행주식을 특수관계있는 법인에게 고가로 양도해 이익을 분여받았음에도 이에 대한 검토소홀로 증여세 000백만원 부족징수

12. 상호출자제한기업집단 소속회사의 주식양도 세율 부적정

■법령 및 규정

○소득세법 시행령 제167조의8(중소기업의 범위)에서 규정한 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

○중소기업 기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위)의 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

■지적내용

○공정거래위원회가 매월 발표하는 상호출자제한기업집단 소속회사의 변동 현황 검토로 양도주식의 회사가 중소기업 제외대상임을 확인해 지적세액 000백만 원 현금징수

13. 명의신탁자 양도소득세 결정취소 환급으로 조세채권 일실

■법령 및 규정

○국세기본법 기본통칙 51-0…1(국세환급금의 환급 대상자) 제2항에 “명의위장임이 확인되어 「국세기본법」 제14조에 따라 실질소득자에게 과세함에 있어 당초 신고한 명의자의 소득금액을 결정취소함에 따라 발생하는 환급세액은 실질소득자의 기납부세액으로 공제하고 잔여 환급액이 있는 경우 「국세기본법」 제51조 및 같은 법 제52조에 따라 실질소득자에게 환급한다”로 규정

■지적내용

○비상장주식이 명의신탁된 것으로 주장하는 경정청구서가 접수되자 주식이 명의신탁된 것으로 인정하여 명의자에 대한 양도소득세를 결정취소하고 명의자에게 기납부세액 환급

○명의신탁으로 확인되면 명의자가 납부한 양도소득세를 실질귀속자의 기납부세액으로 공제해야 함에도

-명의자에게 환급한 후 실질귀속자의 관할세무서에 자료 통보했으나, 명의자 및 실질귀속자 모두 무재산으로 조세채권 000백만원 일실

14. 대주주가 양도한 상장주식 양도차익 과소신고