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[쟁점 예규] 사업권 매입 때 토지 취득비용은 매입세액 공제 안 돼
[쟁점 예규] 사업권 매입 때 토지 취득비용은 매입세액 공제 안 돼
  • 이예름 기자
  • 승인 2020.12.04 15:13
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“인허가권 등 사업권 일체 매입할 때 부담한 매입세액은 매출세액서 공제”
국세청, 물류센터 신축·임대 사업권 매입 부가세 매입세액 공제 사전답변

국세청은 물류센터 신축·임대업을 위해 다른 사업자로부터 인허가권 등 사업권 일체를 매입하는 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이라고 밝혔다.

국세청은 그러나 해당 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용에 대한 매입세액은 공제되지 않는다고 밝혔다.

국세청은 물류센터 신축·임대사업을 영위하기 위해 사업권을 매입하는 경우 매입세액 공제 여부에 대해 이같이 회신했다.

국세청은 물류센터를 신축·임대하는 사업을 영위하기 위해 사업자(이하 ‘양수자’)가 기존에 토지를 매수하는 계약을 체결해 사업을 진행해 오던 다른 사업자로부터 인허가권 등을 포함한 사업 관련 일체의 권리(이하 ‘사업권’)를 매입하면서 부담한 사업권 관련 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에 따라 양수자의 매출세액에서 공제하는 것이라고 해석했다.

국세청은 다만, 해당 사업권 대가에 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용이 포함돼 있는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조에 따라 공제되지 않는 것이라고 밝혔다.

질의 법인은 자본시장법에 따라 설립된 집합투자업자로 토지(이하 ‘본건 사업부지’)를 매입하여 그 지상에 물류센터 등을 신축·임대하는 사업(이하 ‘본건 사업’)을 진행할 예정이다.

질의 법인은 이와 관련해 2020년 8월 4일 ㈜A, ㈜B(이하 ‘양도자’)와 사업양수도 계약을 체결했고(사업의 포괄 양수도에 해당하지 않음) 9월 중 본건 사업부지 소유권 이전을 완료해 착공할 계획이었다

따라서 양도자는 2019년 9월 본건 사업부지 소유자 00인(이하 ‘토지소유자들’)으로부터 본건 사업부지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 뒤 본건 사업을 위한 각종 용역계약 및 인허가 업무를 수행했으며 2020년 7월 주무관청으로부터 개발행위허가 및 건축허가를 받았다.

또한 본건 사업권의 양수도 대금은 양도자가 토지소유자들과 체결한 매매계약에 따른 사업부지 매매대금 000원과 기타 각종 사업권 관련 대금 000원으로 사업부지 매매대금 중 양도자가 토지소유자들에게 이미 지급한 금액은 양도자에게, 나머지 미지급금은 토지소유자들에게 지급하며 사업권 대금은 토지 소유권이전등기 접수일에 일부 선지급 했고 잔금은 인허가 명의변경 등 후속업무 완료시 지급할 예정이다.

질의 법인은 이와 관련해 사업자가 물류센터를 신축·임대하는 사업을 영위하기 위해 사업권을 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액이 공제대상인지 여부에 대해 물었다.

(부가 사전-2020-법령해석부가-0745 [법령해석과-2862] 2020. 09. 04)

현행 부가가치세법 제2조(정의)에서는 “이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.”고 규정하면서 제1호에 “‘재화’란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 시행령 제2조(재화의 범위) 제2항에서는 “법 제2조 제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.”고 규정하고 있다.

이와 함께 부가가치세법 제9조(재화의 공급) 제1항에서는 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 제10조(재화공급의 특례) 제9항에서는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.”고 규정하면서 제2호에 “사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.”고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) 제1항에서는 “다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.”고 규정하면서 제14호에 “토지”로 규정하고 있다.

한편 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) 제1항에서는 “매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.”고 규정하면서 제1호에 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)”고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 제1항에서는 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하면서 제7호에 “면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”고 규정하고 있다.

이와 함께 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액)에서는 “법 제39조 제1항 제7호에서 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액”, 제3호에서 “토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액”으로 규정하고 있다.

 


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