세법 개정으로 R&D 세액공제 신청 때 증빙자료 5년간 작성·보관 의무화
감면액 추이, 2조7860억원(2014)→ 2조5468억원(2016)→ 2조3793억원(2018)
국세청이 내년부터 R&D 세액공제 사전심사 조직을 이원화한다.
본청은 일반기업을, 본점소재지 관할 지방청은 중소기업을 심사한다.
심사는 기술검토와 비용검토로 구분되어 진행되는데, 기술심사는 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 적합한지 여부를 심사하고, 비용심사는 연구·인력개발 활동을 위해 지출한 비용이 세액공제를 적용받는 비용인지 여부를 심사한다.
심사방법은 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 진행하고, 필요한 경우 현장 확인한다.
지방국세청 관계자는 21일 전화통화에서 "세액공제 요건에 해당하는 지는 각 지방청 담당자가 판단한다"면서 "본청에서 심사위원회 구성 등 지침이 내려온 것은 없다"고 말했다.
국세청 관계자는 전화통화에서 "조세특례제한법에 규정된 내용을 가지고 세액공제 가능여부를 직원이 판단하는 것이지, 별도의 심사위원회를 운영하지는 않는다"며, "올해 약 1400건, 4000억원 규모의 세액굥제 사전심사 신청이 있었다"고 말했다.
국세청은 올 1월 1일부터 세종시 본청 법인세과에 가칭 'R&D세정지원'팀을 신설, 납세자의 신청에 따라 연구·인력개발비 세액공제 적정여부를 사전에 확인해 주는 '연구·인력개발비 세액공제 사전심사'제도를 시행해오고 있다.
▲세무상 불확실성 해소와 납세협력비용 절감 ▲심사받은 내용에 대한 신고내용확인 및 감면사후관리 제외 ▲추후 심사결과와 다르게 과세처분한 경우에도, 과소신고가산세 면제(단, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우 제외) ▲연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅 등 자문 서비스 제공 등이 사전심사에 따른 혜택이다.
한편 국세청은 지난 4일 각 기업에 '2021년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 신청'을 안내했다.
연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인 및 거주자로서, 내국인이 지출한 또는 지출 예정인 연구·인력개발비가 조세특례제한법 제10조에 따른 연구·인력개발비에 해당하는지 여부를 확인하고 자 하는 자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전에 신청해 줄 것을 당부했다.
연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발비 명세서, 연구개발 보고서, 그 밖에 공제 대상임을 증빙하는 서류를 홈택스(www.hometax.go.kr)나 우편, 세무서 민원봉사실 방문 등을 통해 신청하면 된다.
내년 지방청 R&D 세액공제 사전심사팀 신설관련 총 30명이 증원되는데, 서울청이 9명으로 가장 많고, 중부청 8명, 인천·부산청 각각 4명, 대전청 3명, 광주·대구청 각각 1명 이다.
서울·중부·인천·부산·대전청은 팀단위로, 광주·대구청은 전담직원제로 운영되고, 연구개발비 세액공제 사전심사와 중소기업세무컨설팅 업무를 수행하게 된다.
국회예산정책처가 발표한 최근 5년간 연구·인력개발비 세액공제 감면액을 살펴보면, 2014년 2조7860억원, 2015년 2조8158억원, 2016년 2조5468억원, 2017년 2조5468억원, 2018년 2조3793억원의 추이를 보이고 있다.,
한편 기획재정부는 작년 2월 '조세특례제한법 시행규칙 개정안'을 입법예고 했고, 해당 내용이 2020년 1월1일 이후 개시되는 과세연도 분부터 적용한다고 밝힌 바 있다.
연구·인력개발비 세액공제를 받는 기업의 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등 증거서류 작성 및 5년간 보관 의무화가 주요 내용이다.
